PDB-5jy1: Crystal Structure of putative short-chain dehydrogenase/reductase...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5jy1

タイトル

Crystal Structure of putative short-chain dehydrogenase/reductase from Burkholderia xenovorans LB400 bound to NAD

要素

Putative short-chain dehydrogenase/reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / dehydrogenase/reductase NAD / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID

機能・相同性

機能・相同性情報

3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Burkholderia xenovorans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of putative short-chain dehydrogenase/reductase from Burkholderia xenovorans LB400 bound to NAD
著者: Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) / Delker, S.L. / Abendroth, J. / Lorimer, D. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2016年5月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年5月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年5月24日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5jy1.cif.gz	440.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5jy1.ent.gz	361.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5jy1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jy/5jy1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jy/5jy1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2uvdS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6ci8-1 1g0o-d 2bgk-1 3qwh-d 3itd-2 4imr-1 5g4l-1 3ai2-1 7do5-1 1ybv-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-BuxeA.00010.t

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (4) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (3) #188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (2) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Putative short-chain dehydrogenase/reductase

B: Putative short-chain dehydrogenase/reductase

C: Putative short-chain dehydrogenase/reductase

D: Putative short-chain dehydrogenase/reductase

ヘテロ分子

123 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.410, 95.700, 84.140
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 98.520, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Putative short-chain dehydrogenase/reductase 分子量: 29799.510 Da / 分子数: 4 / 断片: BuxeA.00010.t.B1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia xenovorans (strain LB400) (バクテリア) 株: LB400 / 遺伝子: Bxe_C0591 / プラスミド: BuxeA.00010.t.B1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q13HF0, 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase

#1: タンパク質

Putative short-chain dehydrogenase/reductase

分子量: 29799.510 Da / 分子数: 4 / 断片: BuxeA.00010.t.B1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Burkholderia xenovorans (strain LB400) (バクテリア)
株: LB400 / 遺伝子: Bxe_C0591 / プラスミド: BuxeA.00010.t.B1 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q13HF0, 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase

-
非ポリマー , 5種, 1010分子

#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 990 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.17 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: MCSG-1 h3(270609h3): 30% PEG 3350, 0.2M Lithium Acetate; cryo: 20%EG 2 steps; BuxeA.00010.t.B1.PS37842 at 17.93 mg/ml, puck cnd5-10

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月16日 / 詳細: Beryllium Lenses

放射

モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.65→48.8475 Å / Num. obs: 128505 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.76 % / B_iso Wilson estimate: 16.83 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 14.47

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
1.65-1.69	0.562	2.26	1	99.9
1.69-1.74	0.448	2.85	1	99.9
1.74-1.79	0.345	3.7	1	99.9
1.79-1.84	0.28	4.49	1	100
1.84-1.91	0.229	5.52	1	99.8
1.91-1.97	0.175	7.22	1	99.9
1.97-2.05	0.14	8.91	1	99.9
2.05-2.13	0.109	11.18	1	99.9
2.13-2.22	0.092	13.16	1	99.7
2.22-2.33	0.074	15.86	1	100
2.33-2.46	0.066	17.97	1	99.7
2.46-2.61	0.058	20.07	1	100
2.61-2.79	0.05	23.39	1	99.8
2.79-3.01	0.044	26.35	1	100
3.01-3.3	0.037	29.79	1	99.8
3.3-3.69	0.033	33.72	1	99.8
3.69-4.26	0.028	36.54	1	99.9
4.26-5.22	0.025	38.28	1	99.9
5.22-7.38	0.023	37.53	1	99.8
7.38-48.8475	0.02	38.87	1	96.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	dev_2356	精密化
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
XDS		データ削減
MoRDa		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2uvd

2uvd

解像度: 1.65→48.826 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.66

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1749	2040	1.59 %
R_work	0.1462	-	-
obs	0.1467	128477	99.86 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 93.49 Å² / B_iso mean: 23.2 Å² / B_iso min: 9.39 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.65→48.826 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8012	0	228	1006	9246
B_iso mean	-	-	27.61	34.07	-
残基数	-	-	-	-	1064

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	8737
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.805	11949
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	1318
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1561
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.41	5186

