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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5jzt | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of aerolysin pore in LMNG micelle | ||||||
要素 | Aerolysin | ||||||
キーワード | TOXIN / pore forming toxin / concentric beta-barrel / aerolysin | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 toxin activity / host cell plasma membrane / extracellular region / identical protein binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Aeromonas hydrophila (バクテリア) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.4 Å | ||||||
データ登録者 | Iacovache, I. / Zuber, B. | ||||||
資金援助 | スイス, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016 タイトル: Cryo-EM structure of aerolysin variants reveals a novel protein fold and the pore-formation process. 著者: Ioan Iacovache / Sacha De Carlo / Nuria Cirauqui / Matteo Dal Peraro / F Gisou van der Goot / Benoît Zuber / 要旨: Owing to their pathogenical role and unique ability to exist both as soluble proteins and transmembrane complexes, pore-forming toxins (PFTs) have been a focus of microbiologists and structural ...Owing to their pathogenical role and unique ability to exist both as soluble proteins and transmembrane complexes, pore-forming toxins (PFTs) have been a focus of microbiologists and structural biologists for decades. PFTs are generally secreted as water-soluble monomers and subsequently bind the membrane of target cells. Then, they assemble into circular oligomers, which undergo conformational changes that allow membrane insertion leading to pore formation and potentially cell death. Aerolysin, produced by the human pathogen Aeromonas hydrophila, is the founding member of a major PFT family found throughout all kingdoms of life. We report cryo-electron microscopy structures of three conformational intermediates and of the final aerolysin pore, jointly providing insight into the conformational changes that allow pore formation. Moreover, the structures reveal a protein fold consisting of two concentric β-barrels, tightly kept together by hydrophobic interactions. This fold suggests a basis for the prion-like ultrastability of aerolysin pore and its stoichiometry. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5jzt.cif.gz | 500.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5jzt.ent.gz | 421.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5jzt.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5jzt_validation.pdf.gz | 776 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5jzt_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 5jzt_validation.xml.gz | 138.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5jzt_validation.cif.gz | 192.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jz/5jzt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jz/5jzt | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 47185.152 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Aeromonas hydrophila (バクテリア) 遺伝子: aerA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P09167 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: aerolysin pore / タイプ: COMPLEX 詳細: Aerolysin oligomer in it's pore conformation in LMNG micelles. Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.35 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Aeromonas hydrophila (バクテリア) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / プラスミド: PET22b |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 濃度: 0.4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 70 % / 凍結前の試料温度: 295 K 詳細: 30 seconds glow discharged grids, 4ul sample, 5 seconds blot |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI F20 |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 平均露光時間: 1 sec. / 電子線照射量: 22.42 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 29079 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 7.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 27108 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 3C0N PDB chain-ID: B / Accession code: 3C0N / Source name: PDB / タイプ: experimental model |