PDB-5k35: Structure of the Legionella effector, AnkB, in complex with human Skp1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5k35

タイトル

Structure of the Legionella effector, AnkB, in complex with human Skp1

要素

Ankyrin-repeat protein B
S-phase kinase-associated protein 1

キーワード

PROTEIN BINDING / bacterial effector / host-pathogen interaction / F-box protein / ankyrin repeats / Structural Genomics / Montreal-Kingston Bacterial Structural Genomics Initiative / BSGI

機能・相同性

機能・相同性情報

F-box domain binding / PcG protein complex / positive regulation of ubiquitin protein ligase activity / Cul7-RING ubiquitin ligase complex / maintenance of protein location in nucleus / Loss of Function of FBXW7 in Cancer and NOTCH1 Signaling / SCF ubiquitin ligase complex / SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / ubiquitin ligase complex scaffold activity / Prolactin receptor signaling ...F-box domain binding / PcG protein complex / positive regulation of ubiquitin protein ligase activity / Cul7-RING ubiquitin ligase complex / maintenance of protein location in nucleus / Loss of Function of FBXW7 in Cancer and NOTCH1 Signaling / SCF ubiquitin ligase complex / SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / ubiquitin ligase complex scaffold activity / Prolactin receptor signaling / cullin family protein binding / protein monoubiquitination / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / protein K48-linked ubiquitination / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / Regulation of BACH1 activity / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / molecular function activator activity / SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / Vpu mediated degradation of CD4 / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / Activation of NF-kappaB in B cells / Degradation of GLI1 by the proteasome / GSK3B and BTRC:CUL1-mediated-degradation of NFE2L2 / Iron uptake and transport / Negative regulation of NOTCH4 signaling / Degradation of GLI2 by the proteasome / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / beta-catenin binding / Degradation of beta-catenin by the destruction complex / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / CLEC7A (Dectin-1) signaling / SCF(Skp2)-mediated degradation of p27/p21 / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / FCERI mediated NF-kB activation / Interleukin-1 signaling / Orc1 removal from chromatin / protein polyubiquitination / Regulation of RUNX2 expression and activity / Cyclin D associated events in G1 / : / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Downstream TCR signaling / Neddylation / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / chromatin remodeling / protein domain specific binding / centrosome / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Legionella pneumophila (バクテリア)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.85 Å

データ登録者

Wong, K. / Kozlov, G. / Gehring, K. / Montreal-Kingston Bacterial Structural Genomics Initiative (BSGI)

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: Structural Mimicry by a Bacterial F Box Effector Hijacks the Host Ubiquitin-Proteasome System.
著者: Wong, K. / Perpich, J.D. / Kozlov, G. / Cygler, M. / Abu Kwaik, Y. / Gehring, K.

履歴

登録	2016年5月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年1月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年2月8日	Group: Database references
改定 1.2	2017年2月22日	Group: Database references
改定 1.3	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2020年1月8日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5k35.cif.gz	142 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5k35.ent.gz	112.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5k35.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k3/5k35 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k3/5k35	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5k34C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2hkd-d 2oy8-d 5le7-1 1jhw-d 5le7-4 5le7-3 5y4f-2 4rvi-d 1zaw-d 5e8g-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MCSG-APC40624

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (20) #110 - 2009年2月オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase) 類似性 (11) #218 - 2018年2月 EPSP合成酵素と除草剤 (EPSP Synthase and Weedkillers) 類似性 (11) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (5) #52 - 2004年4月成長ホルモン (Growth Hormone) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (4) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (2) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1)

PDBのページ

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NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (20)
#110 - 2009年2月
オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase)
類似性 (11)
#218 - 2018年2月
EPSP合成酵素と除草剤 (EPSP Synthase and Weedkillers)
類似性 (11)
#240 - 2019年12月
低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors)
類似性 (5)
#52 - 2004年4月
成長ホルモン (Growth Hormone)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (4)
#172 - 2014年4月
RecAとRad51 (RecA and Rad51)
類似性 (2)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
#195 - 2016年3月
RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Ankyrin-repeat protein B

B: S-phase kinase-associated protein 1

39.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.576, 57.039, 150.891
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Ankyrin-repeat protein B 分子量: 21228.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Legionella pneumophila (バクテリア) 遺伝子: ankB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: A0A0A1EKG3, UniProt: Q5ZTL7*PLUS
#2: タンパク質	S-phase kinase-associated protein 1 / Cyclin-A/CDK2-associated protein p19 / p19A / Organ of Corti protein 2 / OCP-2 / Organ of Corti ...Cyclin-A/CDK2-associated protein p19 / p19A / Organ of Corti protein 2 / OCP-2 / Organ of Corti protein II / OCP-II / RNA polymerase II elongation factor-like protein / SIII / Transcription elongation factor B polypeptide 1-like / p19skp1 分子量: 18679.965 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SKP1, EMC19, OCP2, SKP1A, TCEB1L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P63208
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.42 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2 M trimethylamine N-oxide, 0.1 M Tris pH 8.5, 20% (w/v) PEG 2000 MME

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.977 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.977 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.85→50 Å / Num. obs: 10735 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.2 % / R_sym value: 0.113 / Net I/σ(I): 48.5
反射シェル	解像度: 2.85→2.9 Å / 冗長度: 14.5 % / R_merge(I) obs: 0.622 / Mean I/σ(I) obs: 6.42 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0049	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
SHELXDE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.85→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.936 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.917 / SU B: 36.076 / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.184 / ESU R Free: 0.385

