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- PDB-5k03: Crystal Structure of COMT in complex with 2,6-dimethyl-3-(1H-pyra... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5k03
タイトルCrystal Structure of COMT in complex with 2,6-dimethyl-3-(1H-pyrazol-3-yl)imidazo[1,2-a]pyridine
要素Catechol O-methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / METHYLTRANSFERASE / NEUROTRANSMITTER DEGRADATION / CATECHOL
機能・相同性
機能・相同性情報


Enzymatic degradation of dopamine by COMT / Enzymatic degradation of Dopamine by monoamine oxidase / positive regulation of homocysteine metabolic process / Methylation / norepinephrine secretion / response to dopamine / mastication / catechol-containing compound metabolic process / catecholamine catabolic process / catechol O-methyltransferase activity ...Enzymatic degradation of dopamine by COMT / Enzymatic degradation of Dopamine by monoamine oxidase / positive regulation of homocysteine metabolic process / Methylation / norepinephrine secretion / response to dopamine / mastication / catechol-containing compound metabolic process / catecholamine catabolic process / catechol O-methyltransferase activity / renal sodium excretion / : / : / S-adenosylhomocysteine metabolic process / catechol O-methyltransferase / renal filtration / developmental process / renin secretion into blood stream / dopamine secretion / negative regulation of dopamine metabolic process / renal albumin absorption / catecholamine metabolic process / habituation / artery development / response to salt / short-term memory / S-adenosylmethionine metabolic process / cerebellar cortex morphogenesis / dopamine catabolic process / norepinephrine metabolic process / cellular response to phosphate starvation / glomerulus development / fear response / multicellular organismal reproductive process / synaptic transmission, dopaminergic / response to angiotensin / cellular response to cocaine / estrogen metabolic process / exploration behavior / response to food / cholesterol efflux / response to temperature stimulus / response to pain / response to corticosterone / prostaglandin metabolic process / glycogen metabolic process / dopamine metabolic process / startle response / detection of temperature stimulus involved in sensory perception of pain / : / behavioral fear response / multicellular organismal response to stress / response to amphetamine / : / learning / response to cytokine / kidney development / female pregnancy / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / visual learning / multicellular organism growth / response to organic cyclic compound / response to toxic substance / memory / cognition / regulation of blood pressure / response to wounding / response to estrogen / gene expression / cell body / postsynapse / methylation / postsynaptic membrane / vesicle / response to oxidative stress / response to lipopolysaccharide / dendritic spine / learning or memory / response to hypoxia / response to xenobiotic stimulus / axon / glutamatergic synapse / dendrite / magnesium ion binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Catechol O-methyltransferase, eukaryotic / O-methyltransferase / Class I-like SAM-dependent O-methyltransferase / SAM-dependent O-methyltransferase class I-type profile. / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6P4 / : / Catechol O-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.81 Å
データ登録者Ehler, A. / Rodriguez-Sarmiento, R.M. / Rudolph, M.G.
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2016
タイトル: Design of Potent and Druglike Nonphenolic Inhibitors for Catechol O-Methyltransferase Derived from a Fragment Screening Approach Targeting the S-Adenosyl-l-methionine Pocket.
著者: Lerner, C. / Jakob-Roetne, R. / Buettelmann, B. / Ehler, A. / Rudolph, M. / Rodriguez Sarmiento, R.M.
履歴
登録2016年5月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月12日Group: Database references
改定 1.22016年12月21日Group: Database references
改定 1.32019年6月12日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: audit_author / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record
Item: _audit_author.name
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Catechol O-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2423
ポリマ－23,9911
非ポリマー2512
水3,333185
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area220 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area9640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)33.357, 59.670, 106.395
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Catechol O-methyltransferase


分子量: 23990.541 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Comt / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P22734, catechol O-methyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-6P4 / 2,6-dimethyl-3-(1H-pyrazol-5-yl)imidazo[1,2-a]pyridine


分子量: 212.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H12N4
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 185 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.26 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M TRIS-HCL pH 7, 1.8 M ammonium sulfate, 0.2 M NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年3月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→39.71 Å / Num. obs: 19947 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 34.292 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.123 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.8-1.851.4721.06198.5
1.85-1.91.7851.06198.2
1.9-1.950.8652197.2
1.95-2.010.7332.3198.2
2.01-2.080.6062.85198.1
2.08-2.150.4863.64197.9
2.15-2.230.4414.35197
2.23-2.320.3455.61197.2
2.32-2.430.276.89198.1
2.43-2.550.228.11198.2
2.55-2.680.1928.99198.6
2.68-2.850.15110.58197.7
2.85-3.040.11512.8197.3
3.04-3.290.08215.8198.3
3.29-3.60.06918.21196
3.6-4.020.06418.44195.6
4.02-4.650.05220.66195.4
4.65-5.690.05221.09193.8
5.69-8.050.0520.08194.6
8.05-39.710.03822.08191.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
PHENIX精密化
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化解像度: 1.81→30.487 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.91
Rfactor反射数%反射
Rfree0.253 1001 5.07 %
Rwork0.1985 --
obs0.2013 19728 98.14 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 88.93 Å2 / Biso mean: 27.962 Å2 / Biso min: 8.48 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.81→30.487 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1679 0 17 185 1881
Biso mean--20.56 38.3 -
残基数----214
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8140.346-0.77120.5479-0.38851.0812-0.2557-0.0236-0.1806-0.2077-0.0404-0.09880.28760.052-0.380.23370.03710.00050.16960.00750.12578.00043.07892.9823
20.12690.0034-0.0010.1467-0.15580.1590.1156-0.24270.1673-0.0983-0.0207-0.2130.19330.0750.0040.20840.0360.01520.30660.03370.22212.70836.310716.9934
30.23370.2130.240.33030.41520.6544-0.02430.05390.0606-0.13480.01070.0167-0.11040.016700.13390.0272-0.00770.132-0.00770.10859.29719.47713.1322
40.34030.1596-0.08360.14770.04950.10690.0677-0.1675-0.05460.1812-0.0756-0.05680.0002-0.0344-0.00030.16090.0082-0.00440.1422-0.0130.1489.095915.300229.7999
50.1254-0.07680.09940.0512-0.0410.0814-0.0564-0.1595-0.07090.13110.1569-0.22560.03480.09140.00010.1515-0.02110.01020.1696-0.01150.15086.41148.023127.6363
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 35 )A3 - 35
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 36 through 57 )A36 - 57
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 58 through 143 )A58 - 143
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 144 through 198 )A144 - 198
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 199 through 216 )A199 - 216

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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