PDB-5k6d: Structure of FS50 an antagonist of NaV1.5

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5k6d

タイトル

Structure of FS50 an antagonist of NaV1.5

要素

Putative secreted salivary protein

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / flea / xenopsylla / sodium channel

機能・相同性

Putative secreted salivary protein

機能・相同性情報

生物種

Xenopsylla cheopis (ケオプスネズミノミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.139 Å

データ登録者

Andersen, J.F. / Xu, X.

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Structure and Function of FS50, a salivary protein from the flea Xenopsylla cheopis that blocks the sodium channel NaV1.5.
著者: Xu, X. / Zhang, B. / Yang, S. / An, S. / Ribeiro, J.M. / Andersen, J.F.

履歴

登録	2016年5月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年11月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5k6d.cif.gz	70.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5k6d.ent.gz	55.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5k6d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5k6d_validation.pdf.gz	419.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5k6d_full_validation.pdf.gz	420.1 KB	表示
XML形式データ	5k6d_validation.xml.gz	9.5 KB	表示
CIF形式データ	5k6d_validation.cif.gz	13.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k6/5k6d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k6/5k6d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2v0e-d 5oh7-3 2i3h-1 6wxk-4 1chv-d 1fk3-d 2w9p-14 3uw5-1 5ycq-d 4hil-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative secreted salivary protein

B: Putative secreted salivary protein

16.4 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Putative secreted salivary protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
8.22 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Putative secreted salivary protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
8.22 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.251, 66.627, 42.285
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 121.690, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Putative secreted salivary protein 分子量: 8217.302 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Xenopsylla cheopis (ケオプスネズミノミ) プラスミド: pET17B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)PLYSS / 参照: UniProt: A2IAD2
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 170 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.02 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 30% PEG 6000, 0.1 M bicine, pH 9

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-BM / 波長: 0.96862 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月22日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.96862 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.139→50 Å / Num. obs: 51089 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 8.62 Å² / R_merge(I) obs: 0.038 / Net I/av σ(I): 32.792 / Net I/σ(I): 13.1

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
1.14-1.16	2.7	0.279	1	93.9
1.16-1.18	3.3	0.276	1	97.1
1.18-1.2	3.4	0.247	1	97.5
1.2-1.23	3.6	0.218	1	97.9
1.23-1.25	3.6	0.193	1	98.2
1.25-1.28	3.7	0.181	1	98.3
1.28-1.32	3.7	0.156	1	98.4
1.32-1.35	3.7	0.135	1	98.8
1.35-1.39	3.7	0.119	1	98.8
1.39-1.44	3.7	0.098	1	99
1.44-1.49	3.7	0.078	1	99.3
1.49-1.55	3.7	0.064	1	99.4
1.55-1.62	3.7	0.057	1	99.6
1.62-1.7	3.8	0.051	1	99.8
1.7-1.81	3.8	0.051	1	99.8
1.81-1.95	3.7	0.048	1	99.9
1.95-2.15	3.8	0.041	1	99.9
2.15-2.46	3.8	0.031	1	100
2.46-3.09	3.8	0.023	1	100
3.09-22	3.8	0.018	1	98.9

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データスケーリング
SHELX		位相決定
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.139→22.053 Å / SU ML: 0.08 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 16.45

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1739	2608	5.11 %
R_work	0.1673	-	-
obs	0.1677	51086	98.61 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 43.82 Å² / B_iso mean: 13.9336 Å² / B_iso min: 5.19 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.139→22.053 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1123	0	0	170	1293
B_iso mean	-	-	-	22.24	-
残基数	-	-	-	-	155

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	1171
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.065	1542
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	151
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	205
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.156	453

