PDB-5k0a: Structure of an oxidoreductase from Synechocystis sp. PCC6803

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5k0a

タイトル

Structure of an oxidoreductase from Synechocystis sp. PCC6803

要素

Slr0600 protein

キーワード

OXIDOREDUCTASE

機能・相同性

機能・相同性情報

thioredoxin-disulfide reductase (NADPH) activity / cell redox homeostasis / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Synechocystis sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.706 Å

データ登録者

Buey, R.M. / de Pereda, J.M. / Balsera, M.

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Unprecedented pathway of reducing equivalents in a diflavin-linked disulfide oxidoreductase.
著者: Buey, R.M. / Arellano, J.B. / Lopez-Maury, L. / Galindo-Trigo, S. / Velazquez-Campoy, A. / Revuelta, J.L. / de Pereda, J.M. / Florencio, F.J. / Schurmann, P. / Buchanan, B.B. / Balsera, M.

履歴

登録	2016年5月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年11月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2017年12月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2021年9月8日	Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年1月10日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.5	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5k0a.cif.gz	752.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5k0a.ent.gz	637.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5k0a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k0/5k0a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k0/5k0a	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5jriSC 5n0jC 5odeC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5jri-d 6bpy-d 5ode-d 4jn9-d 6eh1-d 4ntc-d 4usm-2 7br0-1 4nte-d 3tpz-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (2) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (2) #82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Slr0600 protein

B: Slr0600 protein

C: Slr0600 protein

D: Slr0600 protein

ヘテロ分子

155 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Slr0600 protein

B: Slr0600 protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
77.6 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Slr0600 protein

D: Slr0600 protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
77.8 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	66.029, 128.430, 92.728
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.61, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Slr0600 protein 分子量: 36464.543 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Cys159 has modelled as cystein sulfenic acid (Cys-SOH; CSO) 由来: (組換発現) Synechocystis sp. (バクテリア) / 株: PCC 6803 / Kazusa / 遺伝子: slr0600 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P74746

-
非ポリマー , 7種, 1230分子

#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-NO3 / NITRATE ION 分子量: 62.005 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO₃
#4: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル分子量: 238.278 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: PO₄
#7: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1200 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.35 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.03 M NaNO3 0.03 M PO4H2Na 0.03 M (NH4)2SO4 0.1 M Imidazole/Mes, pH 6.5 20% (v/v) PEG-500 MME 10% (w/v) PEG-20000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.99987 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99987 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.706→49.043 Å / Num. obs: 167283 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.6 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.09973 / Net I/σ(I): 10.66
反射シェル	解像度: 1.706→1.767 Å / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 1.298 / Mean I/σ(I) obs: 1.08 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_2341: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5JRI

5jri

解像度: 1.706→49.042 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.07 / 位相誤差: 24.07 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1926	16334	4.93 %
R_work	0.165	-	-
obs	0.1664	167233	99.75 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.706→49.042 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9783	0	634	1200	11617

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	10656
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.413	14504
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.086	5941
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.197	1612
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1759

