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- PDB-5jv4: Structure of F420 binding protein, MSMEG_6526, from Mycobacterium... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jv4
タイトルStructure of F420 binding protein, MSMEG_6526, from Mycobacterium smegmatis with F420 bound
要素Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-like FMN-binding protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / Split beta-barrel / F420-dependent oxidoreductases / F420. / FMN-binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


F420-dependent enzyme, PPOX class, family Rv0121, probable / : / Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase, putative / Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase / Electron Transport, Fmn-binding Protein; Chain A / Pnp Oxidase; Chain A / FMN-binding split barrel / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME F420 / Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-like FMN-binding protein / Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Lee, B.M. / Carr, P.D. / Jackson, C.J.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of F420 binding protein, MSMEG_6526, from Mycobacterium smegmatis with F420 bound
著者: Lee, B.M. / Carr, P.D. / Jackson, C.J.
履歴
登録2016年5月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年8月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-like FMN-binding protein
B: Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-like FMN-binding protein
C: Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-like FMN-binding protein
D: Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-like FMN-binding protein
E: Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-like FMN-binding protein
F: Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-like FMN-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,74022
ポリマ－104,0126
非ポリマー5,72816
水9,764542
1
A: Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-like FMN-binding protein
D: Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-like FMN-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,3596
ポリマ－34,6712
非ポリマー1,6884
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5440 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area13930 Å2
手法PISA
2
B: Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-like FMN-binding protein
E: Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-like FMN-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,6908
ポリマ－34,6712
非ポリマー2,0206
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5740 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area14480 Å2
手法PISA
3
C: Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-like FMN-binding protein
F: Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-like FMN-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,6908
ポリマ－34,6712
非ポリマー2,0206
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5660 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area13910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)139.951, 84.241, 75.980
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.85, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-202-

MPD

21B-401-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-like FMN-binding protein


分子量: 17335.287 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
遺伝子: ERS451418_06325 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0D6J2M1, UniProt: A0R6F1*PLUS

-
非ポリマー , 5種, 558分子

#2: 化合物
ChemComp-F42 / COENZYME F420 / 補酵素F420


分子量: 773.593 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H36N5O18P
#3: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 542 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.25 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 100 mM Sodium Acetate pH 4.6 20 mM Calcium Chloride 28% MPD

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9501 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9501 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→75.97 Å / Num. obs: 96899 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.122 / Net I/σ(I): 6.6
反射 シェル解像度: 1.7→9.31 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ZKY

4zky


解像度: 1.7→75.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.108 / ESU R Free: 0.11 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23081 4905 5.1 %RANDOM
Rwork0.1894 ---
obs0.1914 91915 99.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.502 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0 Å2-0 Å2-0.01 Å2
2--0.03 Å20 Å2
3----0.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→75.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6544 0 276 542 7362
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0196599
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.026000
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8311.9579096
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.648313657
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8255778
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.98622.733300
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.65415858
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.5151551
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1750.21023
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0217389
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0220.021590
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0391.9283142
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.0391.9283141
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.012.8763910
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.012.8763911
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9472.3443450
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.9472.3443451
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.5533.3895179
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.50817.4298056
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.37417.1437828
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.318 348 -
Rwork0.29 6750 -
obs--99.93 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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