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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5ju4 | ||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of a DNA sequence d(CGTGAATTCACG) at 130K | ||||||||||||||||||||||||||||
![]() | DNA (5'-D(*![]() DNA | 機能・相同性 | DNA / DNA (> 10) | ![]() 生物種 | synthetic construct (人工物) | 手法 | ![]() ![]() ![]() Sbirkova, H. / Schivachev, B. | 資金援助 | Bulgaria, 1件 |
![]() ![]() タイトル: Crystal structure of a DNA sequence d(CGTGAATTCACG) at 130K 著者: Sbirkova, H.I. / Schivachev, B.L. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 24.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 15.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 367.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 367.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 3.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 4.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1d29S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3662.404 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #2: 化合物 | ChemComp-MG / | #3: 化合物 | ChemComp-CL / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.09 % / 解説: block 0.35x0.35x0.3 mm3 |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 60mM Sodium cacodylate, 17mM MgCl2, 2m M Spermine, 50% MPD, 1.5mM DAPI |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 130 K |
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放射光源 | 由来: SEALED TUBE / タイプ: OXFORD DIFFRACTION ENHANCE ULTRA / 波長: 1.54 Å |
検出器 | タイプ: AGILENT ATLAS CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→14.8 Å / Num. obs: 4550 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 18.7 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / Rmerge(I) obs: 0.368 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1D29 解像度: 2→34.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 5.277 / SU ML: 0.144 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.215 / ESU R Free: 0.207 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 31.01 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2→34.76 Å
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拘束条件 |
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