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- PDB-5k0t: Crystal structure of methionyl-tRNA synthetase MetRS from Brucell... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5k0t
タイトルCrystal structure of methionyl-tRNA synthetase MetRS from Brucella melitensis in complex with inhibitor Chem 1415
要素Methionine--tRNA ligase
キーワードLIGASE / SSGCID / MetRS / methionyl-tRNA synthetase / Brucella melitensis / protein biosynthesis / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


methionine-tRNA ligase / methionine-tRNA ligase activity / methionyl-tRNA aminoacylation / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Methionyl-trna Synthetase; domain 2 / Methionyl-trna Synthetase; domain 2 - #10 / Methionine-tRNA synthetase, type 2 / Anticodon binding domain of methionyl tRNA ligase / Methionyl-tRNA synthetase / Methioninyl-tRNA synthetase core domain / Methionyl-tRNA synthetase, anticodon-binding domain / Isoleucyl-tRNA Synthetase; Domain 1 / Isoleucyl-tRNA Synthetase; Domain 1 / Methionyl/Leucyl tRNA synthetase ...Methionyl-trna Synthetase; domain 2 / Methionyl-trna Synthetase; domain 2 - #10 / Methionine-tRNA synthetase, type 2 / Anticodon binding domain of methionyl tRNA ligase / Methionyl-tRNA synthetase / Methioninyl-tRNA synthetase core domain / Methionyl-tRNA synthetase, anticodon-binding domain / Isoleucyl-tRNA Synthetase; Domain 1 / Isoleucyl-tRNA Synthetase; Domain 1 / Methionyl/Leucyl tRNA synthetase / tRNA synthetases class I (M) / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ia, anticodon-binding / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-I signature. / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Beta Complex / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-415 / Methionine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Brucella suis biovar 1 (ブタ流産菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2016
タイトル: Brucella melitensis Methionyl-tRNA-Synthetase (MetRS), a Potential Drug Target for Brucellosis.
著者: Ojo, K.K. / Ranade, R.M. / Zhang, Z. / Dranow, D.M. / Myers, J.B. / Choi, R. / Nakazawa Hewitt, S. / Edwards, T.E. / Davies, D.R. / Lorimer, D. / Boyle, S.M. / Barrett, L.K. / Buckner, F.S. / ...著者: Ojo, K.K. / Ranade, R.M. / Zhang, Z. / Dranow, D.M. / Myers, J.B. / Choi, R. / Nakazawa Hewitt, S. / Edwards, T.E. / Davies, D.R. / Lorimer, D. / Boyle, S.M. / Barrett, L.K. / Buckner, F.S. / Fan, E. / Van Voorhis, W.C.
履歴
登録2016年5月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2016年5月25日ID: 4PPW
改定 1.02016年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月17日Group: Database references
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methionine--tRNA ligase
B: Methionine--tRNA ligase
C: Methionine--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)182,55314
ポリマ－181,0133
非ポリマー1,54011
水3,045169
1
A: Methionine--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,9346
ポリマ－60,3381
非ポリマー5965
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Methionine--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,8725
ポリマ－60,3381
非ポリマー5344
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Methionine--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,7483
ポリマ－60,3381
非ポリマー4102
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.160, 99.650, 104.300
Angle α, β, γ (deg.)110.460, 88.090, 99.720
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13B
23C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11TYRTYRAA2 - 50823 - 529
21TYRTYRBB2 - 50823 - 529
12TYRTYRAA2 - 50823 - 529
22TYRTYRCC2 - 50823 - 529
13GLUGLUBB2 - 51023 - 531
23GLUGLUCC2 - 51023 - 531

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 Methionine--tRNA ligase / Methionyl-tRNA synthetase / MetRS


分子量: 60337.766 Da / 分子数: 3 / 断片: BrabA.10201.a.A1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Brucella suis biovar 1 (strain 1330) (ブタ流産菌)
株: 1330 / 遺伝子: metG, BR0995, BS1330_I0991 / プラスミド: BrabA.10201.a.A1metG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P59078, methionine-tRNA ligase
#2: 化合物 ChemComp-415 / 1-{3-[(3-chloro-5-methoxybenzyl)amino]propyl}-3-phenylurea


分子量: 347.839 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H22ClN3O2
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 169 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.61 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: BrabA.10201.a.A1.PW37326 at 21.4 mg/ml was mixed 1:1 with PACT(c2): 100 mM PCB buffer, pH=5.0, 25% (w/v) PEG-1500, cryoprotected with 20% ethylene glycol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年1月29日 / 詳細: Beryllium Lenses
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 49660 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 47.423 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 10.12
反射 シェル
解像度 (Å)最高解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.6-2.672.40.472.07197.5
2.67-2.740.4342.2197.3
2.74-2.820.3322.89197.4
2.82-2.910.2723.41197.5
2.91-30.2154.32197.5
3-3.110.1755.2197.8
3.11-3.220.1386.77197.9
3.22-3.360.118.09197.1
3.36-3.510.0979.7196.1
3.51-3.680.06413.35188.9
3.68-3.880.06713.47187
3.88-4.110.05216.39190.8
4.11-4.390.04317.96197.1
4.39-4.750.03919.72197
4.75-5.20.03819.66197.7
5.2-5.810.04118.5198
5.81-6.710.03918.92197.7
6.71-8.220.0322.74197.6
8.22-11.630.02627.33197.5
11.630.02727.6190.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 4LNE

