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- PDB-5k73: as-isolated Dbr1 with Fe(II) and Zn(II) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5k73
タイトルas-isolated Dbr1 with Fe(II) and Zn(II)
要素RNA lariat debranching enzyme, putative
キーワードHYDROLASE / metalloenzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA lariat debranching enzyme activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 / RNA splicing, via transesterification reactions / mRNA splicing, via spliceosome / manganese ion binding / iron ion binding / perinuclear region of cytoplasm / RNA binding / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Lariat debranching enzyme, N-terminal metallophosphatase domain / : / Dbr1, C-terminal domain / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Metallo-dependent phosphatase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
: / HYDROXIDE ION / Lariat debranching enzyme
類似検索 - 構成要素
生物種Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.08 Å
データ登録者Clark, N.E. / Taylor, A.B. / Hart, P.J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016
タイトル: The RNA lariat debranching enzyme Dbr1: metal dependence and branched RNA co-crystal structures
著者: Clark, N.E. / Katolik, A. / Roberts, K. / Taylor, A.B. / Holloway, S.P. / Schuermann, J.P. / Montemayor, E.J. / Stevens, S.W. / Fitzpatrick, P.F. / Damha, M.J. / Hart, P.J.
履歴
登録2016年5月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / Item: _citation.journal_id_CSD
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA lariat debranching enzyme, putative
B: RNA lariat debranching enzyme, putative
C: RNA lariat debranching enzyme, putative
D: RNA lariat debranching enzyme, putative
E: RNA lariat debranching enzyme, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)208,10334
ポリマ－206,0665
非ポリマー2,03629
水10,431579
1
A: RNA lariat debranching enzyme, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,6407
ポリマ－41,2131
非ポリマー4266
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: RNA lariat debranching enzyme, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,6407
ポリマ－41,2131
非ポリマー4266
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: RNA lariat debranching enzyme, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,6407
ポリマ－41,2131
非ポリマー4266
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: RNA lariat debranching enzyme, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,7368
ポリマ－41,2131
非ポリマー5237
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: RNA lariat debranching enzyme, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,4485
ポリマ－41,2131
非ポリマー2344
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)73.161, 141.705, 213.777
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 5分子 ABCDE

#1: タンパク質
RNA lariat debranching enzyme, putative


分子量: 41213.266 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ)
遺伝子: EHI_062730 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C4M1P9

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非ポリマー , 5種, 608分子

#2: 化合物
ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物
ChemComp-OH / HYDROXIDE ION / ヒドロキシド


分子量: 17.007 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: HO
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 579 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.97 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: PEG 3350, lithium sulfate, glycerol, bis-tris

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1.7316 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.7316 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.078→70 Å / Num. obs: 223208 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 15.4
反射 シェル解像度: 2.08→2.17 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.559 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 66.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10_2155精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 4PEF

4pef


解像度: 2.08→69.22 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.18 / 位相誤差: 24.26
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2127 11177 5.01 %
Rwork0.1783 --
obs0.18 223208 86.27 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.08→69.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14294 0 85 579 14958
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0414862
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.49620028
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.0865481
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0432097
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032509
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0777-2.10130.361470.30713017X-RAY DIFFRACTION37
2.1013-2.12610.34172310.30364245X-RAY DIFFRACTION52
2.1261-2.1520.31192650.29045234X-RAY DIFFRACTION63
2.152-2.17920.32713260.29446210X-RAY DIFFRACTION77
2.1792-2.20790.30423190.28847008X-RAY DIFFRACTION85
2.2079-2.23820.32093950.27666979X-RAY DIFFRACTION85
2.2382-2.27010.2993650.2747086X-RAY DIFFRACTION87
2.2701-2.3040.30183820.26177179X-RAY DIFFRACTION88
2.304-2.340.28874090.25397334X-RAY DIFFRACTION89
2.34-2.37840.28553910.24937319X-RAY DIFFRACTION89
2.3784-2.41940.28753290.22317126X-RAY DIFFRACTION86
2.4194-2.46340.24854500.21767383X-RAY DIFFRACTION91
2.4634-2.51080.24683920.21357583X-RAY DIFFRACTION92
2.5108-2.5620.25363770.20237551X-RAY DIFFRACTION93
2.562-2.61780.23534090.19457702X-RAY DIFFRACTION93
2.6178-2.67870.24814130.19757421X-RAY DIFFRACTION92
2.6787-2.74560.2743760.21387672X-RAY DIFFRACTION93
2.7456-2.81990.25324110.21157239X-RAY DIFFRACTION88
2.8199-2.90290.25014350.20457653X-RAY DIFFRACTION94
2.9029-2.99660.244080.19737675X-RAY DIFFRACTION94
2.9966-3.10370.24944070.19737683X-RAY DIFFRACTION94
3.1037-3.22790.22723800.19947586X-RAY DIFFRACTION93
3.2279-3.37480.23333650.18297564X-RAY DIFFRACTION92
3.3748-3.55270.21523740.17677166X-RAY DIFFRACTION87
3.5527-3.77530.19313890.15797634X-RAY DIFFRACTION93
3.7753-4.06680.17154330.14077575X-RAY DIFFRACTION93
4.0668-4.4760.14344200.1247501X-RAY DIFFRACTION92
4.476-5.12350.14814030.12367292X-RAY DIFFRACTION89
5.1235-6.45430.19013590.15277801X-RAY DIFFRACTION95
6.4543-69.25810.17124170.15217613X-RAY DIFFRACTION93
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6905-0.04390.03791.23550.12060.98360.0207-0.0934-0.0009-0.01690.03530.0116-0.1014-0.0870.05530.25550.0043-0.01060.2879-0.01310.28420.6947-38.2886-23.8151
21.29270.44110.29311.51440.02720.91210.1445-0.06750.07330.0407-0.1266-0.03980.03390.060.00550.255-0.0312-0.01520.26560.03430.252434.4967-68.3485-19.3286
30.75280.09220.01421.70040.40151.1888-0.01090.0344-0.08040.0952-0.0816-0.13450.18230.1018-0.02280.4247-0.0119-0.11170.32440.05460.368353.1694-88.2439.8283
41.20330.142-1.0780.9270.06691.93120.1224-0.2491-0.00150.05210.0083-0.0112-0.1940.2248-0.00580.2389-0.05140.03870.3319-0.00350.316241.8885-81.7603-65.1275
50.7545-0.07520.16311.6167-0.70562.0645-0.06960.05210.0539-0.1348-0.02280.16530.3308-0.28850.04430.312-0.05760.00440.3196-0.01520.30437.9435-95.584-44.0198
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 5 through 353)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 5 through 353)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' and resid 5 through 353)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'D' and resid 4 through 353)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain 'E' and resid 5 through 353)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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