PDB-5k2q: Lysozyme with nano particles

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5k2q

タイトル

Lysozyme with nano particles

要素

Lysozyme C

キーワード

HYDROLASE / lysozyme / nano particle

機能・相同性

機能・相同性情報

Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.1 Å

データ登録者

Ko, S. / Choe, J.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of lysozyme with nano particle
著者: Ko, S. / Choe, J.

履歴

登録	2016年5月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年5月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5k2q.cif.gz	65.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5k2q.ent.gz	51.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5k2q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k2/5k2q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k2/5k2q	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5k2k 5k2n 5k2p 5k2r 5k2s
類似構造データ	1flq-d 1bvx-d 4lyb-d 6muz-d 1lz8-d 6ig6-d 5wr9-d 1lsc-d 7bvo-d 5fel-d 1lsd-d 3aw7-d 5k2s-d 3qy4-d 7d01-d 5lin-d 4h9b-d 7cds-d 4o34-d 6p4d-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (3) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (4) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (3) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (3) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Lysozyme C

14.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.355, 77.355, 37.970
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Lysozyme C / 1 / 4-beta-N-acetylmuramidase C / Allergen Gal d IV 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: LYZ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 141 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.93 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1M Tris-HCl pH8.5, 1.3M Ammonium Tartrate Dibasic

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト: PAL/PLS

/ ビームライン: 5C (4A) / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月2日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.1→20 Å / Num. obs: 46637 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 11 % / R_merge(I) obs: 0.079 / R_pim(I) all: 0.024 / R_rim(I) all: 0.083 / Χ²: 2.096 / Net I/av σ(I): 52.373 / Net I/σ(I): 9.2 / Num. measured all: 513159

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.1-1.12	9.8	0.816	2069	0.848	0.25	0.855	0.835	89.1
1.12-1.14	9.7	0.737	2179	0.885	0.23	0.773	0.947	95.1
1.14-1.16	9.4	0.667	2303	0.892	0.217	0.702	0.937	98.7
1.16-1.18	10.1	0.59	2297	0.94	0.187	0.619	0.986	99.7
1.18-1.21	11.3	0.524	2312	0.952	0.159	0.548	1.17	100
1.21-1.24	11.3	0.471	2314	0.958	0.143	0.493	1.265	100
1.24-1.27	11.1	0.413	2345	0.966	0.127	0.433	1.353	100
1.27-1.3	10.6	0.348	2320	0.975	0.11	0.365	1.371	100
1.3-1.34	10.4	0.305	2312	0.978	0.099	0.321	1.423	100
1.34-1.39	11.5	0.259	2330	0.983	0.079	0.271	1.528	100
1.39-1.44	11.5	0.219	2325	0.987	0.066	0.229	1.78	100
1.44-1.49	11.4	0.19	2322	0.99	0.058	0.199	2.084	100
1.49-1.56	11.1	0.163	2369	0.991	0.052	0.171	2.33	100
1.56-1.64	10.4	0.137	2349	0.993	0.045	0.145	2.573	100
1.64-1.75	11.8	0.12	2343	0.995	0.036	0.125	2.906	100
1.75-1.88	11.8	0.104	2373	0.996	0.031	0.108	3.197	100
1.88-2.07	11.7	0.088	2369	0.996	0.027	0.093	3.47	100
2.07-2.37	11	0.075	2407	0.997	0.023	0.078	3.522	100
2.37-2.98	12.5	0.065	2423	0.998	0.019	0.068	3.566	100
2.98-20	11.2	0.05	2576	0.998	0.016	0.053	3.134	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0123	精密化
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
HKL-2000		データ削減

精密化

解像度: 1.1→19.339 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.975 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.965 / SU B: 1.224 / SU ML: 0.026 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.031 / ESU R Free: 0.033 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1803	2290	4.9 %	RANDOM
R_work	0.1528	-	-	-
obs	0.1541	44285	98.96 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 86.58 Å² / B_iso mean: 16.847 Å² / B_iso min: 9.19 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.09 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.09 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.19 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.1→19.339 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1001	0	0	141	1142
B_iso mean	-	-	-	28.94	-
残基数	-	-	-	-	129

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.019	1025
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	940
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.853	1.903	1389
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.165	3	2140
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.905	5	128
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.8	23	50
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.535	15	166
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.055	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.133	0.2	144
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	1206
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	271
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.356	1.365	514
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.356	1.365	514
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.829	2.062	642
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	3.443	3	1963
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	27.908	5	35
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	13.897	5	2047

LS精密化シェル

解像度: 1.102→1.13 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.319	153	-
R_work	0.325	2904	-
all	-	3057	-
obs	-	-	89.02 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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