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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5jt7 | ||||||
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タイトル | tRNA guanine Transglycosylase (TGT) in co-crystallized complex with 1-(2-((2-morpholinoethyl)amino)-1H-benzo[d]imidazol-6-yl)guanidine | ||||||
![]() | Queuine tRNA-ribosyltransferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Benzimidazole-derivatives / shigellosis / TRANSFERASE INHIBITOR | ||||||
機能・相同性 | ![]() tRNA-guanosine34 preQ1 transglycosylase / tRNA wobble guanine modification / tRNA-guanosine(34) queuine transglycosylase activity / tRNA-guanine transglycosylation / queuosine biosynthetic process / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ehrmann, F.R. / Heine, A. / Klebe, G. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Benzimidazole-based Inhibitors as a Novel Scaffold to Inhibit Z.mobilis TGT and Study Protein Flexibility and the Contributions of Active Site Residues to Binding Affinity of lin-Benzopurines. 著者: Ehrmann, F.R. / Hohn, C. / Heine, A. / Diederich, F. / Klebe, G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 162.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 126.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 677.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 677.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 24.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42925.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: tgt, ZMO0363 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P28720, tRNA-guanosine34 preQ1 transglycosylase | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-ZN / | ||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-6N2 / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.7 % |
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結晶化 | 温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 13% PEG 8000,100mM MES, 1mM DTT, 10% DMSO |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年8月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.918409 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→42.8 Å / Num. obs: 44054 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 2.5 % / Rsym value: 0.031 / Net I/σ(I): 15.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.8 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.406 / Mean I/σ(I) obs: 2.02 / % possible all: 98.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1P0D 解像度: 1.7→42.8 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 22.11
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→42.8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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