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万見
- PDB-5jyx: Crystal structure of the covalent thioimide intermediate of the a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jyx
タイトルCrystal structure of the covalent thioimide intermediate of the archaeosine synthase QueF-Like
要素Archeaosine synthase QueF-Like
キーワードTRANSFERASE / thioimide / amidinotransferase / C2 space group / HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


preQ1 synthase activity / 転移酵素; 含窒素の基を移すもの; H2N-アミノ基を移すもの / queuosine biosynthetic process / tRNA processing / transferase activity
類似検索 - 分子機能
NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase QueF / QueF-like protein / GTP cyclohydrolase I, C-terminal/NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-GD1 / Archaeosine synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrobaculum calidifontis (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.74 Å
データ登録者Mei, X. / Swairjo, M.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE- 1309323 米国
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2017
タイトル: Crystal structure of the archaeosine synthase QueF-like-Insights into amidino transfer and tRNA recognition by the tunnel fold.
著者: Mei, X. / Alvarez, J. / Bon Ramos, A. / Samanta, U. / Iwata-Reuyl, D. / Swairjo, M.A.
履歴
登録2016年5月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22019年7月10日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42020年1月29日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_struct_assembly_prop.value

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Archeaosine synthase QueF-Like
B: Archeaosine synthase QueF-Like
C: Archeaosine synthase QueF-Like
D: Archeaosine synthase QueF-Like
E: Archeaosine synthase QueF-Like
F: Archeaosine synthase QueF-Like
G: Archeaosine synthase QueF-Like
H: Archeaosine synthase QueF-Like
I: Archeaosine synthase QueF-Like
J: Archeaosine synthase QueF-Like
K: Archeaosine synthase QueF-Like
L: Archeaosine synthase QueF-Like
M: Archeaosine synthase QueF-Like
N: Archeaosine synthase QueF-Like
O: Archeaosine synthase QueF-Like
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)185,20033
ポリマ－182,47315
非ポリマー2,72618
水2,288127
1
A: Archeaosine synthase QueF-Like
C: Archeaosine synthase QueF-Like
J: Archeaosine synthase QueF-Like
M: Archeaosine synthase QueF-Like
N: Archeaosine synthase QueF-Like
ヘテロ分子

A: Archeaosine synthase QueF-Like
C: Archeaosine synthase QueF-Like
J: Archeaosine synthase QueF-Like
M: Archeaosine synthase QueF-Like
N: Archeaosine synthase QueF-Like
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,46622
ポリマ－121,64910
非ポリマー1,81812
水18010
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area22480 Å2
ΔGint-140 kcal/mol
Surface area38820 Å2
手法PISA
2
B: Archeaosine synthase QueF-Like
D: Archeaosine synthase QueF-Like
E: Archeaosine synthase QueF-Like
F: Archeaosine synthase QueF-Like
G: Archeaosine synthase QueF-Like
H: Archeaosine synthase QueF-Like
I: Archeaosine synthase QueF-Like
K: Archeaosine synthase QueF-Like
L: Archeaosine synthase QueF-Like
O: Archeaosine synthase QueF-Like
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,46622
ポリマ－121,64910
非ポリマー1,81812
水18010
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area22370 Å2
ΔGint-138 kcal/mol
Surface area41100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)215.325, 126.779, 65.083
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.580, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Archeaosine synthase QueF-Like


分子量: 12164.875 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrobaculum calidifontis (古細菌) / 株: JCM 11548 / VA1 / 遺伝子: Pcal_0221 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A3MSP1
#2: 化合物
ChemComp-GD1 / 2-amino-5-[(Z)-iminomethyl]-3,7-dihydro-4H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-4-one / 7-cyano-7-deazaguanine, bound form