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7055-1.7249	0.3639	526	0.3692	10120	X-RAY DIFFRACTION	96
1.7249-1.7452	0.3578	556	0.3389	10548	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7452-1.7665	0.355	492	0.3291	10438	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7665-1.7888	0.3519	526	0.3303	10582	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7888-1.8124	0.3437	483	0.3152	10551	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8124-1.8372	0.3248	587	0.3103	10509	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8372-1.8634	0.3393	522	0.3096	10428	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8634-1.8913	0.3264	534	0.2989	10637	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8913-1.9208	0.3383	532	0.2996	10453	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9208-1.9523	0.3298	477	0.298	10573	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9523-1.986	0.3087	456	0.2631	10537	X-RAY DIFFRACTION	100
1.986-2.0221	0.2567	506	0.2349	10551	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0221-2.061	0.247	535	0.2177	10591	X-RAY DIFFRACTION	100
2.061-2.103	0.255	548	0.1985	10465	X-RAY DIFFRACTION	100
2.103-2.1488	0.2119	581	0.1769	10472	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1488-2.1988	0.2097	579	0.162	10468	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1988-2.2537	0.2099	506	0.1629	10558	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2537-2.3147	0.1902	528	0.1515	10490	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3147-2.3828	0.1934	639	0.1415	10416	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3828-2.4597	0.183	590	0.1393	10488	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4597-2.5476	0.1771	540	0.139	10498	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5476-2.6496	0.1863	590	0.1421	10502	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6496-2.7702	0.1905	492	0.1474	10541	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7702-2.9162	0.1729	603	0.1445	10438	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9162-3.0989	0.1759	581	0.1507	10475	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0989-3.3381	0.1699	520	0.1488	10550	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3381-3.6739	0.1739	549	0.1395	10500	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6739-4.2053	0.1384	624	0.1204	10402	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2053-5.2972	0.1398	557	0.1126	10445	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2972-49.0625	0.1673	575	0.1595	10464	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8438	0.0474	0.1573	0.9706	0.182	1.6213	-0.0082	-0.1051	0.1538	0.0164	-0.0308	0.0429	-0.2159	-0.3009	-0	0.2802	0.0719	-0.011	0.1997	-0.031	0.2443	-12.8716	28.9074	-16.4221
2	0.531	-0.1516	-0.091	0.5288	-0.4813	0.5442	0.0584	-0.2119	-0.1204	0.2128	0.007	0.0773	0.2133	-0.4019	-0	0.2945	0.0298	0.0153	0.4295	-0.0664	0.3023	-24.5127	21.2136	-5.8517
3	1.537	0.1202	0.597	0.2505	0.2252	0.9723	-0.022	-0.1375	0.0503	0.0251	0.0044	-0.0563	0.0021	-0.0031	-0.0004	0.2701	0.0239	0.0039	0.1837	-0.0086	0.2519	2.5219	21.5809	-8.3469
4	0.9014	0.3606	0.2601	0.2752	0.1228	1.9162	-0.0239	0.2484	0.122	-0.1039	0.0138	-0.064	-0.2394	0.2704	-0.0023	0.3286	-0.0475	0.0228	0.2104	0.033	0.2664	10.7116	27.7851	-32.7253
5	0.4254	0.2179	0.0366	0.4343	0.3574	0.3634	-0.0462	0.4447	-0.0214	-0.2964	0.0898	-0.2266	0.1087	0.3197	0.0001	0.4116	-0.0294	0.1229	0.5895	-0.0148	0.3868	21.4171	21.4543	-44.1993
6	0.3014	0.1176	-0.2535	0.6047	0.3277	0.5755	-0.0529	0.3026	0.1309	-0.2245	-0.0293	-0.0598	-0.2107	0.2188	-0.0001	0.3711	-0.0388	0.0567	0.2955	0.0274	0.2773	4.4926	24.5351	-45.2369
7	0.6252	0.054	0.0785	0.4652	-0.4663	0.5455	-0.047	0.0899	0.0559	-0.1623	-0.0691	-0.123	-0.3139	-0.157	0.001	0.3942	0.0521	-0.0264	0.3434	-0.0099	0.2787	-16.8437	24.9561	-43.2255
8	0.5369	0.2171	0.2962	0.5617	-0.1449	0.3338	-0.0985	0.1508	-0.1712	-0.3345	0.0151	0.0085	-0.1248	-0.1649	-0.0002	0.3497	0.0387	-0.0232	0.3791	-0.0365	0.2504	-23.0469	18.2364	-52.4658
9	1.0102	0.0606	0.4921	0.3108	0.2812	1.0917	-0.0105	0.1213	-0.042	-0.1384	0.0166	-0.0252	-0.094	0.0476	-0	0.3178	-0.0087	0.0349	0.2072	0.0037	0.2566	2.3171	19.6473	-35.7398
