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- PDB-5k3n: Crystal structure of Retinoic acid receptor-related orphan recept... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5k3n
タイトルCrystal structure of Retinoic acid receptor-related orphan receptor (ROR) gamma ligand binding domain complex with ML209
要素Nuclear receptor ROR-gamma
キーワードPROTEIN BINDING / double helix
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to sterol / T-helper 17 cell differentiation / regulation of steroid metabolic process / ligand-modulated transcription factor activity / Peyer's patch development / positive regulation of circadian rhythm / T-helper cell differentiation / RUNX3 Regulates Immune Response and Cell Migration / oxysterol binding / negative regulation of thymocyte apoptotic process ...cellular response to sterol / T-helper 17 cell differentiation / regulation of steroid metabolic process / ligand-modulated transcription factor activity / Peyer's patch development / positive regulation of circadian rhythm / T-helper cell differentiation / RUNX3 Regulates Immune Response and Cell Migration / oxysterol binding / negative regulation of thymocyte apoptotic process / regulation of fat cell differentiation / regulation of glucose metabolic process / adipose tissue development / lymph node development / xenobiotic metabolic process / circadian regulation of gene expression / Nuclear Receptor transcription pathway / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / nuclear body / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Nuclear receptor ROR / Retinoid-related orphan receptors, DNA-binding domain / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors ...Nuclear receptor ROR / Retinoid-related orphan receptors, DNA-binding domain / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6Q6 / Nuclear receptor ROR-gamma
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.666 Å
Model detailsROR gamma ligand binding domain complex with 444
データ登録者Huang, P. / Rastinejad, F. / Lu, J.
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Retinoic acid receptor-related orphan receptor (ROR) gamma ligand binding domain complex with ML209
著者: Huang, P. / Rastinejad, F.
履歴
登録2016年5月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nuclear receptor ROR-gamma
B: Nuclear receptor ROR-gamma
C: Nuclear receptor ROR-gamma
D: Nuclear receptor ROR-gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,6518
ポリマ－114,8854
非ポリマー1,7664
水55831
1
A: Nuclear receptor ROR-gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1632
ポリマ－28,7211
非ポリマー4421
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Nuclear receptor ROR-gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1632
ポリマ－28,7211
非ポリマー4421
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Nuclear receptor ROR-gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1632
ポリマ－28,7211
非ポリマー4421
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Nuclear receptor ROR-gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1632
ポリマ－28,7211
非ポリマー4421
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.467, 89.467, 153.731
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

#1: タンパク質
Nuclear receptor ROR-gamma / Nuclear receptor RZR-gamma / Nuclear receptor subfamily 1 group F member 3 / RAR-related orphan ...Nuclear receptor RZR-gamma / Nuclear receptor subfamily 1 group F member 3 / RAR-related orphan receptor C / Retinoid-related orphan receptor-gamma


分子量: 28721.289 Da / 分子数: 4 / 断片: ligand binding domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RORC, NR1F3, RORG, RZRG / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: P51449
#2: 化合物
ChemComp-6Q6 / (3S)-3-(2H-1,3-benzodioxol-5-yl)-1-[(3R,5S)-3,5-dimethylpiperidin-1-yl]-3-(2-hydroxy-4,6-dimethoxyphenyl)propan-1-one


分子量: 441.517 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H31NO6
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.14 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.4M Potassium sodium tartrate tetrahydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年5月17日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: -h,-k,l / Fraction: 0.49
反射解像度: 2.66→50 Å / Num. obs: 38439 / % possible obs: 97.88 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 12.11
反射 シェル解像度: 2.66→2.71 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.642

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.2_1309精密化
HKL-2000データ収集
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.666→44.733 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 42.36
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2849 1952 5.08 %
Rwork0.2566 --
obs0.2584 38437 97.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 468.95 Å2 / Biso mean: 122.27 Å2 / Biso min: 54.28 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.666→44.733 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7445 0 128 31 7604
Biso mean--137.55 68.81 -
残基数----910
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0057736
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.03610417
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0511133
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031317
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.292917
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.6671-2.73370.44241130.46622557267091
2.7337-2.80760.50891420.43592557269992
2.8076-2.89010.50011490.432628277793
2.8901-2.98330.46391360.45372620275694
2.9833-3.08980.48851210.43122630275194
3.0898-3.21340.36241620.39082586274893
3.2134-3.35950.3891270.3892668279594
3.3595-3.53630.37921460.35942572271893
3.5363-3.75740.34371310.30672605273693
3.7574-4.04680.27311400.2562612275293
4.0468-4.45280.24561240.23322596272093
4.4528-5.09420.27551450.21482601274693
5.0942-6.40690.26651510.23692647279894
6.4069-29.15310.17711430.14182575271892
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.24640.3237-0.02091.29910.19591.47270.0965-0.053-0.22910.2024-0.0245-0.1288-0.1179-0.9552-0.07711.037-0.0894-0.05371.1440.0970.822314.5944-31.498-8.5016
20.743-0.25530.34850.3145-0.1371.65130.3051-0.45220.121-0.0025-0.1482-0.31760.9617-1.0384-0.03141.67080.0856-0.12120.08610.04231.004134.6529-3.137217.0842
31.1576-0.5347-0.00411.2787-0.03621.43160.08620.1124-0.3763-0.2136-0.03360.17720.01710.7205-0.05180.93940.232-0.04740.9625-0.09060.851374.8686-31.51387.6208
41.0570.22360.09710.4148-0.01051.96640.24070.05940.11130.0693-0.14490.45841.02340.9084-0.0991.29110.0162-0.03550.6714-0.02410.889854.7661-3.1234-18.0806
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and resid 265:492A265 - 492
2X-RAY DIFFRACTION2chain B and resid 265:490B265 - 490
3X-RAY DIFFRACTION3chain C and resid 265:492C265 - 492
4X-RAY DIFFRACTION4chain D and resid 265:492D265 - 492

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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