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- PDB-5k8c: X-ray structure of KdnB, 3-deoxy-alpha-D-manno-octulosonate 8-oxi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5k8c
タイトルX-ray structure of KdnB, 3-deoxy-alpha-D-manno-octulosonate 8-oxidase, from Shewanella oneidensis
要素3-deoxy-alpha-D-manno-octulosonate 8-oxidase
キーワードTRANSFERASE / Group III alcohol dehydrogenase / 8-amino-3 / 8-dideoxy-d-manno-octulosonic acid / deoxy sugar
機能・相同性
機能・相同性情報


3-deoxy-alpha-D-manno-octulosonate 8-oxidase / alcohol dehydrogenase (NAD+) activity / lipopolysaccharide biosynthetic process / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Iron-type alcohol dehydrogenase-like / Dehydroquinate synthase-like, alpha domain / Dehydroquinate synthase-like - alpha domain / Alcohol dehydrogenase, iron-type/glycerol dehydrogenase GldA / Iron-containing alcohol dehydrogenase / Rossmann fold - #1970 / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / PHOSPHATE ION / 3-deoxy-alpha-D-manno-octulosonate 8-oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Shewanella oneidensis (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Holden, H.M. / Thoden, J.B. / Zachman-Brockmeyer, T.R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM115921 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016
タイトル: Structures of KdnB and KdnA from Shewanella oneidensis: Key Enzymes in the Formation of 8-Amino-3,8-Dideoxy-d-Manno-Octulosonic Acid.
著者: Zachman-Brockmeyer, T.R. / Thoden, J.B. / Holden, H.M.
履歴
登録2016年5月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月22日Group: Database references
改定 1.22016年8月24日Group: Database references
改定 1.32017年9月20日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-deoxy-alpha-D-manno-octulosonate 8-oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,7228
ポリマ－39,6711
非ポリマー1,0527
水7,891438
1
A: 3-deoxy-alpha-D-manno-octulosonate 8-oxidase
ヘテロ分子

A: 3-deoxy-alpha-D-manno-octulosonate 8-oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,44516
ポリマ－79,3412
非ポリマー2,10414
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_467y-1,x+1,-z+21
Buried area7950 Å2
ΔGint-171 kcal/mol
Surface area27000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.594, 107.594, 149.861
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-654-

HOH

21A-785-

HOH

31A-868-

HOH

41A-909-

HOH

51A-930-

HOH

61A-934-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 3-deoxy-alpha-D-manno-octulosonate 8-oxidase


分子量: 39670.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shewanella oneidensis (strain MR-1) (バクテリア)
株: MR-1 / 遺伝子: kdnB, SO_2477 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q8EEB0, 3-deoxy-alpha-D-manno-octulosonate 8-oxidase

-
非ポリマー , 6種, 445分子

#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 438 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.03 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 7-9% PEG-8000, 100 mM homopipes, 1 M tetramethylammonium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: Bruker Platinum 135 / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→93.18 Å / Num. obs: 44036 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rsym value: 0.083 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 1.85→1.95 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.399 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0124精密化
SAINTデータ削減
SADABSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3RF7

3rf7


解像度: 1.85→93.18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 3.051 / SU ML: 0.087 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.114 / ESU R Free: 0.115 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21811 2218 5 %RANDOM
Rwork0.17851 ---
obs0.18052 41818 99.34 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 19.154 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.48 Å20.24 Å20 Å2
2--0.48 Å20 Å2
3----1.57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→93.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2774 0 61 438 3273
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0192916
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022754
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0421.9823957
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.08536367
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5595363
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.57725122
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.76115500
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.318159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1230.2438
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0213252
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02638
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7291.651437
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.7281.651436
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.4222.4671796
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.4232.4681797
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.8711.9641479
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.8651.9641479
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.2582.832159
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.24815.1153768
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.24715.123769
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.325 149 -
Rwork0.318 3021 -
obs--98.82 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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