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27473	541	4.8 %	RANDOM
R_work	0.21925	-	-	-
obs	0.22203	10735	99.37 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 73.448 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.93 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.89 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.82 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.85→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2498	0	0	5	2503

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.019	2541
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.253	1.961	3427
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.84	5	306
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.473	25.691	123
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.832	15	486
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.993	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	386
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	1878
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.403	3.919	1236
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.8	5.87	1538
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.075	4.108	1305
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.668	32.85	3951
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.85→2.924 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.398	40	-
R_work	0.319	688	-
obs	-	-	91.8 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.8577	-1.4914	3.2779	1.3926	1.5907	7.6871	-0.0887	-0.0324	0.6679	-0.1052	0.0104	-0.2831	-0.2416	-0.0766	0.0783	0.4933	0.0528	0.0202	0.4007	-0.0162	0.3611	6.9661	22.8002	-42.9464
2	1.3597	0.4557	-0.7374	1.8438	0.0428	9.5305	-0.2745	-0.2268	0.0587	-0.2291	-0.0396	0.2429	-0.9798	-0.3157	0.3141	0.4055	0.1138	-0.0642	0.2381	-0.0456	0.1157	5.7658	23.5198	-30.3851
3	5.6373	0.6196	0.8064	4.7824	-1.4696	7.1654	0.3576	0.0998	0.1898	-0.0649	-0.4504	-0.1752	-0.6594	0.3404	0.0928	0.2638	-0.0269	0.0234	0.2413	0.0003	0.2441	-1.1624	24.3006	-5.017
4	8.6988	0.1206	-3.199	4.0325	-0.2849	2.3005	0.157	0.3637	-0.427	-0.2439	-0.3851	-0.329	-0.1895	0.2291	0.2281	0.2545	0.0217	-0.0156	0.219	-0.0086	0.2976	-6.1192	16.0446	-3.7023
5	8.3455	3.9753	-1.7438	3.7286	-0.2398	9.0705	0.1594	0.2258	0.4164	0.2044	-0.0879	0.6502	-0.2731	-0.1392	-0.0715	0.1743	0.0474	0.0013	0.2391	-0.0202	0.2804	-14.4547	18.8839	-2.3459
6	6.9337	-0.0863	-2.2298	4.4721	-1.4802	1.5237	0.4345	-1.5046	-1.2181	0.5187	-0.4546	0.0191	-0.2103	0.7542	0.0202	0.2289	-0.1068	-0.1736	0.4304	0.1289	0.6588	-8.7896	10.8706	9.3319
7	18.7511	-0.6282	3.4011	2.0616	-1.4204	1.5845	0.0828	-0.7587	0.6523	0.0645	-0.0307	0.3718	-0.2226	-0.0675	-0.0522	0.3572	-0.0271	0.0181	0.2164	-0.0109	0.3333	-20.5642	16.6944	5.812
8	11.0605	-2.6014	6.1767	2.924	1.2889	6.7661	0.443	0.9433	0.2759	-0.4433	-0.5652	0.058	-0.0365	0.0096	0.1223	0.5273	-0.0383	-0.1198	0.4828	0.3439	0.407	-1.1563	19.6787	-71.8102
9	5.0178	-5.4301	0.0764	12.2962	2.4525	4.4102	0.1728	0.3848	-0.3904	-1.2343	0.5262	0.3477	-0.203	-0.3715	-0.699	0.4324	-0.1284	0.0027	0.3622	0.1778	0.4289	-9.8934	21.9064	-65.0261
10	1.9921	0.9961	-1.7721	4.433	-0.1961	2.0525	-0.1248	0.2546	0.1693	-0.5417	0.1009	0.0123	-0.142	-0.2079	0.0239	0.3338	0.0324	0.0234	0.2044	0.0578	0.2063	2.1276	18.5196	-64.9225
11	4.5149	-1.921	-2.2963	1.1546	3.0176	13.6979	0.0932	-0.4347	-0.2986	0.1612	-0.1125	0.0902	0.832	-1.5608	0.0193	0.8142	-0.1875	0.0237	0.5495	0.0188	0.7146	-4.98	7.5328	-51.3364
12	3.0613	0.9835	3.4578	9.1983	-1.3076	4.5831	0.2899	-0.1576	-0.1691	0.2234	-0.1429	-0.1311	0.3005	-0.075	-0.1471	0.3	0.0514	0.0736	0.3331	0.0212	0.2777	9.297	11.0245	-53.9109
13	2.0649	-0.8303	3.0423	0.9944	-2.2347	9.8605	-0.1163	-0.1413	0.2576	0.2385	-0.0343	0.0422	-0.0396	0.1605	0.1505	0.3191	0.0183	0.0189	0.1809	-0.0166	0.2696	6.2419	17.9524	-48.8299
14	4.5944	-1.0004	2.4578	2.9141	1.9009	8.4702	-0.6092	-0.1929	0.2858	-0.0753	-0.0012	0.2024	-1.3927	1.1832	0.6105	0.3674	-0.1242	-0.1075	0.4223	0.0345	0.0543	17.5684	25.2648	-31.5086

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 24
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	25 - 56
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	57 - 82
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	83 - 110
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	111 - 124
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	125 - 151
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	152 - 165
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	2 - 19
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	20 - 42
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	43 - 65
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	66 - 83
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	84 - 101
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	102 - 133
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	134 - 160

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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