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万見
- PDB-5k9c: Crystal structure of human dihydroorotate dehydrogenase with ML390 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5k9c
タイトルCrystal structure of human dihydroorotate dehydrogenase with ML390
要素Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial
キーワードOXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / Oxidoreductase / alpha/beta barrel / inhibitor / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


pyrimidine ribonucleotide biosynthetic process / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) activity / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) / dihydroorotate dehydrogenase activity / dihydroorotase activity / Pyrimidine biosynthesis / UDP biosynthetic process / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / mitochondrial inner membrane ...pyrimidine ribonucleotide biosynthetic process / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) activity / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) / dihydroorotate dehydrogenase activity / dihydroorotase activity / Pyrimidine biosynthesis / UDP biosynthetic process / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / mitochondrial inner membrane / mitochondrion / nucleoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Dihydroorotate dehydrogenase, class 2 / Dihydroorotate dehydrogenase signature 1. / Dihydroorotate dehydrogenase signature 2. / Dihydroorotate dehydrogenase, conserved site / : / Dihydroorotate dehydrogenase domain / Dihydroorotate dehydrogenase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel ...Dihydroorotate dehydrogenase, class 2 / Dihydroorotate dehydrogenase signature 1. / Dihydroorotate dehydrogenase signature 2. / Dihydroorotate dehydrogenase, conserved site / : / Dihydroorotate dehydrogenase domain / Dihydroorotate dehydrogenase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Chem-FNR / Chem-MLJ / OROTIC ACID / Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.66 Å
データ登録者Lewis, T.A. / Sykes, D.B. / Law, J.M. / Munoz, B. / Scadden, D.T. / Rustiguel, J.K. / Nonato, M.C. / Schreiber, S.L.
引用ジャーナル: ACS Med Chem Lett / 年: 2016
タイトル: Development of ML390: A Human DHODH Inhibitor That Induces Differentiation in Acute Myeloid Leukemia.
著者: Lewis, T.A. / Sykes, D.B. / Law, J.M. / Munoz, B. / Rustiguel, J.K. / Nonato, M.C. / Scadden, D.T. / Schreiber, S.L.
履歴
登録2016年5月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年1月4日Group: Database references
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,49712
ポリマ－39,9441
非ポリマー1,55311
水6,125340
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.900, 89.900, 121.771
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-840-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial / DHOdehase / Dihydroorotate oxidase


分子量: 39943.613 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 29-395 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DHODH / プラスミド: pET28a / 詳細 (発現宿主): pET28a modified vector / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q02127, dihydroorotate dehydrogenase (quinone)

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非ポリマー , 8種, 351分子

#2: 化合物 ChemComp-FNR / 1-DEOXY-1-(7,8-DIMETHYL-2,4-DIOXO-3,4-DIHYDRO-2H-BENZO[G]PTERIDIN-1-ID-10(5H)-YL)-5-O-PHOSPHONATO-D-RIBITOL / TWO ELECTRON REDUCED FLAVIN MONONUCLEOTIDE / 還元型フラビンモノヌクレオチド


分子量: 458.360 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H23N4O9P
#3: 化合物 ChemComp-ORO / OROTIC ACID / オロチン酸


分子量: 156.096 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H4N2O4
#4: 化合物 ChemComp-MLJ / ~{N}-[3-oxidanylidene-3-[[(1~{R})-1,2,3,4-tetrahydronaphthalen-1-yl]amino]propyl]-4-(trifluoromethyloxy)benzamide


分子量: 406.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H21F3N2O3
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#7: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 340 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.2 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.8
詳細: 0.1 M sodium acetate trihydrate pH 4.8 1.9 M ammonium sulfate 30% (v/v) glycerol
PH範囲: 4.8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.4586 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月10日
放射モノクロメーター: Si(111) double-crystal monochromator and toroidal bendable mirror
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.4586 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.66→25.952 Å / Num. obs: 67579 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 15.1 % / Biso Wilson estimate: 14.33 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rsym value: 0.097 / Net I/σ(I): 18.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.66-1.757.30.4071.4198.5
1.75-1.8611.30.3121.81100
1.86-1.9812.90.2282.31100
1.98-2.1415.80.1494.21100
2.14-2.3519.10.12351100
2.35-2.6218.60.1145.11100
2.62-3.0318.70.0985.61100
3.03-3.7119.70.0836.61100
3.71-5.2519.10.0688.21100
5.25-25.95218.60.0619.4199.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation7.27 Å25.95 Å
Translation7.27 Å25.95 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
iMOSFLM7.2.1データ削減
SCALA3.3.22データスケーリング
PHASER2.6.0位相決定
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1D3G