10	0.8596	-0.1667	0.0046	0.2734	-0.0853	1.1135	0.027	0.1397	-0.1115	0.0004	-0.015	-0.0589	0.1557	0.1514	0	0.2141	0.0355	0.0009	0.258	-0.0412	0.2564	-22.1867	51.6426	-26.24
11	0.6697	0.3421	0.0609	0.6845	0.6809	0.8298	-0.0887	0.1966	0.015	0.0669	0.0667	-0.1863	-0.1388	0.2081	-0.0001	0.2216	0.0527	0.0434	0.4217	0.0063	0.2845	-7.3436	57.1219	-35.2826
12	0.4974	0.1331	-0.1922	0.5796	0.2803	0.33	0.0438	0.1125	-0.1339	0.077	-0.0223	-0.0875	0.2021	0.1805	0	0.2112	0.0258	0.0038	0.2714	-0.0216	0.2891	-11.8358	53.9422	-13.503
13	0.9075	-0.5408	-0.3286	0.9111	0.0516	1.1262	0.0331	-0.1289	0.0758	0.0983	0.0059	-0.1121	-0.017	0.0554	0.0005	0.2412	0.0019	-0.0229	0.2173	-0.0121	0.2375	-18.7265	59.5098	4.7144
14	0.3908	-0.0252	-0.234	0.1517	-0.0261	0.2968	-0.0217	-0.2636	-0.2664	0.1762	0.0758	-0.1486	0.2153	0.0027	0.0069	0.3652	0.0332	-0.0543	0.2843	0.0227	0.3307	-13.662	48.1482	6.0803
15	0.2979	-0.0216	-0.1186	0.079	-0.0406	0.1189	-0.0129	0.1843	0.1581	0.0616	0.0431	-0.1423	-0.3034	0.305	0.0001	0.3029	-0.0384	0.0087	0.348	0.0163	0.3162	-11.6813	67.2119	-20.7289
16	1.004	0.5144	0.0576	1.116	0.2149	0.2026	-0.049	0.1797	0.0701	-0.019	0.0051	-0.0154	-0.285	0.1406	-0.0101	0.1793	0.0127	0.0277	0.2672	0.0124	0.2117	-27.02	65.3033	-31.8113
17	1.0373	-0.1185	0.4107	0.5963	0.2032	1.3035	0.0217	-0.0635	-0.0612	0.0425	-0.0298	0.0822	0.094	-0.112	0.0001	0.1933	-0.0178	0.0118	0.1962	0.0061	0.2408	-45.6693	55.9697	-12.4732
18	0.5659	-0.3079	-0.2339	0.5577	-0.3941	0.7905	-0.0387	-0.0947	0.202	-0.0618	-0.0257	0.146	-0.1447	-0.1583	0	0.2319	-0.0091	0.0262	0.3194	-0.042	0.2845	-58.9391	65.4398	-7.0253
19	0.4302	-0.0432	-0.121	0.3885	-0.1714	0.2738	0.0186	0.024	0.0238	-0.0226	-0.0637	0.0929	0.0951	-0.191	0.0001	0.2024	0.0169	0.0145	0.2792	-0.0141	0.2635	-53.9108	60.5276	-23.0542
20	0.7497	0.5518	0.1081	0.7175	-0.1315	1.0746	0.019	0.1541	0.0043	0.0234	0.012	0.1219	-0.0694	0.0439	-0.0009	0.2445	0.0224	-0.005	0.2756	-0.0007	0.2275	-45.4982	58.5869	-43.3026
21	0.2019	-0.2421	-0.0252	0.3299	0.1415	0.3077	0.0562	0.1112	0.0565	-0.1412	-0.0187	0.2016	-0.173	0.056	-0.0001	0.2975	0.0179	-0.0356	0.2983	0.0146	0.2657	-51.0158	62.6759	-52.0444
22	0.6	-0.1086	0.1268	0.3805	-0.3593	0.5241	0.0273	0.1038	-0.1224	-0.1501	-0.0048	0.1218	0.115	-0.1074	-0.0001	0.2637	0.0043	-0.0105	0.2735	-0.0114	0.2881	-52.9024	55.9951	-38.9423
23	0.7796	-0.391	-0.2793	1.2493	0.0646	0.4077	0.0305	0.0568	0.1242	-0.0626	-0.0384	0.0216	-0.297	0.0595	-0.001	0.1977	-0.0066	0.0276	0.1963	-0.002	0.2385	-37.7058	69.1772	-11.2497

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 11 through 101 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 102 through 120 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 121 through 330 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 10 through 101 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 102 through 120 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 121 through 147 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 148 through 188 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 189 through 222 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 223 through 330 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 18 through 101 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 102 through 124 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 125 through 147 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 148 through 222 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 223 through 252 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 253 through 272 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 273 through 330 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 9 through 101 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 102 through 120 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 121 through 147 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 148 through 204 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 205 through 227 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 228 through 262 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 263 through 330 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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