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.6499-1.6883	0.2224	129	0.213	8405	8534	100
1.6883-1.7305	0.2787	134	0.202	8402	8536	100
1.7305-1.7773	0.2325	115	0.1912	8443	8558	100
1.7773-1.8296	0.2545	134	0.1778	8391	8525	100
1.8296-1.8887	0.1901	130	0.1701	8410	8540	100
1.8887-1.9562	0.2159	147	0.156	8438	8585	100
1.9562-2.0345	0.2215	156	0.1566	8345	8501	100
2.0345-2.1271	0.1455	139	0.1476	8429	8568	100
2.1271-2.2392	0.1752	137	0.1438	8395	8532	100
2.2392-2.3795	0.1925	134	0.1414	8446	8580	100
2.3795-2.5632	0.1796	150	0.1442	8410	8560	100
2.5632-2.8212	0.1889	128	0.1447	8460	8588	100
2.8212-3.2293	0.1713	134	0.142	8465	8599	100
3.2293-4.0683	0.1416	136	0.1282	8470	8606	100
4.0683-48.8475	0.1389	137	0.1311	8528	8665	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0056	0.3335	-0.9414	1.2448	-0.445	1.1603	-0.2268	0.1373	-0.2426	-0.2955	0.0751	0.1607	0.451	-0.1583	0.1419	0.2611	-0.0379	0.0307	0.1148	-0.0067	0.2169	11.4827	-9.7474	21.4553
2	1.3044	-0.7382	-0.0452	0.929	-0.0861	0.6768	-0.0557	0.0132	-0.1562	0.0017	-0.0227	0.1584	0.1077	-0.0239	0.0689	0.1143	-0.0081	0.0086	0.1066	0.0048	0.1496	8.4734	6.8249	28.9051
3	0.8188	-0.5912	-0.3562	1.1027	0.2064	1.1059	-0.0061	0.1433	-0.1733	-0.1837	-0.0774	0.2893	0.1441	-0.2692	0.0475	0.1331	-0.0421	-0.0395	0.1785	-0.0184	0.1798	7.4805	11.9602	13.4893
4	2.1419	0.8133	-0.9884	2.1252	0.4162	1.8401	-0.1697	-0.4678	-0.0334	-0.0984	0.0991	-0.2631	0.3209	0.6127	-0.0531	0.222	0.0541	0.0456	0.2053	-0.0206	0.1659	40.2758	10.4396	3.794
5	0.1635	0.0884	-0.0123	1.3469	1.1065	1.9368	0.0176	0.0195	0.0075	-0.1481	0.0508	-0.1218	-0.0397	0.0836	-0.0778	0.1277	0.0024	0.0057	0.118	-0.0044	0.116	30.2767	24.7243	7.024
6	0.3324	0.0259	-0.2791	1.5583	0.6469	1.2682	-0.0414	-0.1049	-0.0425	0.035	0.0604	-0.2612	0.0826	0.3392	-0.0872	0.12	0.0065	-0.0008	0.193	0.016	0.1397	31.602	17.2978	22.9907
7	1.3203	-0.3661	-0.7459	1.8474	-1.1386	2.7007	-0.0225	-0.4305	0.0255	0.3276	0.0668	0.1066	-0.0802	0.3337	-0.0106	0.1781	0.0287	0.0502	0.1955	-0.0164	0.1635	-1.0909	35.8985	48.4634
8	1.1048	-0.6984	-0.175	1.3648	-0.1323	0.4444	-0.0481	-0.0332	-0.0602	0.132	0.0272	0.1901	-0.024	-0.0342	0.0185	0.1075	0.0086	0.0124	0.1238	0.0043	0.139	0.8292	22.0684	37.663
9	0.7621	-0.4706	-0.3616	1.517	0.1262	0.4041	-0.0445	-0.2639	0.0025	0.2775	0.0638	-0.0842	-0.0077	0.1246	-0.0265	0.1524	-0.0062	-0.0119	0.1843	0.0093	0.1107	17.3436	28.6086	38.3207
10	0.8296	0.0783	-0.789	1.2032	-0.3604	2.302	0.0848	0.0677	0.2535	-0.0729	0.0795	0.1555	-0.3294	-0.1378	-0.1856	0.2173	0.0192	0.0337	0.1185	0.0113	0.1895	15.9765	56.7134	19.6819
11	0.4904	0.3415	0.4263	1.4253	1.1478	1.7091	0.0361	0.0108	0.054	-0.1405	0.0051	-0.007	-0.1538	0.0375	-0.0223	0.1521	-0.0016	0.0011	0.1229	0.0096	0.1143	22.0753	41.1733	14.2537
12	0.6655	-0.0382	-0.353	0.9566	0.3348	0.7216	0.0732	0.1228	0.0561	-0.1906	-0.0472	0.1355	-0.1329	-0.1635	-0.0217	0.1436	0.0199	-0.0264	0.1305	0.0188	0.1156	10.7209	35.7228	16.3987

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 81 )	A	1 - 81
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 82 through 177 )	A	82 - 177
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 178 through 266 )	A	178 - 266
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 1 through 66 )	B	1 - 66
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 67 through 177 )	B	67 - 177
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 178 through 266 )	B	178 - 266
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 1 through 66 )	C	1 - 66
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 67 through 177 )	C	67 - 177
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 178 through 266 )	C	178 - 266
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'D' and (resid 1 through 81 )	D	1 - 81
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'D' and (resid 82 through 153 )	D	82 - 153
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 154 through 266 )	D	154 - 266

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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