PDB-5jv1: Crystal structure of human FPPS in complex with an allosteric inh...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5jv1

タイトル

Crystal structure of human FPPS in complex with an allosteric inhibitor CL-08-066

要素

Farnesyl pyrophosphate synthase

キーワード

Transferase/Transferase Inhibitor / Transferase / Transferase-Transferase Inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

geranyl diphosphate biosynthetic process / dimethylallyltranstransferase / (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase / Cholesterol biosynthesis / farnesyl diphosphate biosynthetic process / dimethylallyltranstransferase activity / geranyltranstransferase activity / cholesterol biosynthetic process / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / RNA binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Park, J. / Leung, C.Y. / Tsantrizos, Y.S. / Berghuis, A.M.

引用

ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2017
タイトル: Pharmacophore Mapping of Thienopyrimidine-Based Monophosphonate (ThP-MP) Inhibitors of the Human Farnesyl Pyrophosphate Synthase.
著者: Park, J. / Leung, C.Y. / Matralis, A.N. / Lacbay, C.M. / Tsakos, M. / Fernandez De Troconiz, G. / Berghuis, A.M. / Tsantrizos, Y.S.

履歴

登録	2016年5月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年3月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年3月22日	Group: Database references
改定 1.2	2017年5月10日	Group: Refinement description
改定 1.3	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5jv1.cif.gz	155.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5jv1.ent.gz	120.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5jv1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5jv1_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5jv1_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	5jv1_validation.xml.gz	15.7 KB	表示
CIF形式データ	5jv1_validation.cif.gz	21.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jv/5jv1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jv/5jv1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5juzC 5jv0C 5jv2C 5ksxC 4qxsS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5ja0-1 4qxs-1 4xqt-1 3n1v-1 4lpg-1 4xqr-1 4xqs-1 6n82-1 5djr-1 5ksx-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (8) #96 - 2007年12月酸化スクアレン環化酵素 (Oxidosqualene Cyclase) 類似性 (1)

登録構造単位

F: Farnesyl pyrophosphate synthase

ヘテロ分子

44.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

F: Farnesyl pyrophosphate synthase

ヘテロ分子

F: Farnesyl pyrophosphate synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
88.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	111.050, 111.050, 76.200
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Farnesyl pyrophosphate synthase / FPS / (2E / 6E)-farnesyl diphosphate synthase / Dimethylallyltranstransferase / Farnesyl ...FPS / (2E / 6E)-farnesyl diphosphate synthase / Dimethylallyltranstransferase / Farnesyl diphosphate synthase / Geranyltranstransferase 分子量: 43144.980 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 67-419 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FDPS, FPS, KIAA1293 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P14324, (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase, dimethylallyltranstransferase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-YL6 / [(1R)-1-{[6-(3-chloro-4-methylphenyl)thieno[2,3-d]pyrimidin-4-yl]amino}-2-(3-fluorophenyl)ethyl]phosphonic acid 分子量: 477.876 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₁₈ClFN₃O₃PS
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.72 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.82 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 25.5% PEG 8000, 0.17 M sodium acetate, 15% glycerol, 0.085 M sodium cacodylate, pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→49.66 Å / Num. obs: 21646 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 9.6 % / B_iso Wilson estimate: 47.783 Å² / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 21.3
反射シェル	解像度: 2.3→2.36 Å / 冗長度: 9.6 % / R_merge(I) obs: 0.982 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 98.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0123	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
REFMAC	5.8.0123	位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 4QXS

4qxs

解像度: 2.3→49.66 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / SU B: 16.528 / SU ML: 0.187 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.231 / ESU R Free: 0.2 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23153	1123	5.2 %	RANDOM
R_work	0.18106	-	-	-
obs	0.18376	20478	99.38 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 68.78 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.38 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-3.38 Å²	0 Å²
3-	-	-	6.77 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.3→49.66 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2635	0	72	71	2778

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.023	0.02	2768
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	2547
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.136	1.996	3773
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.16	3.004	5816
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.76	5	333
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.898	24.355	124
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.321	15	431
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.441	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.125	0.2	419
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	3132
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	647
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.319	3.838	1341
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.297	3.835	1340
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.485	5.746	1671
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.485	5.748	1672
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.374	4.359	1427
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.373	4.364	1428
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.873	6.463	2103
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.75	34.456	3349
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	7.749	34.477	3350
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.298	74	-
R_work	0.289	1476	-
obs	-	-	98.48 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	9.2165	5.8624	-6.8642	10.7189	-4.0876	6.7059	-0.155	0.552	0.1125	-0.3704	0.3007	0.6927	0.3593	-1.0873	-0.1457	0.1973	-0.1054	-0.1531	0.4065	-0.0357	0.392	1.7074	81.0664	10.2504
2	6.0712	0.3923	-4.5815	2.6097	0.23	5.4906	0.0628	0.6915	-0.1617	-0.3991	0.0218	0.4954	-0.0264	-0.7342	-0.0846	0.0899	-0.031	-0.0991	0.1468	0.0064	0.2788	6.0704	83.5706	13.0851
3	6.5985	-2.1544	-1.0578	3.6147	-0.4641	2.0539	-0.0866	0.3202	-0.2901	-0.2801	0.0073	0.2603	0.2601	-0.3327	0.0794	0.0497	-0.0397	-0.0131	0.0583	-0.0289	0.1482	13.1859	82.9191	15.5974
4	10.412	-5.1967	4.7903	6.2292	-4.0268	6.1054	0.0784	-0.2711	0.1178	0.0378	-0.0208	0.133	-0.1527	0.0267	-0.0575	0.0196	-0.0119	0.0465	0.017	-0.0215	0.1784	12.544	92.3589	25.5938
5	5.3044	-1.6896	1.2878	5.66	-3.7626	5.3735	0.0604	-0.5396	-0.5719	0.3298	-0.2714	-0.2331	0.3134	0.6858	0.211	0.1306	0.0311	0.0119	0.3334	0.0934	0.3656	13.1549	77.5963	37.6681
6	6.0885	-4.1763	3.2218	5.9233	-3.7105	3.7507	0.2232	-0.3614	-0.625	0.1364	-0.0943	0.287	0.4329	0.1868	-0.1289	0.2049	0.0325	0.0727	0.2405	0.1115	0.4813	3.6409	73.8197	40.6707

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	F	9 - 30
2	X-RAY DIFFRACTION	2	F	35 - 76
3	X-RAY DIFFRACTION	3	F	77 - 147
4	X-RAY DIFFRACTION	4	F	148 - 179
5	X-RAY DIFFRACTION	5	F	182 - 293
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	294 - 350

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