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- PDB-5k5n: Crystal structure of GSK-3beta complexed with PF-04802367, a high... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5k5n
タイトルCrystal structure of GSK-3beta complexed with PF-04802367, a highly selective brain-penetrant kinase inhibitor
要素Glycogen synthase kinase-3 beta
キーワードTRANSFERASE / Protein kinase / Alzhimer's disease / tau kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of microtubule anchoring at centrosome / negative regulation of glycogen (starch) synthase activity / neuron projection organization / negative regulation of mesenchymal stem cell differentiation / beta-catenin destruction complex disassembly / negative regulation of type B pancreatic cell development / superior temporal gyrus development / positive regulation of protein localization to cilium / negative regulation of glycogen biosynthetic process / negative regulation of dopaminergic neuron differentiation ...regulation of microtubule anchoring at centrosome / negative regulation of glycogen (starch) synthase activity / neuron projection organization / negative regulation of mesenchymal stem cell differentiation / beta-catenin destruction complex disassembly / negative regulation of type B pancreatic cell development / superior temporal gyrus development / positive regulation of protein localization to cilium / negative regulation of glycogen biosynthetic process / negative regulation of dopaminergic neuron differentiation / maintenance of cell polarity / positive regulation of protein localization to centrosome / : / positive regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / positive regulation of cilium assembly / negative regulation of protein acetylation / APC truncation mutants have impaired AXIN binding / AXIN missense mutants destabilize the destruction complex / Truncations of AMER1 destabilize the destruction complex / beta-catenin destruction complex / tau-protein kinase / CRMPs in Sema3A signaling / heart valve development / regulation of microtubule-based process / regulation of protein export from nucleus / Beta-catenin phosphorylation cascade / Signaling by GSK3beta mutants / CTNNB1 S33 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 S37 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 S45 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 T41 mutants aren't phosphorylated / Maturation of nucleoprotein / cellular response to interleukin-3 / Wnt signalosome / negative regulation of protein localization to nucleus / negative regulation of TOR signaling / regulation of long-term synaptic potentiation / Disassembly of the destruction complex and recruitment of AXIN to the membrane / Maturation of nucleoprotein / AKT phosphorylates targets in the cytosol / negative regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / positive regulation of cell-matrix adhesion / regulation of axon extension / G protein-coupled dopamine receptor signaling pathway / negative regulation of phosphoprotein phosphatase activity / regulation of dendrite morphogenesis / establishment of cell polarity / regulation of axonogenesis / tau-protein kinase activity / glycogen metabolic process / ER overload response / Constitutive Signaling by AKT1 E17K in Cancer / protein kinase A catalytic subunit binding / dynactin binding / NF-kappaB binding / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / epithelial to mesenchymal transition / negative regulation of osteoblast differentiation / canonical Wnt signaling pathway / negative regulation of protein-containing complex assembly / positive regulation of autophagy / regulation of microtubule cytoskeleton organization / regulation of cellular response to heat / cellular response to retinoic acid / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / extrinsic apoptotic signaling pathway / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / excitatory postsynaptic potential / positive regulation of protein export from nucleus / positive regulation of GTPase activity / positive regulation of protein ubiquitination / Ubiquitin-dependent degradation of Cyclin D / hippocampus development / positive regulation of cell differentiation / GSK3B and BTRC:CUL1-mediated-degradation of NFE2L2 / peptidyl-threonine phosphorylation / Degradation of GLI2 by the proteasome / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / positive regulation of protein-containing complex assembly / Degradation of beta-catenin by the destruction complex / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / tau protein binding / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / regulation of circadian rhythm / beta-catenin binding / circadian rhythm / positive regulation of protein catabolic process / cellular response to amyloid-beta / Regulation of RUNX2 expression and activity / neuron projection development / positive regulation of neuron apoptotic process / p53 binding / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / positive regulation of protein binding / presynapse / insulin receptor signaling pathway / negative regulation of neuron projection development / kinase activity
類似検索 - 分子機能
Glycogen synthase kinase 3, catalytic domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site ...Glycogen synthase kinase 3, catalytic domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6QH / Glycogen synthase kinase-3 beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Kurumbail, R.G. / Chang, J.S.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2016
タイトル: Discovery of a Highly Selective Glycogen Synthase Kinase-3 Inhibitor (PF-04802367) That Modulates Tau Phosphorylation in the Brain: Translation for PET Neuroimaging.
著者: Liang, S.H. / Chen, J.M. / Normandin, M.D. / Chang, J.S. / Chang, G.C. / Taylor, C.K. / Trapa, P. / Plummer, M.S. / Para, K.S. / Conn, E.L. / Lopresti-Morrow, L. / Lanyon, L.F. / Cook, J.M. / ...著者: Liang, S.H. / Chen, J.M. / Normandin, M.D. / Chang, J.S. / Chang, G.C. / Taylor, C.K. / Trapa, P. / Plummer, M.S. / Para, K.S. / Conn, E.L. / Lopresti-Morrow, L. / Lanyon, L.F. / Cook, J.M. / Richter, K.E. / Nolan, C.E. / Schachter, J.B. / Janat, F. / Che, Y. / Shanmugasundaram, V. / Lefker, B.A. / Enerson, B.E. / Livni, E. / Wang, L. / Guehl, N.J. / Patnaik, D. / Wagner, F.F. / Perlis, R. / Holson, E.B. / Haggarty, S.J. / El Fakhri, G. / Kurumbail, R.G. / Vasdev, N.
履歴
登録2016年5月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycogen synthase kinase-3 beta
B: Glycogen synthase kinase-3 beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,1706
ポリマ－84,2542
非ポリマー9164
水2,684149
1
A: Glycogen synthase kinase-3 beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,5853
ポリマ－42,1271
非ポリマー4582
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Glycogen synthase kinase-3 beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,5853
ポリマ－42,1271
非ポリマー4582
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.293, 99.907, 66.910
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.90, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Glycogen synthase kinase-3 beta / GSK-3 beta / Serine/threonine-protein kinase GSK3B


