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- PDB-5jxc: SynGAP Coiled-coil trimer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jxc
タイトルSynGAP Coiled-coil trimer
要素Ras/Rap GTPase-activating protein SynGAP
キーワードSIGNALING PROTEIN / SynGAP / Coiled-Coil / Trimer
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulation of RAS by GAPs / negative regulation of axonogenesis / pattern specification process / maintenance of postsynaptic specialization structure / negative regulation of Ras protein signal transduction / regulation of synapse structure or activity / receptor clustering / dendrite development / regulation of MAPK cascade / postsynaptic density, intracellular component ...Regulation of RAS by GAPs / negative regulation of axonogenesis / pattern specification process / maintenance of postsynaptic specialization structure / negative regulation of Ras protein signal transduction / regulation of synapse structure or activity / receptor clustering / dendrite development / regulation of MAPK cascade / postsynaptic density, intracellular component / GTPase activator activity / axonogenesis / dendritic shaft / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / modulation of chemical synaptic transmission / visual learning / regulation of synaptic plasticity / SH3 domain binding / neuron apoptotic process / negative regulation of neuron apoptotic process / Ras protein signal transduction / postsynaptic density / glutamatergic synapse / synapse / protein kinase binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Disabled homolog 2-interacting protein, C-terminal domain / SynGAP, PH domain / Disabled homolog 2-interacting protein, C-terminal domain / Ras GTPase-activating protein / Ras GTPase-activating protein, conserved site / Ras GTPase-activating proteins domain signature. / GTPase-activator protein for Ras-like GTPase / Ras GTPase-activating proteins profile. / GTPase-activator protein for Ras-like GTPases / Ras GTPase-activating domain ...Disabled homolog 2-interacting protein, C-terminal domain / SynGAP, PH domain / Disabled homolog 2-interacting protein, C-terminal domain / Ras GTPase-activating protein / Ras GTPase-activating protein, conserved site / Ras GTPase-activating proteins domain signature. / GTPase-activator protein for Ras-like GTPase / Ras GTPase-activating proteins profile. / GTPase-activator protein for Ras-like GTPases / Ras GTPase-activating domain / Rho GTPase activation protein / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain / C2 domain profile. / C2 domain superfamily / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PH-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Synaptic Ras GTPase activating protein 1 homolog (rat) / Ras/Rap GTPase-activating protein SynGAP
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Shang, Y. / Zhang, M.
資金援助 香港, 中国, 5件
組織認可番号国
RGC663811 香港
RGC663812 香港
RGCT13-607/12R 香港
RGCAoE-M09-12 香港
the Minister of Science and Technology of China2014CB910204 中国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2016
タイトル: Phase Transition in Postsynaptic Densities Underlies Formation of Synaptic Complexes and Synaptic Plasticity.
著者: Zeng, M. / Shang, Y. / Araki, Y. / Guo, T. / Huganir, R.L. / Zhang, M.
履歴
登録2016年5月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ras/Rap GTPase-activating protein SynGAP
B: Ras/Rap GTPase-activating protein SynGAP
C: Ras/Rap GTPase-activating protein SynGAP
D: Ras/Rap GTPase-activating protein SynGAP
E: Ras/Rap GTPase-activating protein SynGAP
F: Ras/Rap GTPase-activating protein SynGAP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,4746
ポリマ－67,4746
非ポリマー00
水64936
1
A: Ras/Rap GTPase-activating protein SynGAP
B: Ras/Rap GTPase-activating protein SynGAP
C: Ras/Rap GTPase-activating protein SynGAP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,7373
ポリマ－33,7373
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8340 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area15120 Å2
手法PISA
2
D: Ras/Rap GTPase-activating protein SynGAP
E: Ras/Rap GTPase-activating protein SynGAP
F: Ras/Rap GTPase-activating protein SynGAP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,7373
ポリマ－33,7373
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8810 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area15200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)28.803, 236.664, 42.207
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.92, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Ras/Rap GTPase-activating protein SynGAP


分子量: 11245.609 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP RESIDUES 1171-1258 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Syngap1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0J9YUM2, UniProt: F6SEU4*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.88 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1M HEPES sodium pH 7.5, 0.1M L-proline, 20% w/v Polyethylene glycol 1500

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97886 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月24日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97886 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 19240 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.8 % / Net I/σ(I): 22.8
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10_2155精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.5→39.497 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2 / 位相誤差: 36.45
Rfactor反射数%反射
Rfree0.307 973 5.11 %
Rwork0.2229 --
obs0.2271 19058 98.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→39.497 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3804 0 0 36 3840
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083825
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9695122
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d29.0761494
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047593
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004669
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5002-2.63190.36371460.29292543X-RAY DIFFRACTION97
2.6319-2.79680.3671130.28592591X-RAY DIFFRACTION99
2.7968-3.01270.36431420.2652579X-RAY DIFFRACTION99
3.0127-3.31570.44251620.28032549X-RAY DIFFRACTION100
3.3157-3.79520.31631430.21682608X-RAY DIFFRACTION100
3.7952-4.78020.24041260.18492663X-RAY DIFFRACTION100
4.7802-39.50140.27061410.2062552X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.46844.9799-0.32179.5379-0.06070.14950.126-0.14260.04010.2732-0.2466-0.02160.19180.02510.14940.6297-0.0253-0.00010.51110.06190.49580.3227-43.233444.2376
21.11952.41670.2184.38180.5007-0.09150.1240.1982-0.17151.13090.2208-0.28320.22240.0298-0.3650.7263-0.0567-0.07340.43210.07860.65326.1765-45.220544.4165
32.93225.02760.56888.60530.72640.1325-0.05830.11180.1766-0.0610.17810.08140.0759-0.0305-0.07080.5648-0.0562-0.03770.4296-0.00610.75251.9952-45.146437.9022
41.5017-2.08720.4484.5207-0.531-0.2483-0.4068-0.50030.18330.42320.5842-0.27720.1492-0.0744-0.2150.6030.11830.01120.4740.02310.41331.652336.158359.1523
53.8161-3.46570.65893.7898-0.47340.2664-0.2803-0.81740.5401-0.16340.624-0.65610.2196-0.112-0.21240.54640.11160.01920.5135-0.00740.3381-4.590137.205564.0582
65.117-5.98781.0056.399-0.94740.4698-0.0743-0.1765-0.23830.0350.17210.46450.1303-0.0109-0.03430.50770.01650.01990.47030.00420.449-4.300532.730958.1822
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and (resid 1189 through 1274 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain B and (resid 1195 through 1272 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain C and (resid 1194 through 1271 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain D and (resid 1194 through 1271 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain E and (resid 1189 through 1272 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain F and (resid 1193 through 1272 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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