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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5jvx | ||||||
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タイトル | X-ray structure of the adduct formed in the reaction between thaumatin and a gold carbene compound | ||||||
![]() | Thaumatin-1 | ||||||
![]() | PLANT PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ferraro, G. / Merlino, A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: First Crystal Structure for a Gold Carbene-Protein Adduct. 著者: Ferraro, G. / Gabbiani, C. / Merlino, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 98.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 76.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3qy5S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22227.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-6O0 / ( #4: 化合物 | ChemComp-CL / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.56 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: 0.2 M sodium tartrate pH 7.2, 20 % polyethylene glycol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月21日 / 詳細: mirrors |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→57.91 Å / Num. obs: 27058 / % possible obs: 93 % / 冗長度: 20.9 % / Rmerge(I) obs: 0.123 / Net I/σ(I): 37 |
反射 シェル | 最高解像度: 1.7 Å / Rmerge(I) obs: 1.74 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / CC1/2: 0.59 / Rpim(I) all: 0.48 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3QY5 解像度: 1.7→54.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 1.899 / SU ML: 0.061 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.102 / ESU R Free: 0.093 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.949 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.7→54.03 Å
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拘束条件 |
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