分子量: 42127.176 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 28-382 / 変異: V28G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GSK3B
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P49841, tau-protein kinase, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-6QH / 5-(3-chloranyl-4-methoxy-phenyl)-~{N}-[3-(1,2,4-triazol-1-yl)propyl]-1,3-oxazole-4-carboxamide


分子量: 361.783 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H16ClN5O3
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.07 % / 解説: Chunky rectangular prism
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Protein storage conditions: 20 mM Tris pH 7.8, 5% (v/v) glycerol, 200 mM NaCl, 1 mM TCEP, 0.5 mM EDTA, 0.5% DMSO, and 0.2 mM PF-4802367, Well solution: 18-23% (w/v) PEG MME 5000, 100-150 mM ...詳細: Protein storage conditions: 20 mM Tris pH 7.8, 5% (v/v) glycerol, 200 mM NaCl, 1 mM TCEP, 0.5 mM EDTA, 0.5% DMSO, and 0.2 mM PF-4802367, Well solution: 18-23% (w/v) PEG MME 5000, 100-150 mM ammonium sulfate, and 100 mM MES pH 6.5, Crystallization set-up: 0.5 + 0.5 uL drops over a well-solution of 200 uL

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 44180 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 51.32 Å2 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.15-2.212.50.466160.6
2.21-2.282.80.449184.2
2.28-2.373.40.429196.7
2.37-2.463.90.348199.8
2.46-2.574.20.2641100
2.57-2.714.20.1921100
2.71-2.884.20.1361100
2.88-3.14.30.0921100
3.1-3.414.30.0661100
3.41-3.914.30.051100
3.91-4.924.20.0431100
4.92-504.10.04198

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.6精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.2→27.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9482 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9353 / SU R Cruickshank DPI: 0.234 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.225 / SU Rfree Blow DPI: 0.177 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.182
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2287 2121 5.03 %RANDOM
Rwork0.2038 ---
obs0.2051 42197 97.75 %-
原子変位パラメータBiso mean: 58 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.3464 Å20 Å21.0771 Å2
2---0.3281 Å20 Å2
3---0.6745 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.302 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→27.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5243 0 60 149 5452
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0095463HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.997447HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1821SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes115HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes823HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5463HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.7
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.44
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion715SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6189SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2287 132 5.2 %
Rwork0.223 2406 -
all0.2233 2538 -
obs--79.65 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.6496-0.32931.44761.7129-0.53572.84870.19130.0056-0.3029-0.1631-0.00960.05880.3670.1228-0.1817-0.13910.0604-0.0132-0.1986-0.0508-0.231410.86981.10828.2357
21.0617-0.32730.44452.56790.36522.1771-0.16440.03340.18080.2905-0.08580.3403-0.0764-0.25090.2502-0.17440.00430.0115-0.1699-0.0644-0.11513.124728.58017.3219
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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