4lne
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.6→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.866 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.831 / SU B: 33.135 / SU ML: 0.33 / SU R Cruickshank DPI: 1.9694 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.969 / ESU R Free: 0.377
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.286 2416 4.9 %RANDOM
Rwork0.2565 ---
obs0.258 47243 96.13 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 148.89 Å2 / Biso mean: 49.76 Å2 / Biso min: 22.51 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.72 Å20.86 Å20.37 Å2
2--1.01 Å21.78 Å2
3----0.04 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11165 0 104 169 11438
Biso mean--61.27 43 -
残基数----1445
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.01911583
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0210572
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1831.9515764
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.127324139
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.31351445
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.53123.388549
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.608151672
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.9111585
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.060.21692
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02113385
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022828
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.372.6075780
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.372.6075779
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.6833.9077213
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.08 Å / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数
11A53574
12B53574
21A53324
22C53324
31B53506
32C53506
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.35 165 -
Rwork0.333 3617 -
all-3782 -
obs--97.6 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3160.77820.56862.49351.13311.40860.08980.0095-0.14160.190.0886-0.2290.27090.0817-0.17840.38720.08950.01540.05510.02120.365822.6112.01121.263
20.7247-0.3286-0.60210.83590.01980.60680.0261-0.1338-0.05140.1435-0.0505-0.1111-0.05480.17260.02430.3670.0299-0.02680.0765-0.06490.437229.6388.2524.033
30.1394-0.12390.26931.35841.12272.4174-0.01890.0501-0.09250.03820.1998-0.22810.00110.4017-0.18090.3070.05470.04160.0796-0.05790.413527.16318.49421.285
41.37080.07510.35042.08060.97682.7283-0.1809-0.1667-0.0670.340.1416-0.12310.0860.06240.03930.38810.0985-0.03160.04110.00960.218721.83837.10244.33
51.4847-0.44970.58331.248-0.46940.611-0.0857-0.22750.10410.13520.07980.0927-0.0709-0.05860.00590.29560.03640.02240.0503-0.04430.11838.912-32.5835.231
610.2681-6.4472-7.01294.11654.49715.04651.47090.97241.8141-0.7007-0.5407-1.1191-0.6832-0.707-0.93021.00230.16070.28710.74150.07341.004229.223-22.36953.202
71.4221-0.66110.86040.8271-0.61221.1326-0.0482-0.03460.09730.1056-0.0675-0.0853-0.02060.01510.11570.31410.04040.00180.0345-0.03540.163519.195-33.59732.354
81.06330.00990.82940.9798-0.17042.88170.0579-0.00550.0755-0.1451-0.17670.0408-0.0208-0.17590.11880.36220.0989-0.01390.0698-0.05260.20162.562-18.9881.122
90.9961-0.48520.41631.8341-0.00560.78760.07130.0913-0.044-0.3926-0.0501-0.03640.0421-0.1026-0.02120.48540.03680.09950.0624-0.050.2093-7.6678.870.335
100.2883-1.2580.857875.0865-49.130232.197-0.58520.0986-0.08760.9096-3.6673-6.6401-0.5862.24294.25251.3872-0.23270.11751.31860.08111.0924-0.11336.19957.536
111.6214-1.01420.26772.07980.21160.97820.05740.0770.1109-0.29130.01-0.2936-0.1959-0.1746-0.06740.51610.04490.12950.0642-0.03130.2288-1.24316.29973.089
121.7901-1.35890.4732.8797-0.80090.7590.1710.1592-0.1089-0.296-0.0482-0.09010.0960.217-0.12280.45230.05130.05140.1172-0.14930.35119.001-17.65472.032
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 69
2X-RAY DIFFRACTION2A70 - 227
3X-RAY DIFFRACTION3A228 - 358
4X-RAY DIFFRACTION4A359 - 508
5X-RAY DIFFRACTION5B3 - 126
6X-RAY DIFFRACTION6B127 - 160
7X-RAY DIFFRACTION7B161 - 335
8X-RAY DIFFRACTION8B336 - 510
9X-RAY DIFFRACTION9C1 - 131
10X-RAY DIFFRACTION10C132 - 134
11X-RAY DIFFRACTION11C152 - 338
12X-RAY DIFFRACTION12C339 - 510

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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