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- PDB-5k0p: Crystal structure of the archaeosine synthase QueF-Like in the ap... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5k0p
タイトルCrystal structure of the archaeosine synthase QueF-Like in the apo form
要素Archeaosine synthase QueF-Like
キーワードTRANSFERASE / Amidinotransferase / Tunneling-fold enzyme / P2 structure
機能・相同性
機能・相同性情報


preQ1 synthase activity / 転移酵素; 含窒素の基を移すもの; H2N-アミノ基を移すもの / tRNA queuosine(34) biosynthetic process / tRNA processing / transferase activity
類似検索 - 分子機能
NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase QueF / : / QueF-like protein / GTP cyclohydrolase I, C-terminal/NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIETHYLENE GLYCOL / THIOCYANATE ION / Archaeosine synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrobaculum calidifontis (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.94 Å
データ登録者Mei, X. / Swairjo, M.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE-1309323 米国
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2017
タイトル: Crystal structure of the archaeosine synthase QueF-like-Insights into amidino transfer and tRNA recognition by the tunnel fold.
著者: Mei, X. / Alvarez, J. / Bon Ramos, A. / Samanta, U. / Iwata-Reuyl, D. / Swairjo, M.A.
履歴
登録2016年5月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22019年7月10日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Archeaosine synthase QueF-Like
B: Archeaosine synthase QueF-Like
C: Archeaosine synthase QueF-Like
D: Archeaosine synthase QueF-Like
E: Archeaosine synthase QueF-Like
F: Archeaosine synthase QueF-Like
G: Archeaosine synthase QueF-Like
H: Archeaosine synthase QueF-Like
I: Archeaosine synthase QueF-Like
J: Archeaosine synthase QueF-Like
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,93624
ポリマ－120,71110
非ポリマー1,22614
水7,855436
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area23010 Å2
ΔGint-113 kcal/mol
Surface area41090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.210, 124.995, 74.404
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 112.270, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Archeaosine synthase QueF-Like


分子量: 12071.085 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pyrobaculum calidifontis (strain JCM 11548 / VA1) (古細菌)
株: JCM 11548 / VA1 / 遺伝子: Pcal_0221 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A3MSP1
#2: 化合物
ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン


分子量: 58.082 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#3: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 436 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.54 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 17-19% PEG3350, 0.15 M potassium thiocyanate, and 0.05% sodium azide.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.97607 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月22日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97607 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.94→69 Å / Num. obs: 77458 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル解像度: 1.94→1.98 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.685 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 4850 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0107精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5JYX

5jyx


解像度: 1.94→69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 10.946 / SU ML: 0.135 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.16 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2385 3886 5 %RANDOM
Rwork0.1546 ---
obs0.1589 73364 99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 155.23 Å2 / Biso mean: 35.243 Å2 / Biso min: 15.42 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.37 Å2-0 Å2-0.31 Å2
2--0.47 Å20 Å2
3---0.86 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.94→69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7811 0 73 436 8320
Biso mean--66.16 38.35 -
残基数----1008
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0198168
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.028167
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2472.00811045
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1053.00118950
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.56851035
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.89923.856306
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.921151491
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.5481553
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1260.21300
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0218807
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021538
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.2532.4414088
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.1312.4274077
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.7483.6115096
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr5.447316335
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free27.4365162
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded11.835516457
LS精密化 シェル解像度: 1.937→1.987 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.313 258 -
Rwork0.216 4850 -
all-5108 -
obs--89.33 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1475-0.8691-0.59551.58760.67830.9503-0.03630.068-0.0175-0.0072-0.0950.15350.1016-0.11380.13130.0417-0.0223-0.01010.0203-0.00550.0596-10.758-30.105-12.06
21.80540.3103-0.41920.7429-0.16850.713-0.0501-0.06940.00180.1253-0.0527-0.08390.09330.06690.10280.0659-0.0022-0.01610.01050.00830.059215.934-30.388-1.644
31.2618-0.71340.26931.5649-0.04490.36490.03970.03140.02550.2084-0.0676-0.0613-0.03010.02880.02780.0907-0.0127-0.0340.0063-0.00040.039313.627-6.6529.395
41.1467-0.59480.33330.9347-0.24140.70130.00190.0321-0.01860.18510.01130.12410.0101-0.0331-0.01320.075-0.00340.02870.01020.01080.0763-13.497-8.0691.453
52.75770.4789-0.75270.93550.01160.7324-0.19450.21570.0178-0.23360.13260.03180.0254-0.08440.06190.1064-0.0522-0.01970.03660.00710.0224-2.302-23.897-36.371
61.07240.78480.56631.28580.34780.81020.0161-0.11250.0536-0.26490.02560.0739-0.0567-0.1241-0.04170.1484-0.0451-0.02650.03940.01920.04090.2442.326-37.359
70.8708-0.3770.99271.1931-0.1291.7869-0.02730.08910.08970.05330.0859-0.0286-0.16510.1402-0.05860.0602-0.01690.01040.04260.03880.102420.66211.846-7.762
81.0282-0.0587-0.55930.47850.48312.60050.10010.20920.10910.0529-0.0137-0.0039-0.2121-0.3491-0.08640.05090.0460.00670.07190.02870.0535-6.62212.362-13.986
91.79680.560.38291.05780.31540.2035-0.04170.0331-0.0331-0.0808-0.0253-0.10370.02470.04460.0670.06590.03160.0450.03950.05220.133224.329-26.771-26.482
101.32210.44840.49130.89410.72241.8789-0.07-0.0681-0.0878-0.22050.1173-0.0358-0.16340.2287-0.04730.0665-0.0474-0.01340.070.02950.042427.204-1.14-30.456
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A6 - 108
2X-RAY DIFFRACTION2B6 - 105
3X-RAY DIFFRACTION3C6 - 105
4X-RAY DIFFRACTION4D6 - 106
5X-RAY DIFFRACTION5E6 - 105
6X-RAY DIFFRACTION6F6 - 106
7X-RAY DIFFRACTION7G6 - 106
8X-RAY DIFFRACTION8H6 - 104
9X-RAY DIFFRACTION9I6 - 107
10X-RAY DIFFRACTION10J6 - 105

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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