PDB-5k6f: Crystal structure of prefusion-stabilized RSV F single-chain 9-19...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5k6f

タイトル

Crystal structure of prefusion-stabilized RSV F single-chain 9-19 DS-Cav1 variant.

要素

Fusion glycoprotein F0

キーワード

VIRAL PROTEIN / Respiratory Syncytial Virus / Prefusion / Vaccine / Stabilized

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of syncytium formation by virus / Translation of respiratory syncytial virus mRNAs / RSV-host interactions / Maturation of hRSV A proteins / Assembly and release of respiratory syncytial virus (RSV) virions / host cell Golgi membrane / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Human respiratory syncytial virus A (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.59 Å

データ登録者

Joyce, M.G. / Zhang, B. / Lai, Y.T. / Mascola, J.R. / Kwong, P.D.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2016
タイトル: Iterative structure-based improvement of a fusion-glycoprotein vaccine against RSV.
著者: Joyce, M.G. / Zhang, B. / Ou, L. / Chen, M. / Chuang, G.Y. / Druz, A. / Kong, W.P. / Lai, Y.T. / Rundlet, E.J. / Tsybovsky, Y. / Yang, Y. / Georgiev, I.S. / Guttman, M. / Lees, C.R. / ...

履歴

登録	2016年5月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年8月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年9月21日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5k6f.cif.gz	186.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5k6f.ent.gz	155.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5k6f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5k6f_validation.pdf.gz	426.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5k6f_full_validation.pdf.gz	431.3 KB	表示
XML形式データ	5k6f_validation.xml.gz	17.8 KB	表示
CIF形式データ	5k6f_validation.cif.gz	23.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k6/5k6f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k6/5k6f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5k6bC 5k6cC 5k6gC 5k6hC 5k6iC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5k6g-1 5k6h-1 5k6c-1 6ead-1 6q0s-1 5k6i-1 4mmu-1 4mmr-1 5k6b-1 4mms-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#170 - 2014年2月広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies) 類似性 (3) #221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (1) #231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (2)

登録構造単位

F: Fusion glycoprotein F0

49.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

F: Fusion glycoprotein F0

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
149 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	168.934, 168.934, 168.934
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	213
Space group name H-M	P4₁32

#1: タンパク質	Fusion glycoprotein F0 / Protein F 分子量: 49560.414 Da / 分子数: 1 断片: UNP residues 26-103 linked to residues 145-509 via LINKER residues GGSGGSG 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: RSV F single-chain 9-19 DS-Cav1 variant 由来: (組換発現) Human respiratory syncytial virus A (strain A2) (ウイルス) 株: A2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P03420
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Fusion glycoprotein F0 / Protein F

分子量: 49560.414 Da / 分子数: 1
断片: UNP residues 26-103 linked to residues 145-509 via LINKER residues GGSGGSG
由来タイプ: 組換発現 / 詳細: RSV F single-chain 9-19 DS-Cav1 variant
由来: (組換発現)

Human respiratory syncytial virus A (strain A2) (ウイルス)
株: A2 / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P03420

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 4.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 70.09 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M Na citrate pH 5.6, 15 % iso-propanol, 17 % PEG 4,000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年1月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.55→46.854 Å / Num. obs: 26218 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.9 % / Net I/σ(I): 16.2
反射シェル	解像度: 2.55→2.64 Å / 冗長度: 7.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10_2155	精密化
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 2.59→45.15 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.29 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2374	1260	4.82 %
R_work	0.2026	-	-
obs	0.2043	26167	99.77 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.59→45.15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3464	0	0	57	3521

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	3519
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.458	4773
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.665	2174
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	572
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	601

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5901-2.6938	0.3681	145	0.2985	2648	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6938-2.8164	0.3267	134	0.2856	2725	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8164-2.9648	0.2631	119	0.2567	2726	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9648-3.1506	0.2622	120	0.2402	2740	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1506-3.3937	0.2598	144	0.2236	2739	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3937-3.7351	0.259	148	0.2084	2748	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7351-4.2752	0.2162	167	0.1861	2752	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2752-5.3849	0.1842	136	0.161	2829	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3849-45.1563	0.2293	147	0.1878	3000	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3875	-0.0838	0.079	0.8869	0.0085	0.7751	0.0165	0.1827	-0.1767	-0.0873	0.1969	-0.079	0.3773	0.0099	-0.0797	0.4577	-0.067	-0.0471	0.3645	-0.039	0.4319	2.8736	-7.1948	13.3718
2	9.8545	0.1434	4.344	3.2694	0.4074	6.3824	0.2528	0.7035	0.3608	0.0639	-0.0142	-0.2144	-0.0087	0.7849	-0.0846	0.742	-0.1945	0.0063	0.628	-0.1697	0.6746	4.7811	-15.9732	-14.1314
3	3.1689	0.73	1.841	1.6171	0.2023	4.9102	0.0619	0.4785	-0.4619	-0.2384	0.0048	-0.0079	0.6585	0.2437	-0.0613	0.7729	0.0475	-0.1206	0.5567	-0.2003	0.6782	5	-22.1772	-2.6856
4	1.517	-0.527	-0.4531	3.2529	2.3668	2.128	0.0033	0.1862	-0.1668	-0.2927	-0.0913	0.326	0.0219	-0.2036	0.1322	0.4061	-0.0312	-0.0908	0.3621	0.0492	0.3786	5.3397	-3.5433	19.1953
5	2.2172	-1.9271	-0.3078	3.072	0.0383	0.2309	-0.0482	-0.0556	0.0448	0.2713	0.0127	-0.1231	0.0175	-0.0074	0.0253	0.3708	0	-0.008	0.3552	0.0174	0.3477	3.3001	15.1375	29.8131
6	6.5179	1.2227	1.0698	2.4432	-0.4851	3.1686	0.0654	-0.3255	0.2971	0.2264	-0.2272	-0.2375	0.001	0.222	0.1521	0.4489	0.0926	0.0743	0.2629	-0.0965	0.3359	9.4168	23.4221	34.1046

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'F' and (resid 26 through 73 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'F' and (resid 74 through 100 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'F' and (resid 101 through 239 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'F' and (resid 240 through 352 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'F' and (resid 353 through 443 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'F' and (resid 444 through 509 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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