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- PDB-5k29: Trypanosoma brucei bromodomain BDF5 (Tb427tmp.01.5000) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5k29
タイトルTrypanosoma brucei bromodomain BDF5 (Tb427tmp.01.5000)
要素uncharacterized protein BDF5
キーワードStructural Genomics / Unknown Function / bromodomain / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Bromodomain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Bromo domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Lin, Y.H. / Tempel, W. / Walker, J.R. / Loppnau, P. / Amani, M. / Hou, C.F.D. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. ...Lin, Y.H. / Tempel, W. / Walker, J.R. / Loppnau, P. / Amani, M. / Hou, C.F.D. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Hui, R. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Trypanosoma brucei bromodomain BDF5 (Tb427tmp.01.5000)
著者: Lin, Y.H. / Tempel, W. / Walker, J.R. / Loppnau, P. / Amani, M. / Hou, C.F.D. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Hui, R.
履歴
登録2016年5月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月2日Group: Structure summary
改定 1.22024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: uncharacterized protein BDF5
B: uncharacterized protein BDF5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2429
ポリマ－28,2422
非ポリマー07
水27015
1
A: uncharacterized protein BDF5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,1212
ポリマ－14,1211
非ポリマー01
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: uncharacterized protein BDF5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,1217
ポリマ－14,1211
非ポリマー06
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.358, 41.020, 53.067
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 111.390, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 uncharacterized protein BDF5


分子量: 14121.044 Da / 分子数: 2 / 断片: bromo domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (strain 927/4 GUTat10.1) (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTat10.1 / 遺伝子: Tb11.01.5000 / プラスミド: pET15-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-T1R-pACYC LamP / 参照: UniProt: Q382J7
#2: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 7 / 由来タイプ: 合成
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.76 % / Mosaicity: 0.21 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 12% PEG-3350, 0.1M DL-Malic acid. 0.001 M Bromosporine was also added but not located in the electron density.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→49.68 Å / Num. obs: 12642 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 50.19 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.055 / Net I/σ(I): 14.3 / Num. measured all: 46818
反射 シェル解像度: 2.1→2.16 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 1.092 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. measured all: 3992 / Num. unique all: 1061 / CC1/2: 0.745 / Rpim(I) all: 0.654 / Rrim(I) all: 1.276 / Rejects: 0 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER-TNT2.10.2精密化
Aimless0.5.24データスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
XDSデータスケーリング
BUCCANEERモデル構築
PHASER位相決定
SHELXDE位相決定
ARPモデル構築
WARPモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.1→49.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.173 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.169 / SU Rfree Blow DPI: 0.15 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.153
詳細: The structure was solved by SAD with a nearly isomorphous selenomethionyl derivative and the CCP4 SHELX-PHASER-PARROT-BUCCANEER pipeline. ARP/WARP in atom update and autobuild modes with the ...詳細: The structure was solved by SAD with a nearly isomorphous selenomethionyl derivative and the CCP4 SHELX-PHASER-PARROT-BUCCANEER pipeline. ARP/WARP in atom update and autobuild modes with the current native data gave a model that was further refined with REFMAC and BUSTER.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.223 1225 9.7 %
Rwork0.191 --
obs0.194 12631 99.4 %
原子変位パラメータBiso max: 155.2 Å2 / Biso mean: 72.06 Å2 / Biso min: 35.92 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.7765 Å20 Å215.7011 Å2
2--5.05 Å20 Å2
3----1.2735 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.3 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→49.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1311 0 7 15 1333
Biso mean--67.64 62.92 -
残基数----183
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d464SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes28HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes206HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1346HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion186SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance3HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1542SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d1346HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1819HARMONIC20.96
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.48
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.64
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.3 Å / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.213 319 10.58 %
Rwork0.192 2696 -
all-3015 -
obs--99.87 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.7156-1.28771.787.25281.83375.7480.0207-0.06280.38240.0496-0.23940.0957-0.1199-0.53290.2187-0.13770.0278-0.1219-0.10720.0093-0.1083-5.82845.560534.3399
25.0478-0.71171.95636.2534-2.29258.418-0.0797-0.2415-0.2098-0.348-0.20190.45830.4612-0.42790.2816-0.0815-0.0103-0.0661-0.171-0.108-0.0786-27.58557.043913.2856
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A5 - 123
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B5 - 121

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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