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- PDB-5jvv: Crystal structure and characterization an elongating GH family 16... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jvv
タイトルCrystal structure and characterization an elongating GH family 16 beta-1,3-glucosyltransferase
要素beta-1,3-glucosyltransferase
キーワードTRANSFERASE / glucoside hydrolase / beta-1 / 3-glucosyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


endo-1,3(4)-beta-glucanase / cellulose catabolic process / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / side of membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Glycosyl hydrolases family 16 / Glycoside hydrolase family 16 / Glycosyl hydrolases family 16 (GH16) domain profile. / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
endo-1,3(4)-beta-glucanase
類似検索 - 構成要素
生物種Paecilomyces sp. J18 (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.589 Å
データ登録者Qin, Z. / Yan, Q. / Yang, S. / Jiang, Z.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: Catalytic Mechanism of a Novel Glycoside Hydrolase Family 16 "Elongating" beta-Transglycosylase
著者: Qin, Z. / Yang, S. / Zhao, L. / You, X. / Yan, Q. / Jiang, Z.
履歴
登録2016年5月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年2月1日Group: Database references
改定 1.22017年2月15日Group: Database references
改定 1.32017年10月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.42023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: beta-1,3-glucosyltransferase
A: beta-1,3-glucosyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,0822
ポリマ－65,0822
非ポリマー00
水12,592699
1
B: beta-1,3-glucosyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,5411
ポリマ－32,5411
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
A: beta-1,3-glucosyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,5411
ポリマ－32,5411
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.282, 91.469, 59.532
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.80, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 beta-1,3-glucosyltransferase


分子量: 32540.783 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Paecilomyces sp. J18 (菌類) / 株: J18
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3)pLysS AG
参照: UniProt: A0A1S4NYE9*PLUS, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 699 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.93 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.4 / 詳細: 35% PEG 3350, 0.1M Na-Citrate pH4.4 / PH範囲: 4.0-5.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.589→37.17 Å / Num. obs: 62905 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 17.93
反射 シェル解像度: 1.589→1.65 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.303 / Mean I/σ(I) obs: 6.11 / % possible all: 94.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.2_1309精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
PHENIXモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3WDT

3wdt


解像度: 1.589→37.167 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 18.04
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1789 1991 3.17 %
Rwork0.1487 --
obs0.1496 62895 96.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.589→37.167 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4558 0 0 699 5257
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0064730
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1216434
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.4061678
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08701
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005841
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5888-1.62850.22291340.15264200X-RAY DIFFRACTION93
1.6285-1.67250.22661400.15334359X-RAY DIFFRACTION97
1.6725-1.72170.19231440.15494322X-RAY DIFFRACTION97
1.7217-1.77730.18731490.15474324X-RAY DIFFRACTION97
1.7773-1.84080.16661280.1554289X-RAY DIFFRACTION95
1.8408-1.91450.18911510.14864365X-RAY DIFFRACTION98
1.9145-2.00170.22141390.1474391X-RAY DIFFRACTION98
2.0017-2.10720.20221530.15064362X-RAY DIFFRACTION97
2.1072-2.23920.16761390.14914310X-RAY DIFFRACTION95
2.2392-2.41210.16881440.14814411X-RAY DIFFRACTION98
2.4121-2.65470.18081480.15344417X-RAY DIFFRACTION98
2.6547-3.03870.22881410.15974356X-RAY DIFFRACTION97
3.0387-3.82790.14971450.144435X-RAY DIFFRACTION98
3.8279-37.17710.15391360.14294363X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 3.6466 Å / Origin y: -23.8877 Å / Origin z: -14.6415 Å
111213212223313233
T0.0794 Å20.0035 Å20.0102 Å2-0.086 Å20.0081 Å2--0.0831 Å2
L0.1808 °20.0537 °20.0607 °2-0.2635 °20.133 °2--0.164 °2
S0.0157 Å °0.0102 Å °-0.0155 Å °-0.0147 Å °-0.0023 Å °-0.0306 Å °0.0005 Å °-0.0047 Å °-0.0118 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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