1d3g


解像度: 1.66→25.952 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 12.65
詳細: THE AUTHORS STATE THAT ELECTRON DENSITY ANALYSIS REVEALED THAT THE MAIN CHAIN HAD A DOUBLE CONFORMATION ( FROM RESIDUE 211 TO 226), DUE TO ITS EXPECTED FLEXIBILITY (AS A CATALYTIC LOOP). ...詳細: THE AUTHORS STATE THAT ELECTRON DENSITY ANALYSIS REVEALED THAT THE MAIN CHAIN HAD A DOUBLE CONFORMATION ( FROM RESIDUE 211 TO 226), DUE TO ITS EXPECTED FLEXIBILITY (AS A CATALYTIC LOOP). VAL213 SHOWED A VERY CLEAR ELECTRON DENSITY IN CONFORMATION B, BUT IN CONTRAST, CONFORMATION A WAS DOMINANT FOR RESIDUES FROM 214 TO 218. THE VAL213 CONFORMER AND THE SER214 A CONFORMER WERE CONFLICTING AS A CONSEQUENCE OF THE DIFFERENT LOOP ARRANGEMENTS (OPEN AND CLOSED CONFORMATIONS). TAKING ALL THESE INTO ACCOUNT, THE AUTHORS STATE THAT THE VAL213 DOUBLE CONFORMATION IS THE SOLUTION THAT BETTER FITS THE DATASET AND THEREFORE, VAL213 (B CONFORMER) AND SER214 (A CONFORMER) ARE NOT LINKED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1496 3227 4.78 %random selection
Rwork0.131 ---
obs0.1319 67468 99.66 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 136.79 Å2 / Biso mean: 23.5645 Å2 / Biso min: 5.99 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.66→25.952 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2665 0 227 345 3237
Biso mean--23.06 36.16 -
残基数----355
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012986
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0984074
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.074454
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008533
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.3571118
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 23

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.66-1.68480.21451040.17512636274095
1.6848-1.71110.16591040.16062766287098
1.7111-1.73920.15071620.14742744290699
1.7392-1.76920.181450.136227462891100
1.7692-1.80130.15171160.138628202936100
1.8013-1.8360.1571430.136227302873100
1.836-1.87340.1491430.135828032946100
1.8734-1.91420.14281500.133227382888100
1.9142-1.95870.14791570.125127612918100
1.9587-2.00760.14051290.116527782907100
2.0076-2.06190.12521230.117128232946100
2.0619-2.12260.12261570.114727522909100
2.1226-2.1910.12981520.109128192971100
2.191-2.26930.1211190.109427692888100
2.2693-2.36010.13671470.113628202967100
2.3601-2.46740.12881390.118127802919100
2.4674-2.59740.15251580.119228012959100
2.5974-2.760.15071120.125128242936100
2.76-2.97280.1341730.122427922965100
2.9728-3.27140.13511560.125628122968100
3.2714-3.74360.15381310.127128592990100
3.7436-4.71190.14941440.132628973041100
4.7119-25.95510.20521630.182129713134100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1769-0.0891-0.08620.0450.03780.40490.06290.2829-0.3095-0.0157-0.07750.09870.2651-0.2775-0.0180.194-0.0108-0.03130.3141-0.04370.241136.2632-46.5998119.8611
20.10410.01740.0940.0137-0.00120.1114-0.0931-0.0859-0.13790.1365-0.00440.10670.0832-0.0081-0.02220.15650.00910.0590.13370.03660.143946.1814-54.0039140.3249
30.7218-0.2126-0.43080.37890.21350.76640.0089-0.08030.00420.0058-0.0060.03010.01230.016-00.04820.00680.00220.09350.00270.070549.6612-39.965134.0486
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 35 through 76 )A35 - 76
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 77 through 94 )A77 - 94
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 95 through 396 )A95 - 396

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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