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- PDB-5jwy: Structure of lipid phosphate phosphatase PgpB complex with PE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jwy
タイトルStructure of lipid phosphate phosphatase PgpB complex with PE
要素Phosphatidylglycerophosphatase B
キーワードHYDROLASE / transmembrane helices / protein-lipid complex / enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


diacylglycerol diphosphate phosphatase / diacylglycerol diphosphate phosphatase activity / phosphatidate phosphatase / phosphatidylglycerophosphatase / undecaprenyl-diphosphate phosphatase / undecaprenyl-diphosphatase activity / phosphatidate phosphatase activity / phosphatidylglycerol biosynthetic process / phosphatidylglycerophosphatase activity / glycerophospholipid biosynthetic process ...diacylglycerol diphosphate phosphatase / diacylglycerol diphosphate phosphatase activity / phosphatidate phosphatase / phosphatidylglycerophosphatase / undecaprenyl-diphosphate phosphatase / undecaprenyl-diphosphatase activity / phosphatidate phosphatase activity / phosphatidylglycerol biosynthetic process / phosphatidylglycerophosphatase activity / glycerophospholipid biosynthetic process / phospholipid catabolic process / plasma membrane => GO:0005886 / peptidoglycan biosynthetic process / cell outer membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Acid phosphatase homologues / Phosphatidic acid phosphatase type 2/haloperoxidase / Vanadium-containing Chloroperoxidase; domain 1 / Phosphatidic acid phosphatase type 2/haloperoxidase / PAP2 superfamily / Phosphatidic acid phosphatase type 2/haloperoxidase superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-46E / Phosphatidylglycerophosphatase B
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Tong, S. / Wang, M. / Zheng, L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM097290 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Structural Insight into Substrate Selection and Catalysis of Lipid Phosphate Phosphatase PgpB in the Cell Membrane.
著者: Tong, S. / Lin, Y. / Lu, S. / Wang, M. / Bogdanov, M. / Zheng, L.
履歴
登録2016年5月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年7月27日Group: Database references
改定 1.22016年9月7日Group: Database references
改定 1.32017年11月22日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: citation / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_audit_support.grant_number

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphatidylglycerophosphatase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,5822
ポリマ－29,9461
非ポリマー6361
水362
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area13880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.533, 73.593, 132.095
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Phosphatidylglycerophosphatase B / Diacylglycerol pyrophosphate phosphatase / DGPP phosphatase / Phosphatidate phosphatase / ...Diacylglycerol pyrophosphate phosphatase / DGPP phosphatase / Phosphatidate phosphatase / Undecaprenyl pyrophosphate phosphatase / Undecaprenyl-diphosphatase


分子量: 29946.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: pgpB, b1278, JW1270 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3)
参照: UniProt: P0A924, phosphatidylglycerophosphatase, diacylglycerol diphosphate phosphatase, phosphatidate phosphatase, undecaprenyl-diphosphate phosphatase
#2: 化合物 ChemComp-46E / (2R)-3-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-(tetradecanoyloxy)propyl tetradecanoate / DMPE


分子量: 635.853 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H66NO8P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.66 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: PEG6000, sodium chloride, ADA

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月20日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 14 % / 数: 95967 / Rsym value: 0.102 / D res high: 3.2 Å / D res low: 132.095 Å / Num. obs: 6838 / % possible obs: 100
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)IDRmerge(I) obsRsym valueRedundancy
10.1273.5910.0190.01911.2
7.1610.1210.0280.02813
5.847.1610.0630.06313.7
5.065.8410.0780.07813.9
4.535.0610.0710.07114.1
4.134.5310.0950.09514.3
3.824.1310.1630.16314.1
3.583.8210.3070.30714.4
3.373.5810.5010.50114.4
3.23.3710.7780.77814.5
反射解像度: 3.2→132.1 Å / Num. obs: 6838 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14 % / Rsym value: 0.102 / Net I/av σ(I): 7.048 / Net I/σ(I): 25.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
3.2-3.3714.50.77811100
3.37-3.5814.40.5011.41100
3.58-3.8214.40.3072.21100
3.82-4.1314.10.1634.71100
4.13-4.5314.30.09581100
4.53-5.0614.10.07110.21100
5.06-5.8413.90.0789.61100
5.84-7.1613.70.063121100
7.16-10.12130.02822.11100
10.12-73.59311.20.01931.4198.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.16データスケーリング
REFMAC5.8.0049精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.2→132.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.877 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.879 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.572 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3051 323 4.8 %RANDOM
Rwork0.2672 ---
obs0.2691 6800 99.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 173.15 Å2 / Biso mean: 93.591 Å2 / Biso min: 49.44 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.21 Å20 Å2-0 Å2
2--10.62 Å2-0 Å2
3----12.84 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.2→132.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2104 0 43 2 2149
Biso mean--95.23 52.19 -
残基数----259
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0192214
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.022195
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2761.9423013
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.4683.0115016
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5455258
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.18121.66790
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.08715339
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.8421518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0610.2331
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0212394
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02546
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.4389.0351035
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.4399.0341034
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.2113.5321292
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.283 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.32 22 -
Rwork0.328 475 -
all-497 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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