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- PDB-5k2m: Bifunctional LysX/ArgX from Thermococcus kodakarensis with LysW-g... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5k2m
タイトルBifunctional LysX/ArgX from Thermococcus kodakarensis with LysW-gamma-AAA
要素
  • Probable lysine biosynthesis protein
  • RimK-related lysine biosynthesis protein
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / ATP-dependent amine/thiol ligase family Amino-group carrier protein Lysine biosynthesis Arginine biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


coenzyme F420-2 alpha-glutamyl ligase activity / lysine biosynthetic process / protein modification process / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Lysine biosynthesis protein LysW / Lysine biosynthesis enzyme LysX / Alpha-aminoadipate carrier protein LysW-like, globular domain / Ribosomal S6 modification enzyme RimK/Lysine biosynthesis enzyme LysX / ATP-grasp fold, RimK-type / RimK-like ATP-grasp domain / Rossmann fold - #20 / ATP-grasp fold, A domain / ATP-grasp fold, subdomain 1 / Pre-ATP-grasp domain superfamily ...Lysine biosynthesis protein LysW / Lysine biosynthesis enzyme LysX / Alpha-aminoadipate carrier protein LysW-like, globular domain / Ribosomal S6 modification enzyme RimK/Lysine biosynthesis enzyme LysX / ATP-grasp fold, RimK-type / RimK-like ATP-grasp domain / Rossmann fold - #20 / ATP-grasp fold, A domain / ATP-grasp fold, subdomain 1 / Pre-ATP-grasp domain superfamily / ATP-grasp fold, B domain / ATP-grasp fold / ATP-grasp fold profile. / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / Dna Ligase; domain 1 / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / PHOSPHATE ION / 2-AMINOHEXANEDIOIC ACID / Probable lysine biosynthesis protein / RimK-related lysine biosynthesis protein
類似検索 - 構成要素
生物種Thermococcus kodakarensis (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.18 Å
データ登録者Yoshida, A. / Tomita, T. / Nishiyama, M.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
日本
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2016
タイトル: Lysine Biosynthesis of Thermococcus kodakarensis with the Capacity to Function as an Ornithine Biosynthetic System.
著者: Yoshida, A. / Tomita, T. / Atomi, H. / Kuzuyama, T. / Nishiyama, M.
履歴
登録2016年5月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 2.02023年4月5日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Polymer sequence / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / atom_sites / chem_comp / database_2 / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_mod_residue / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_close_contact / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_shell / reflns / reflns_shell / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.pdbx_formal_charge / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity_poly.nstd_monomer / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly_seq.mon_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id / _refine.B_iso_max / _refine.B_iso_mean / _refine.B_iso_min / _refine.aniso_B[2][3] / _refine.details / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_percent_reflns_obs / _refine_hist.cycle_id / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_ligand / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_solvent / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _refine_hist.pdbx_number_residues_total / _refine_ls_shell.d_res_high / _refine_ls_shell.d_res_low / _refine_ls_shell.number_reflns_all / _reflns.pdbx_Rpim_I_all / _reflns.pdbx_Rrim_I_all / _reflns.pdbx_chi_squared / _reflns.pdbx_netI_over_av_sigmaI / _reflns.pdbx_number_measured_all / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 3.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 3.12023年11月29日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RimK-related lysine biosynthesis protein
B: RimK-related lysine biosynthesis protein
C: RimK-related lysine biosynthesis protein
D: RimK-related lysine biosynthesis protein
E: Probable lysine biosynthesis protein
F: Probable lysine biosynthesis protein
G: RimK-related lysine biosynthesis protein
H: RimK-related lysine biosynthesis protein
I: RimK-related lysine biosynthesis protein
J: RimK-related lysine biosynthesis protein
K: Probable lysine biosynthesis protein
L: Probable lysine biosynthesis protein
M: Probable lysine biosynthesis protein
N: Probable lysine biosynthesis protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)284,70441
ポリマ－280,10914
非ポリマー4,59527
水11,313628
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area46350 Å2
ΔGint-376 kcal/mol
Surface area79680 Å2
手法PISA
2
A: RimK-related lysine biosynthesis protein
B: RimK-related lysine biosynthesis protein
C: RimK-related lysine biosynthesis protein
D: RimK-related lysine biosynthesis protein
E: Probable lysine biosynthesis protein
F: Probable lysine biosynthesis protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,29319
ポリマ－134,0716
非ポリマー2,22313
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20430 Å2
ΔGint-170 kcal/mol
Surface area41870 Å2
手法PISA
3
G: RimK-related lysine biosynthesis protein
H: RimK-related lysine biosynthesis protein
I: RimK-related lysine biosynthesis protein
J: RimK-related lysine biosynthesis protein
K: Probable lysine biosynthesis protein
L: Probable lysine biosynthesis protein
M: Probable lysine biosynthesis protein
N: Probable lysine biosynthesis protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,41022
ポリマ－146,0388
非ポリマー2,37214
水1267
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area25030 Å2
ΔGint-205 kcal/mol
Surface area38700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.150, 135.099, 136.977
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.49, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

