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- PDB-5k8e: Xylooligosaccharide oxidase from Myceliophthora thermophila C1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5k8e
タイトルXylooligosaccharide oxidase from Myceliophthora thermophila C1
要素FAD linked oxidase-like protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / FAD / CAZy / oligosaccharide / xylose / xylan
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; 酸素を用いる / FAD binding / oxidoreductase activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / Vanillyl-alcohol Oxidase; Chain A, domain 3 - #20 / Berberine/berberine-like / Berberine and berberine like / Vanillyl-alcohol Oxidase; Chain A, domain 3 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3 - #10 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3 / FAD linked oxidase, N-terminal / FAD binding domain / FAD-binding domain, PCMH-type ...: / Vanillyl-alcohol Oxidase; Chain A, domain 3 - #20 / Berberine/berberine-like / Berberine and berberine like / Vanillyl-alcohol Oxidase; Chain A, domain 3 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3 - #10 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3 / FAD linked oxidase, N-terminal / FAD binding domain / FAD-binding domain, PCMH-type / PCMH-type FAD-binding domain profile. / FAD-binding, type PCMH, subdomain 2 / FAD-binding, type PCMH-like superfamily / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Xylooligosaccharide oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Myceliophthora thermophila (菌類)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.93 Å
データ登録者Rozeboom, H.J. / Ferrari, A.R. / Fraaije, M.W.
資金援助 オランダ, 1件
組織認可番号国
NWO オランダ
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Discovery of a Xylooligosaccharide Oxidase from Myceliophthora thermophila C1.
著者: Ferrari, A.R. / Rozeboom, H.J. / Dobruchowska, J.M. / van Leeuwen, S.S. / Vugts, A.S. / Koetsier, M.J. / Visser, J. / Fraaije, M.W.
履歴
登録2016年5月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月28日Group: Database references
改定 1.22016年11月16日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_mod_residue / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_mod_residue.auth_asym_id / _pdbx_struct_mod_residue.auth_seq_id / _pdbx_struct_mod_residue.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FAD linked oxidase-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,14611
ポリマ－54,3761
非ポリマー2,76910
水6,684371
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4050 Å2
ΔGint13 kcal/mol
Surface area18480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)123.951, 59.440, 68.693
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.62, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 FAD linked oxidase-like protein


分子量: 54376.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: First 16 residues are a signal sequence
由来: (組換発現) Myceliophthora thermophila (strain ATCC 42464 / BCRC 31852 / DSM 1799) (菌類)
遺伝子: MYCTH_102971
発現宿主: Myceliophthora thermophila ATCC 42464 (菌類)
参照: UniProt: G2QG48, 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; 酸素を用いる

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糖 , 2種, 5分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 4種, 376分子

#3: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#5: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 371 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 15-18% PEG3350, 0.1 M MES buffer, 0.2 M ammonium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR-H / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2015年2月9日
放射モノクロメーター: HeliosMX mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.93→53.6 Å / Num. obs: 37594 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 7.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.163 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 1.93→1.97 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.673 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 91.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ZR6 and 3RJ8

1zr6

3rj8


解像度: 1.93→53.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 6.801 / SU ML: 0.101 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.148 / ESU R Free: 0.132 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19544 1853 4.9 %RANDOM
Rwork0.15882 ---
obs0.16056 35740 99.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 19.949 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.24 Å2-0 Å2-0.51 Å2
2--0.38 Å2-0 Å2
3----0.12 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.93→53.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3673 0 181 371 4225
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0193987
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023560
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3271.995453
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.76238162
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7255476
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.03223.901182
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.51915550
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.1331521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.2590
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0214508
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02932
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4711.0261898
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.4711.0241897
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.831.5362373
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other0.831.5372374
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.9681.2752089
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.9661.2752089
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.5721.873080
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.98710.0974952
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.8079.6554810
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.929→1.979 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.336 121 -
Rwork0.272 2435 -
obs--91.94 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8587-0.18120.18960.7419-0.57280.80290.0033-0.0722-0.19350.023-0.01640.01790.1080.1290.01310.07240.02740.00380.06680.01460.027360.63893.226352.9263
21.0658-0.37080.4380.4559-0.10760.8036-0.0663-0.1578-0.1160.0940.08220.1431-0.0054-0.1219-0.0160.0372-0.00120.01970.05620.03650.052434.504412.06954.0582
37.1491-1.0131-1.09022.7448-1.06073.26010.34460.5494-0.7148-0.6838-0.02530.21530.4173-0.1954-0.31930.26410.0446-0.01340.11930.03050.224243.3745-4.408952.0433
40.8356-0.24570.16150.82760.18231.0161-0.01330.05840.0018-0.02780.0020.0503-0.0679-0.02130.01120.0455-0.0102-0.01190.0560.01470.041738.186717.214237.8304
53.4812-1.02750.7871.7226-0.13122.8599-0.08660.11620.34970.0004-0.0104-0.1546-0.19110.18590.09690.0497-0.0441-0.01720.040.01690.049157.387724.137947.1485
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A25 - 124
2X-RAY DIFFRACTION2A125 - 323
3X-RAY DIFFRACTION3A324 - 338
4X-RAY DIFFRACTION4A339 - 455
5X-RAY DIFFRACTION5A456 - 497

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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