PDB-5k94: Deletion-Insertion Chimera of MBP with the Preprotein Cross-Linki...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5k94

タイトル

Deletion-Insertion Chimera of MBP with the Preprotein Cross-Linking Domain of the SecA ATPase

要素

Maltose-binding periplasmic protein,Protein translocase subunit SecA,Maltose-binding periplasmic protein

キーワード

PROTEIN TRANSPORT / preprotein translocase / SecA / preprotein cross-linking domain / PPXD / MBP chimera

機能・相同性

機能・相同性情報

protein-exporting ATPase activity / protein-secreting ATPase / intracellular protein transmembrane transport / protein import / carbohydrate transmembrane transporter activity / protein targeting / outer membrane-bounded periplasmic space / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli O157:H7 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Shilton, B.H. / Hackett, J. / Ghonaim, N.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2017
タイトル: Characterization of a polypeptide-binding site in the DEAD Motor of the SecA ATPase.
著者: Khalili Yazdi, A. / Namjoshi, S. / Hackett, J. / Ghonaim, N. / Shilton, B.H.

履歴

登録	2016年5月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年6月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2018年9月19日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.3	2020年1月8日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5k94.cif.gz	419.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5k94.ent.gz	342.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5k94.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5k94_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5k94_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	5k94_validation.xml.gz	40.8 KB	表示
CIF形式データ	5k94_validation.cif.gz	57.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k9/5k94 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k9/5k94	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1ompS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6zj2-1 2ch4-2 5az9-d 2o0y-2 4n4k-d 6eid-d 3ujz-d 5jej-d 5yk3-3 3ls8-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (5) #221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (5) #243 - 2020年3月電位依存性ナトリウムチャネル (Voltage-gated Sodium Channels) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Maltose-binding periplasmic protein,Protein translocase subunit SecA,Maltose-binding periplasmic protein

B: Maltose-binding periplasmic protein,Protein translocase subunit SecA,Maltose-binding periplasmic protein

ヘテロ分子

113 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Maltose-binding periplasmic protein,Protein translocase subunit SecA,Maltose-binding periplasmic protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
56.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Maltose-binding periplasmic protein,Protein translocase subunit SecA,Maltose-binding periplasmic protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
56.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	140.880, 165.260, 43.820
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Maltose-binding periplasmic protein,Protein translocase subunit SecA,Maltose-binding periplasmic protein / MBP / MMBP / Maltodextrin-binding protein 分子量: 56426.668 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli O157:H7 (大腸菌) / 遺伝子: malE, Z5632, ECs5017, secA, Z0108, ECs0102 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AEY0, UniProt: Q8X996
#2: 化合物	ChemComp-B3P / 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / 2,2′-(トリメチレンビスイミノ)ビス[2-(ヒドロキシメチル)プロパン-1,3-ジオ-ル] 分子量: 282.334 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₂₆N₂O₆ / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 454 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.7 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 50 mM PCB buffer (Qiagen; sodium propionate, sodium cacodylate, bis-tris propane), pH 7.0; 19.5 % PEG 1500; 10% glycerol; 28 mg/mL protein concentration

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

CLSI

/ ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97934 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月13日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97934 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→45.2 Å / Num. obs: 110536 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 34.97 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 14.89

反射シェル

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
2.1-2.15		0.381	2.38	1	74.9
2.15-2.21		0.322	3.03	1	80.4
2.21-2.28		0.273	3.83	1	91.1
2.28-2.35		0.239	4.93	1	97.2
2.35-2.42		0.223	6.37	1	99.9
2.42-2.51		0.186	7.9	1	99.8
2.51-2.6		0.158	9.38	1	99.9
2.6-2.71		0.13	11.43	1	99.9
2.71-2.83		0.107	13.71	1	100
2.83-2.97		0.089	15.92	1	100
2.97-3.13		0.075	18.44	1	100
3.13-3.32		0.063	21.62	1	99.9
3.32-3.55		0.052	25.07	1	99.9
3.55-3.83		0.045	27.91	1	99.9
3.83-4.2		0.04	30.2	1	99.8
4.2-4.7		0.039	31.57	1	100
4.7-5.42		0.038	31.77	1	99.9
5.42-6.64		0.035	31.89	1	100
6.64-9.39		0.029	34.16	1	99.9
	9.39	0.026	33.91	1	97.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
XDS		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1OMP