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 19

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.1394-1.1601	0.1933	125	0.2217	2398	2523	92
1.1601-1.1824	0.2096	136	0.2024	2509	2645	97
1.1824-1.2066	0.2083	127	0.1853	2501	2628	98
1.2066-1.2328	0.2099	137	0.1827	2512	2649	98
1.2328-1.2615	0.2025	140	0.1702	2512	2652	98
1.2615-1.293	0.1931	138	0.1731	2546	2684	98
1.293-1.328	0.1796	144	0.1689	2540	2684	99
1.328-1.3671	0.1802	124	0.1658	2571	2695	99
1.3671-1.4112	0.1787	129	0.1656	2569	2698	99
1.4112-1.4616	0.1734	143	0.1575	2565	2708	99
1.4616-1.5201	0.1608	150	0.1448	2509	2659	99
1.5201-1.5893	0.1559	141	0.1445	2583	2724	99
1.5893-1.673	0.1734	118	0.1461	2599	2717	100
1.673-1.7778	0.1539	140	0.1568	2584	2724	100
1.7778-1.915	0.1645	147	0.1666	2585	2732	100
1.915-2.1076	0.1519	123	0.1647	2592	2715	100
2.1076-2.4122	0.1915	158	0.1679	2573	2731	100
2.4122-3.0379	0.1725	138	0.188	2619	2757	100
3.0379-22.0571	0.1673	150	0.1624	2611	2761	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6005	-0.8259	0.1432	1.6722	-1.2074	1.3727	-0.1436	-0.3224	0.1377	0.2785	0.1786	-0.0477	-0.4742	-0.4152	-0.0009	0.1297	0.0625	-0.0009	0.1569	-0.0068	0.0786	-28.1508	4.1515	18.4925
2	1.8286	-0.5072	-0.7817	3.5464	1.1077	2.7476	-0.0161	-0.0187	-0.1266	-0.0996	-0.017	-0.073	0.1276	-0.0006	0.0266	0.0594	0.0116	-0.0029	0.0474	0.0135	0.0519	-20.5612	-6.6865	11.6308
3	3.5123	-1.0341	0.1215	5.3605	-1.3254	4.6193	0.2627	0.0206	-0.2934	-0.1002	-0.0389	-0.0112	0.8487	-0.0321	-0.1781	0.167	-0.0192	-0.0217	0.0666	0.0264	0.1061	-22.8982	-13.7894	21.0284
4	3.3075	5.0297	1.4358	8.8004	2.9572	4.0176	0.1153	-0.2644	0.0823	0.2061	-0.056	-0.3231	-0.1921	0.3311	0.019	0.0799	-0.0017	-0.0123	0.1251	0.0053	0.1055	-18.6088	-2.2977	19.9435
5	5.3634	0.1549	1.0314	4.4987	1.8004	6.3102	-0.1749	-0.287	0.2406	0.316	0.1579	-0.1331	-0.3883	-0.0033	0.0064	0.1447	-0.0118	-0.0146	0.0551	0.0069	0.1	-19.9289	11.8372	2.7235
6	2.9513	-2.4942	1.2147	4.3307	-1.3768	2.0096	-0.0789	0.1209	0.229	0.0286	-0.0008	-0.1039	-0.2014	0.0953	0.0707	0.0711	-0.0088	-0.0012	0.0767	0.0108	0.0866	-15.3039	5.0119	-1.5785
7	3.5089	-2.0913	0.2325	3.5459	-0.1402	1.9516	-0.0182	0.0939	-0.0652	0.0392	-0.0022	-0.02	0.1105	0.0433	0.0091	0.0354	-0.0039	0.0061	0.042	-0.0004	0.0362	-18.5441	-2.6564	1.8489
8	3.3497	-0.7735	-3.5105	7.9315	1.4277	7.4986	-0.0328	0.2981	-0.0122	-0.0817	0.0226	-0.0545	0.1483	0.1752	-0.0001	0.0239	0.0078	0.0166	0.1326	0.0187	0.0834	-9.8894	-1.3193	-8.6862
9	2.1501	-1.4858	-0.4202	1.8706	-0.0613	1.1128	0.0113	0.3895	-0.181	-0.1077	-0.0539	0.0229	-0.0259	-0.0758	0.0472	0.0485	-0.0002	-0.0007	0.0979	-0.0034	0.0553	-21.1512	1.2285	-5.0157

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 1:24)	A	1 - 24
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 25:59)	A	25 - 59
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 60:71)	A	60 - 71
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 72:77)	A	72 - 77
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resseq 0:15)	B	0 - 15
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resseq 16:36)	B	16 - 36
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resseq 37:59)	B	37 - 59
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resseq 60:71)	B	60 - 71
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resseq 72:77)	B	72 - 77

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