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- PDB-5k9a: Sortase A from Corynebacterium diphtheriae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5k9a
タイトルSortase A from Corynebacterium diphtheriae
要素Putative fimbrial associated sortase-like protein
キーワードHYDROLASE / sortase / structural genomics / IDP58949 / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity / membrane
類似検索 - 分子機能
Sortase C / Sortase; Chain: A; / Sortase / Sortase family / Sortase domain superfamily / Sortase domain / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Fimbrial associated sortase-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種Corynebacterium diphtheriae (ジフテリア菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Osipiuk, J. / Huang, I.-H. / Ma, X. / Ton-That, H. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272200700058C 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201200026C 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2018
タイトル: In vitro reconstitution of sortase-catalyzed pilus polymerization reveals structural elements involved in pilin cross-linking.
著者: Chang, C. / Amer, B.R. / Osipiuk, J. / McConnell, S.A. / Huang, I.H. / Hsieh, V. / Fu, J. / Nguyen, H.H. / Muroski, J. / Flores, E. / Ogorzalek Loo, R.R. / Loo, J.A. / Putkey, J.A. / ...著者: Chang, C. / Amer, B.R. / Osipiuk, J. / McConnell, S.A. / Huang, I.H. / Hsieh, V. / Fu, J. / Nguyen, H.H. / Muroski, J. / Flores, E. / Ogorzalek Loo, R.R. / Loo, J.A. / Putkey, J.A. / Joachimiak, A. / Das, A. / Clubb, R.T. / Ton-That, H.
履歴
登録2016年5月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22018年5月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.32019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42019年12月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative fimbrial associated sortase-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,6402
ポリマ－23,5441
非ポリマー961
水2,990166
1
A: Putative fimbrial associated sortase-like protein
ヘテロ分子

A: Putative fimbrial associated sortase-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2804
ポリマ－47,0882
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_655-x+y+1,y,-z+1/21
Buried area2970 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area20130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.716, 77.716, 202.282
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

-
要素

#1: タンパク質 Putative fimbrial associated sortase-like protein


分子量: 23544.125 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP resdiues 37-248 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium diphtheriae (strain ATCC 700971 / NCTC 13129 / Biotype gravis) (ジフテリア菌)
株: ATCC 700971 / NCTC 13129 / Biotype gravis / 遺伝子: DIP2012 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6NF82
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 166 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.78 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.6 M ammonium sulfate, 0.1 M MES/NaOH buffer, 10% 1,4-dioxane

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月20日
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→38.9 Å / Num. obs: 21872 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 15.4 % / Rmerge(I) obs: 0.142 / Net I/av σ(I): 30.661 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.1-2.1415.20.9161100
2.14-2.1815.50.8491100
2.18-2.22160.651100
2.22-2.26160.631100
2.26-2.3116.10.5541100
2.31-2.3716.10.5141100
2.37-2.42160.431100
2.42-2.49160.3581100
2.49-2.5616.10.3281100
2.56-2.6515.90.2841100
2.65-2.7415.90.2361100
2.74-2.8515.80.1961100
2.85-2.9815.70.1551100
2.98-3.1415.60.1271100
3.14-3.3315.40.108199.6
3.33-3.5915.10.094199.6
3.59-3.9514.60.084199.6
3.95-4.5214.40.068199.4
4.52-5.713.80.055199.2
5.7-5013.20.046197.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データスケーリング
REFMAC5.8.0069精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2XWG

2xwg


解像度: 2.1→38.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 5.708 / SU ML: 0.079 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.131 / ESU R Free: 0.127
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1956 1106 5.1 %RANDOM
Rwork0.1605 ---
obs0.1622 20740 99.74 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 97.39 Å2 / Biso mean: 31.335 Å2 / Biso min: 14.46 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.33 Å20.16 Å2-0 Å2
2--0.33 Å2-0 Å2
3----1.07 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→38.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1662 0 5 167 1834
Biso mean--66.04 38.48 -
残基数----215
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0191795
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021679
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7551.9692484
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8633887
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2285241
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.62524.94489
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.48515281
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.1641511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.2287
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0212104
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02399
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0552.23887
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.0432.226886
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.0333.321114
LS精密化 シェル解像度: 2.102→2.157 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.24 80 -
Rwork0.174 1453 -
all-1533 -
obs--97.77 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 37.3472 Å / Origin y: 6.6678 Å / Origin z: 33.343 Å
111213212223313233
T0.0592 Å2-0.0195 Å2-0.003 Å2-0.0264 Å20.0141 Å2--0.0113 Å2
L0.566 °20.4809 °20.3287 °2-0.4115 °20.2808 °2--1.7126 °2
S-0.0239 Å °0.0616 Å °0.0163 Å °-0.0151 Å °0.0572 Å °0.0177 Å °0.0063 Å °-0.0031 Å °-0.0333 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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