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万見
- PDB-5k18: The NatB Acetyltransferase Complex Bound To bisubstrate inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5k18
タイトルThe NatB Acetyltransferase Complex Bound To bisubstrate inhibitor
要素
  • Bisubstrate inhibitor
  • N-terminal acetyltransferase B complex subunit NAT3
  • Uncharacterized protein
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / N-terminal acetyltransferase complex / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


NatB complex / protein-N-terminal amino-acid acetyltransferase activity
類似検索 - 分子機能
N-acetyltransferase B complex, non-catalytic subunit / N-acetyltransferase B complex (NatB) non catalytic subunit / : / Acetyltransferase (GNAT) family / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / N-terminal acetyltransferase B complex subunit NAT3 / N-terminal acetyltransferase B complex subunit MDM20
類似検索 - 構成要素
生物種Candida albicans WO-1 (酵母)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.73 Å
データ登録者Hong, H. / Cai, Y. / Zhang, S. / Han, A.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: Molecular Basis of Substrate Specific Acetylation by N-Terminal Acetyltransferase NatB
著者: Hong, H. / Cai, Y. / Zhang, S. / Ding, H. / Wang, H. / Han, A.
履歴
登録2016年5月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年4月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月25日Group: Advisory / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
改定 2.02023年4月5日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Polymer sequence / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_2 / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entity_src_syn / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_torsion / refine_hist / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.pdbx_formal_charge / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_poly.nstd_monomer / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_3 / _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.seq_align_end
改定 2.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein
B: N-terminal acetyltransferase B complex subunit NAT3
C: Uncharacterized protein
D: N-terminal acetyltransferase B complex subunit NAT3
F: Bisubstrate inhibitor
E: Bisubstrate inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)226,8548
ポリマ－225,3196
非ポリマー1,5352
水32418
1
A: Uncharacterized protein
B: N-terminal acetyltransferase B complex subunit NAT3
F: Bisubstrate inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,4274
ポリマ－112,6603
非ポリマー7681
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7000 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area39300 Å2
手法PISA
2
C: Uncharacterized protein
D: N-terminal acetyltransferase B complex subunit NAT3
E: Bisubstrate inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,4274
ポリマ－112,6603
非ポリマー7681
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7270 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area38320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.054, 91.087, 101.740
Angle α, β, γ (deg.)70.12, 88.91, 84.05
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 89468.242 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 53-745 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Candida albicans WO-1 (酵母) / 株: WO-1 / 遺伝子: CAWG_01335 / プラスミド: pET-DUET / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C4YFL7
#2: タンパク質 N-terminal acetyltransferase B complex subunit NAT3


分子量: 22003.117 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 2-188 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Candida albicans WO-1 (酵母) / 株: WO-1 / 遺伝子: CAWG_00748 / プラスミド: pET-DUET / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C4YDZ9
#3: タンパク質・ペプチド Bisubstrate inhibitor


分子量: 1188.349 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細MOLECULAR
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.62 % / Mosaicity: 0.595 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 / 詳細: NaCl, PEG4000, glycerol,1,3-butanediol and DTT

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17B1 / 波長: 0.93911 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月15日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.93911 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→50 Å / Num. obs: 90683 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル解像度: 2.75→2.8 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.647 / % possible all: 98.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5K04