分子量: 177.163 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H7N5O
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 127 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.23 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 66 uM preQ0, 17-19% PEG3350, 0.15 M potassium thiocyanate, and 0.05% sodium azide.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.97607 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年5月14日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97607 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.74→29 Å / Num. obs: 43893 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 25.5
反射 シェル解像度: 2.75→2.8 Å / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.597 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 2172 / % possible all: 98.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0107精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
PHENIX位相決定
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.74→108.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / SU B: 32.344 / SU ML: 0.306 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.402 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2588 1975 4.6 %RANDOM
Rwork0.1711 ---
obs0.1752 41291 96.34 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 181.44 Å2 / Biso mean: 54.255 Å2 / Biso min: 15.66 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.15 Å20 Å20.13 Å2
2---0.12 Å2-0 Å2
3----0.09 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.74→108.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12191 0 198 127 12516
Biso mean--56.02 42.38 -
残基数----1574
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.01912671
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0212673
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1492.0317145
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.013.00129315
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.67551577
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.43523.837443
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.532152271
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.7281576
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.22021
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02113594
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022404
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2983.7956302
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.2983.7956301
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.9535.6657857
LS精密化 シェル解像度: 2.739→2.81 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.341 135 -
Rwork0.243 2789 -
all-2924 -
obs--87.99 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.6852-1.2486-0.4721.58210.41580.61090.01160.07350.0825-0.03180.0103-0.1303-0.05840.0269-0.02180.08920.01610.02590.158-0.01180.081811.412682.529625.5372
20.5654-0.2444-0.35691.10610.81071.90370.0216-0.0289-0.07130.131-0.0449-0.0294-0.03520.06830.02330.15350.026-0.02260.10330.01010.10161.034845.177896.3248
33.3713-0.5316-0.18920.5849-0.05250.54450.0009-0.28570.10590.03510.0075-0.0903-0.0032-0.016-0.00840.1346-0.0249-0.02050.1735-0.04230.0292-1.955582.455750.4048
40.7055-0.23110.28450.9164-0.4091.28090.07490.0467-0.0581-0.0876-0.0730.07760.08220.0844-0.00190.18390.0862-0.02590.09480.0050.087454.973439.781257.3184
51.0551-0.18511.01330.31790.31922.12650.0818-0.1779-0.1815-0.0686-0.01740.00730.0644-0.1994-0.06440.08350.0109-0.01640.07290.05220.206940.547436.488981.4098
60.89450.1829-0.24022.1578-0.78250.8222-0.0869-0.12820.0134-0.06180.01610.2593-0.0340.03550.07080.07270.0596-0.01030.0832-0.02020.229625.923858.102476.0246
71.21471.0231-0.43342.7968-0.33170.6507-0.15720.13090.0027-0.14280.04430.0666-0.04210.01390.11290.20320.0339-0.07940.09390.04110.102340.530661.402651.4183
80.57570.21580.4911.15151.11732.77110.0410.2065-0.004-0.00290.045-0.1477-0.05850.446-0.0860.0240.01730.01590.25520.020.102176.377648.247571.2998
91.9465-1.1993-0.64710.98350.29791.1455-0.1469-0.07550.06830.1552-0.0119-0.0943-0.1374-0.00490.15880.21-0.0015-0.04920.0368-0.03520.116659.938771.06398.8579
100.9446-0.9657-0.44693.07611.24691.2585-0.2554-0.1942-0.26850.46890.1467-0.02880.1330.12480.10870.17350.02930.0040.14320.1030.15265.339456.995654.21
113.4560.99240.35920.3358-0.00571.25-0.13610.01830.2734-0.0767-0.04850.1335-0.13190.2340.18460.2035-0.0028-0.11160.07180.04460.226452.598382.792562.2725
122.5129-1.7658-1.03032.55891.52771.2341-0.22810.07210.2139-0.14970.0739-0.2507-0.23030.21030.15420.1565-0.1043-0.11680.10660.15620.293374.776174.552674.2746
130.5377-0.0559-0.58512.71581.81742.5456-0.0821-0.0628-0.2815-0.01340.0451-0.2529-0.1233-0.03720.0370.06190.06410.04780.1472-0.02450.223118.644757.563829.5446
141.4942-0.29622.03441.0776-0.52214.32640.33850.2607-0.4377-0.05740.04930.11290.20850.457-0.38770.12220.0136-0.05830.1034-0.1650.4157-0.334241.337719.4528
153.35121.52530.33520.87240.36641.04680.01-0.13750.21860.1192-0.08340.1581-0.1858-0.02680.07340.22020.0113-0.00750.0406-0.09110.211637.936979.442686.31
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 105
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 109
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 104
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 105
5X-RAY DIFFRACTION5E1 - 104
6X-RAY DIFFRACTION6F2 - 105
7X-RAY DIFFRACTION7G1 - 107
8X-RAY DIFFRACTION8H2 - 105
9X-RAY DIFFRACTION9I1 - 107
10X-RAY DIFFRACTION10J1 - 104
11X-RAY DIFFRACTION11K1 - 106
12X-RAY DIFFRACTION12L1 - 105
13X-RAY DIFFRACTION13M2 - 104
14X-RAY DIFFRACTION14N1 - 104
15X-RAY DIFFRACTION15O1 - 103

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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