-
タンパク質 , 2種, 14分子 ABCDGHIJEFKLMN

#1: タンパク質
RimK-related lysine biosynthesis protein


分子量: 30525.818 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermococcus kodakarensis (strain ATCC BAA-918 / JCM 12380 / KOD1) (古細菌)
株: ATCC BAA-918 / JCM 12380 / KOD1 / 遺伝子: TK0278 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) CodonPlus RIL / 参照: UniProt: Q5JFW0
#2: タンパク質
Probable lysine biosynthesis protein


分子量: 5983.672 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermococcus kodakarensis (strain ATCC BAA-918 / JCM 12380 / KOD1) (古細菌)
株: ATCC BAA-918 / JCM 12380 / KOD1 / 遺伝子: TK0279 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) CodonPlus RIL / 参照: UniProt: Q5JFV9

-
非ポリマー , 7種, 655分子

#3: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#8: 化合物 ChemComp-UN1 / 2-AMINOHEXANEDIOIC ACID / L-α-アミノアジピン酸


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 161.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H11NO4
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 628 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.83 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: MPD, PEG 3350, Imidazole pH 6.5, Ammonium sulfate, AMP-PNP, AAA, MgSO4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月28日
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.18→50 Å / Num. obs: 142143 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル解像度: 2.18→2.22 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.388 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3VPD, 3WWL

3vpd

3wwl


解像度: 2.18→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 11.879 / SU ML: 0.148 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.234 / ESU R Free: 0.186 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22 7130 5 %RANDOM
Rwork0.18 ---
obs0.182 134987 99.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 53.42 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.18 Å20 Å2-0.01 Å2
2---0.08 Å20 Å2
3----0.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.18→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18615 0 273 628 19516
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.01919296
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0218199
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3831.98526175
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.789341895
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.13552351
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.90223.874870
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.749153185
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.09715130
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.22846
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02121577
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.024305
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7824.1259455
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.7824.1259454
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.7366.17211789
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.18→2.23 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.251 497 -
Rwork0.231 9205 -
obs--92.43 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.701-0.31430.00620.94350.06550.52310.01770.0994-0.009-0.10940.0086-0.0999-0.0490.1215-0.02630.03230.0120.03520.09520.00670.0617-13.1911-13.9443-7.2546
20.85920.2395-0.02410.44710.04720.78470.0149-0.16070.02750.0353-0.0033-0.0408-0.06360.0704-0.01160.01210.0085-0.00340.0923-0.0050.0221-17.9371-8.476321.3791
31.27310.3831-0.37690.8684-0.3170.94830.0531-0.09490.3614-0.0197-0.02550.2783-0.0894-0.0488-0.02760.02450.0261-0.01880.0662-0.08770.2391-55.2278-2.72983.3137
40.90410.12530.20130.6762-0.0260.89160.02230.0039-0.0751-0.094-0.06670.06340.07-0.06050.04440.022-0.0026-0.00350.0374-0.03280.0499-50.7217-31.49851.1446
51.71090.9546-0.09865.6061.33080.60670.00720.2275-0.31120.0522-0.09730.25340.0479-0.06690.09010.00690.0003-0.00710.0681-0.04130.1267-25.3514-35.831-9.6633
62.5561-0.75490.09293.37370.00192.21830.14740.02050.37040.0268-0.11660.3638-0.3735-0.2514-0.03070.07560.04150.04360.0676-0.01670.1489-36.36938.522120.6344
70.93260.11730.2880.9235-0.05240.8231-0.0449-0.1376-0.10360.18410.11280.0559-0.0203-0.1259-0.06790.0440.02950.02050.08160.01420.0243-18.0404-31.144489.428
80.712-0.3594-0.3090.9520.10010.50080.00080.10180.04110.0090.03540.0294-0.0284-0.0145-0.03620.0161-0.0007-0.0110.0780.00530.0222-13.3853-16.185764.4882
91.3085-0.2043-0.23650.3739-0.12041.2008-0.0847-0.1080.37770.10710.0099-0.2556-0.22250.1180.07490.0823-0.04-0.09820.07550.00820.247624.2297-17.12682.9112
101.0667-0.09060.60120.4978-0.12061.18190.0365-0.0229-0.0934-0.0121-0.1153-0.15460.12390.02020.07880.0199-0.00170.02820.04430.04020.123318.8046-45.132775.1431
114.2764-4.2498-0.24514.502-0.3072.0066-0.0470.1038-0.0044-0.251-0.1101-0.27880.3305-0.30960.15710.27430.02570.30590.08950.02560.4598-7.5206-38.645184.7728
122.8130.36-2.47462.51640.47793.27060.3823-0.48760.41570.3099-0.1198-0.8442-0.10920.1422-0.26250.1933-0.0347-0.00090.2707-0.16290.5951.4798-4.144573.1492
131.4260.8531-2.88642.0355-2.42447.94140.1219-0.1322-0.04420.51560.21110.1968-0.1318-0.1867-0.3330.20130.00030.01170.17350.05890.18053.6989-47.152791.0398
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 273
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 273
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 273
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 273
5X-RAY DIFFRACTION5E2 - 53
6X-RAY DIFFRACTION6F1 - 53
7X-RAY DIFFRACTION7G1 - 273
8X-RAY DIFFRACTION8H1 - 272
9X-RAY DIFFRACTION9I1 - 273
10X-RAY DIFFRACTION10J1 - 273
11X-RAY DIFFRACTION11K43 - 53
12X-RAY DIFFRACTION12L17 - 53
13X-RAY DIFFRACTION13N15 - 53

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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