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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5jx3 | |||||||||
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タイトル | Wild type D4 in orthorhombic space group | |||||||||
![]() | Uracil-DNA glycosylase | |||||||||
![]() | HYDROLASE / DNA Repair Enzyme Component of Processivity Factor Poxvirus | |||||||||
機能・相同性 | ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Schormann, N. / Chattopadhyay, D. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Poxvirus uracil-DNA glycosylase-An unusual member of the family I uracil-DNA glycosylases. 著者: Schormann, N. / Zhukovskaya, N. / Bedwell, G. / Nuth, M. / Gillilan, R. / Prevelige, P.E. / Ricciardi, R.P. / Banerjee, S. / Chattopadhyay, D. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 370.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 302.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 510.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 524.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 69 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 96.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5jx0C ![]() 5jx8C C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | |
実験データセット #1 | データ参照: ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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4 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25364.029 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: Western Reserve / 遺伝子: UNG, TS17, VACWR109, D4R / プラスミド: PET15B / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-GOL / #3: 化合物 | ChemComp-CL / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | Western Reserve (WR109) vaccinia virus strain was used. The closest sequence database entry is: ...Western Reserve (WR109) vaccinia virus strain was used. The closest sequence database entry is: AA089388. Any sequence difference from this entry except for the engineered mutations in the D4 mutants is unintentional | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.03 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 5% PEG3000, 0.1M NaCl, 0.1M Hepes |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月17日 / 詳細: Mirrors |
放射 | モノクロメーター: Double Crystal Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9762 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→32.24 Å / Num. obs: 98092 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 7.48 % / Biso Wilson estimate: 28.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 10.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 7.48 % / Rmerge(I) obs: 0.253 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4DOF_A 解像度: 2.3→32.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / SU B: 6.613 / SU ML: 0.163 / Data cutoff high absF: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.34 / ESU R Free: 0.234 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.778 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.3→32.24 Å
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拘束条件 |
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