1omp

解像度: 2.1→17.965 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.03 / 位相誤差: 23.82

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2296	2991	5.11 %	Random Selection
R_work	0.202	-	-	-
obs	0.2034	58556	96.36 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 152.8 Å² / B_iso mean: 49.6661 Å² / B_iso min: 18.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.1→17.965 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7936	0	38	454	8428
B_iso mean	-	-	82.47	44.02	-
残基数	-	-	-	-	1012

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	8144
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.521	11030
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.04	1200
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1432
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.741	4902

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 21

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.1-2.1344	0.3841	116	0.2812	2027	2143	76
2.1344-2.1711	0.3148	110	0.2683	2201	2311	80
2.1711-2.2105	0.2903	111	0.2619	2223	2334	83
2.2105-2.253	0.2865	156	0.2511	2376	2532	89
2.253-2.2989	0.3121	140	0.2497	2613	2753	95
2.2989-2.3488	0.2879	158	0.2449	2664	2822	99
2.3488-2.4033	0.3272	148	0.2378	2698	2846	100
2.4033-2.4632	0.2734	141	0.2349	2744	2885	100
2.4632-2.5296	0.2774	125	0.2276	2704	2829	100
2.5296-2.6039	0.2476	153	0.225	2751	2904	100
2.6039-2.6876	0.2729	145	0.2257	2692	2837	100
2.6876-2.7834	0.2361	149	0.2164	2742	2891	100
2.7834-2.8944	0.2808	148	0.2229	2755	2903	100
2.8944-3.0255	0.2604	134	0.2204	2719	2853	100
3.0255-3.1842	0.2688	164	0.2246	2743	2907	100
3.1842-3.3825	0.236	129	0.2125	2795	2924	100
3.3825-3.6416	0.2191	149	0.193	2763	2912	100
3.6416-4.0044	0.1998	146	0.1755	2780	2926	100
4.0044-4.5755	0.1976	157	0.1631	2775	2932	100
4.5755-5.7333	0.1728	157	0.175	2836	2993	100
5.7333-17.9653	0.1738	155	0.1759	2964	3119	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7348	-1.7305	0.5098	5.8062	-2.6703	4.214	-0.0296	-0.063	0.1133	0.3629	0.1192	0.1883	-0.5941	-0.433	-0.0668	0.2789	0.055	0.0549	0.2592	-0.0871	0.194	-37.2896	13.4809	28.6337
2	7.2363	-0.9639	-1.3796	5.9456	1.1902	4.4238	-0.4685	-0.245	-0.5892	0.2605	0.5382	0.6673	0.6697	-0.2456	-0.0926	0.2958	-0.0196	0.0402	0.2985	0.1464	0.5189	-5.3456	15.6301	11.3669
3	1.2229	-0.8892	0.6297	4.7074	-2.1723	3.1635	0.045	0.0088	-0.0649	0.3582	-0.0877	-0.0711	-0.4078	-0.1259	0.0344	0.2699	0.0631	0.045	0.2365	-0.0641	0.2271	-32.8123	6.17	31.9191
4	3.7161	1.74	-2.0854	1.7875	-1.1173	3.9078	0.1522	-0.2502	0.0897	0.0314	-0.0898	0.069	-0.5491	-0.0206	-0.0382	0.307	0.0572	-0.0791	0.2561	-0.0812	0.2497	-16.4258	55.2125	-6.1598
5	0.1513	0.2387	0.2045	5.0806	-2.2005	1.6464	-0.0082	0.0818	0.1275	0.2224	-0.0034	-0.1215	-0.2513	0.3257	0.0249	0.1982	-0.0397	-0.053	0.3912	0.0218	0.4042	9.8462	37.0191	9.2186
6	3.8005	1.0589	-1.8564	1.5049	-0.809	2.9708	0.1909	-0.1024	0.1441	-0.0252	-0.0718	-0.0679	-0.6399	0.1317	-0.098	0.3669	-0.0831	-0.0269	0.2539	-0.0549	0.2096	-10.1585	58.9004	-10.1562

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 231 )	A	1 - 231
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 232 through 361 )	A	232 - 361
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 362 through 1370 )	A	362 - 1370
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 1 through 163 )	B	1 - 163
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 164 through 1200 )	B	164 - 1200
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 1201 through 1370 )	B	0

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