5k04


解像度: 2.73→35.74 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.57 / 位相誤差: 27.84 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.249 2000 2.88 %
Rwork0.187 --
obs0.189 69498 94.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.73→35.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14294 0 96 18 14408
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00914662
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.45519849
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.098793
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0642274
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0072480
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7329-2.80120.363910.25113078X-RAY DIFFRACTION60
2.8012-2.87690.30911200.25354067X-RAY DIFFRACTION78
2.8769-2.96150.31981370.25694577X-RAY DIFFRACTION90
2.9615-3.0570.31671470.24845015X-RAY DIFFRACTION98
3.057-3.16620.31751520.23595082X-RAY DIFFRACTION99
3.1662-3.29290.29951490.21985035X-RAY DIFFRACTION99
3.2929-3.44270.27381500.21415058X-RAY DIFFRACTION99
3.4427-3.6240.28971510.19825099X-RAY DIFFRACTION99
3.624-3.85080.24951500.18095074X-RAY DIFFRACTION99
3.8508-4.14770.25781510.16085083X-RAY DIFFRACTION99
4.1477-4.56440.19951490.14925047X-RAY DIFFRACTION99
4.5644-5.22310.19381510.14825083X-RAY DIFFRACTION99
5.2231-6.57390.21521510.19315102X-RAY DIFFRACTION100
6.5739-35.74440.19581510.16155098X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0352-0.00670.0050.02470.02450.0230.17370.04470.36420.4233-0.0091-0.0499-0.72270.2980.00111.1329-0.1173-0.26651.1301-0.2361.592-14.20098.707915.7326
21.87282.04070.80592.28380.99830.57930.3825-0.1786-0.24180.3166-0.0843-0.69240.2110.8899-0.19720.4841-0.0323-0.17580.5012-0.01610.6749-26.3619-5.820413.4187
30.7762-0.09020.16692.0887-0.57291.45170.09210.2058-0.0075-0.3106-0.03380.42620.4779-0.1628-0.0680.33910.0016-0.1120.2721-0.00260.3835-58.08-14.0379-14.4283
40.80260.3631-0.1091.2451-0.06441.0014-0.00810.14860.0345-0.18410.04360.0125-0.14660.0719-0.07460.30320.0571-0.0060.2143-0.01270.1726-35.652619.1257-19.2628
51.87840.04520.51273.209-1.18911.14840.05650.1580.0002-0.00030.01940.2979-0.15290.0183-0.06940.25350.04050.00150.24-0.01570.2728-55.66870.7978-7.1755
61.7433-0.07970.11121.50170.11192.678-0.0607-0.1303-0.20580.2403-0.12530.59260.0505-0.43270.07950.28380.0390.01650.33530.00780.491-66.65440.9021-2.496
70.5096-0.08570.17711.2585-0.35330.43870.0364-0.13120.07730.39130.07020.8152-0.2465-0.5511-0.05860.43180.17430.15290.47830.03120.655-72.43666.68340.386
80.3648-0.4256-0.21592.60850.37545.0015-0.2031-0.16560.84370.3113-0.2118-0.124-0.7753-0.08790.16430.59380.0980.00390.4083-0.09280.7519-63.214723.69785.552
91.69570.09570.18880.0458-0.07960.2265-0.0178-0.11590.12940.29670.10250.1919-0.3463-0.38590.14430.4790.22490.21230.4343-0.00720.5811-72.78414.70666.6547
103.1870.8393-1.37764.256-1.14510.74770.3514-0.16610.1392-0.0747-0.31460.32280.1469-0.08030.05880.337-0.3177-0.05891.0194-0.0410.849-51.595129.42937.7344
111.47350.5114-0.37932.07270.27782.70140.0438-0.07690.06190.3059-0.04070.26550.1771-0.2351-0.07170.3614-0.08030.07010.3228-0.03630.2088-24.432744.837450.1244
120.65820.1038-0.6821.17920.38642.29470.1763-0.00930.1829-0.09530.0678-0.4919-0.59710.6337-0.24640.4109-0.22560.14230.6221-0.12880.52873.793461.458128.0709
130.7625-0.14610.37161.31590.12681.54530.08830.0510.0325-0.3419-0.03940.1798-0.1076-0.0478-0.06980.3005-0.01220.00260.1576-0.01970.2189-29.700744.42776.6349
141.85340.6888-0.2260.56390.50923.23250.0692-0.03880.0905-0.02840.0762-0.09520.04010.2128-0.150.1758-0.00680.02220.2832-0.04180.2171-11.01640.79931.1824
151.10270.532-0.08561.3895-0.24821.0909-0.0752-0.0408-0.34140.09390.1037-0.75030.30290.4017-0.03790.31150.1150.01220.4933-0.0660.51122.354529.121429.5936
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'A' AND (RESID 18 THROUGH 65 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'A' AND (RESID 66 THROUGH 117 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'A' AND (RESID 118 THROUGH 354 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'A' AND (RESID 355 THROUGH 745 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'B' AND (RESID 2 THROUGH 53 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN 'B' AND (RESID 54 THROUGH 99 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN 'B' AND (RESID 100 THROUGH 136 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN 'B' AND (RESID 137 THROUGH 146 )
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN 'B' AND (RESID 147 THROUGH 188 )
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN 'C' AND (RESID 37 THROUGH 100 )
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN 'C' AND (RESID 101 THROUGH 236 )
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN 'C' AND (RESID 237 THROUGH 365 )
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN 'C' AND (RESID 366 THROUGH 745 )
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN 'D' AND (RESID 2 THROUGH 63 )
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN 'D' AND (RESID 64 THROUGH 188 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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