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万見
- PDB-5k6h: Crystal structure of prefusion-stabilized RSV F single-chain 9-10... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5k6h
タイトルCrystal structure of prefusion-stabilized RSV F single-chain 9-10 DS-Cav1 A149C-Y458C variant.
要素Fusion glycoprotein F0
キーワードVIRAL PROTEIN / Respiratory Syncytial Virus / Prefusion / Vaccine / Stabilized
機能・相同性
機能・相同性情報


Translation of respiratory syncytial virus mRNAs / symbiont-mediated induction of syncytium formation / RSV-host interactions / Maturation of hRSV A proteins / Assembly and release of respiratory syncytial virus (RSV) virions / host cell Golgi membrane / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane ...Translation of respiratory syncytial virus mRNAs / symbiont-mediated induction of syncytium formation / RSV-host interactions / Maturation of hRSV A proteins / Assembly and release of respiratory syncytial virus (RSV) virions / host cell Golgi membrane / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Precursor fusion glycoprotein F0, Paramyxoviridae / Fusion glycoprotein F0
類似検索 - ドメイン・相同性
Fusion glycoprotein F0
類似検索 - 構成要素
生物種Human respiratory syncytial virus A (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.648 Å
データ登録者Joyce, M.G. / Zhang, B. / Mascola, J.R. / Kwong, P.D.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2016
タイトル: Iterative structure-based improvement of a fusion-glycoprotein vaccine against RSV.
著者: Joyce, M.G. / Zhang, B. / Ou, L. / Chen, M. / Chuang, G.Y. / Druz, A. / Kong, W.P. / Lai, Y.T. / Rundlet, E.J. / Tsybovsky, Y. / Yang, Y. / Georgiev, I.S. / Guttman, M. / Lees, C.R. / ...著者: Joyce, M.G. / Zhang, B. / Ou, L. / Chen, M. / Chuang, G.Y. / Druz, A. / Kong, W.P. / Lai, Y.T. / Rundlet, E.J. / Tsybovsky, Y. / Yang, Y. / Georgiev, I.S. / Guttman, M. / Lees, C.R. / Pancera, M. / Sastry, M. / Soto, C. / Stewart-Jones, G.B. / Thomas, P.V. / Van Galen, J.G. / Baxa, U. / Lee, K.K. / Mascola, J.R. / Graham, B.S. / Kwong, P.D.
履歴
登録2016年5月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
F: Fusion glycoprotein F0


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,2171
ポリマ－49,2171
非ポリマー00
水84747
1
F: Fusion glycoprotein F0

F: Fusion glycoprotein F0

F: Fusion glycoprotein F0


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,6513
ポリマ－147,6513
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_663z+1,x+1,y-21
crystal symmetry operation9_474y-1,z+2,x-11
Buried area9960 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area57340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)169.082, 169.082, 169.082
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number213
Space group name H-MP4132

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要素

#1: タンパク質 Fusion glycoprotein F0 / Protein F


分子量: 49217.164 Da / 分子数: 1
断片: UNP residues 26-103 linked to residues 145-509 via LINKER residues GS
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human respiratory syncytial virus A (strain A2) (ウイルス)
株: A2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P03420
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.98 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M phosphate-citrate, pH4.2, 0.12 M NaCl, 9.5% (w/v) PEG 8,000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.648→37.808 Å / Num. obs: 19610 / % possible obs: 79.4 % / 冗長度: 3.2 % / Net I/σ(I): 8.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10_2155精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.648→37.808 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.14 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2523 966 4.94 %
Rwork0.2216 --
obs0.2231 19566 79.38 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.648→37.808 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3437 0 0 47 3484
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033503
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6234752
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.9812177
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042571
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003598
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.648-2.78730.31811170.30172264X-RAY DIFFRACTION69
2.7873-2.96180.31771440.28872693X-RAY DIFFRACTION83
2.9618-3.19040.26151670.26372823X-RAY DIFFRACTION86
3.1904-3.51130.25271400.2312785X-RAY DIFFRACTION84
3.5113-4.01890.25411160.21372758X-RAY DIFFRACTION82
4.0189-5.06150.21661250.18072689X-RAY DIFFRACTION79
5.0615-37.81170.24981570.21362588X-RAY DIFFRACTION73
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1197-0.06530.37941.91041.60583.37340.04170.4211-0.2893-0.27250.3539-0.08480.21490.2248-0.36040.4738-0.1208-0.03690.4729-0.0260.5051175.39326.72224.0799
24.13720.82061.12054.08941.13825.02050.47260.6907-0.9535-0.2349-0.10050.32761.8842-0.2817-0.7521.1366-0.1429-0.20330.6994-0.19590.9375172.3958308.8371-4.1187
31.44950.63330.29392.00091.62232.5147-0.03940.1349-0.1881-0.09170.0220.35440.2236-0.241-0.04780.3753-0.0176-0.05770.37830.04370.4422172.9311332.105714.3197
41.4439-0.43580.1442.0593-0.29160.83370-0.16560.10690.24940.022-0.1588-0.07870.10440.01050.411-0.00750.00880.4397-0.0420.3905175.0588356.054631.4968
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'F' and (resid 26 through 159 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'F' and (resid 160 through 216 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'F' and (resid 217 through 352 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'F' and (resid 353 through 509 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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