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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5k1m | ||||||
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タイトル | Crystal structure of oxidized Shewanella Yellow Enzyme 4 (SYE4) in complex with p-methoxyphenol | ||||||
![]() | NAD(P)H:flavin oxidoreductase Sye4 | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / COFACTOR-BINDING | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Elegheert, J. / Brige, A. / Savvides, S.N. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural dissection of Shewanella oneidensis old yellow enzyme 4 bound to a Meisenheimer complex and (nitro)phenolic ligands. 著者: Elegheert, J. / Brige, A. / Van Beeumen, J. / Savvides, S.N. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 98.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 72.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 776.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 776.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 19.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 30.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39129.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: MR-1 / 遺伝子: sye4, SO_3392 / プラスミド: PACYC-DUET / 発現宿主: ![]() ![]() | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-FMN / | ||
#3: 化合物 | ChemComp-4KS / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.97 % / 解説: clothes pin |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.3 / 詳細: 1.6 M sodium citrate tribasic dihydrate pH 6.3 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8148 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→20 Å / Num. obs: 47629 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 18.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.6 Å / Rmerge(I) obs: 0.378 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4B5N 解像度: 1.5→19.849 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.02 / 位相誤差: 15.6
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→19.849 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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