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- PDB-5jso: Structures of DddQ from Ruegeria lac. Reveal Key Residues for Met... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jso
タイトルStructures of DddQ from Ruegeria lac. Reveal Key Residues for Metal Binding and Catalysis - TRIS bound
要素Dimethlysulfonioproprionate lyase DddQ
キーワードLYASE / dimethylsulfoniopropionate / cupin / metalloenzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


dimethylpropiothetin dethiomethylase / dimethylpropiothetin dethiomethylase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Dimethlysulfonioproprionate lyase / Dimethlysulfonioproprionate lyase / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Dimethylsulfoniopropionate lyase DddQ
類似検索 - 構成要素
生物種Ruegeria lacuscaerulensis
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Brummett, A.E. / Dey, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
University of Iowa, College of Liberal Arts and Sciences 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016
タイトル: New Mechanistic Insight from Substrate- and Product-Bound Structures of the Metal-Dependent Dimethylsulfoniopropionate Lyase DddQ.
著者: Brummett, A.E. / Dey, M.
履歴
登録2016年5月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dimethlysulfonioproprionate lyase DddQ
B: Dimethlysulfonioproprionate lyase DddQ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,41512
ポリマ－44,7902
非ポリマー62510
水6,287349
1
A: Dimethlysulfonioproprionate lyase DddQ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,6445
ポリマ－22,3951
非ポリマー2494
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Dimethlysulfonioproprionate lyase DddQ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,7717
ポリマ－22,3951
非ポリマー3766
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.870, 87.761, 48.900
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.370, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Dimethlysulfonioproprionate lyase DddQ / DMSP lyase


分子量: 22395.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ruegeria lacuscaerulensis (strain DSM 11314 / KCTC 2953 / ITI-1157) (バクテリア)
株: DSM 11314 / KCTC 2953 / ITI-1157 / 遺伝子: dddQ, SL1157_0332 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: D0CY60, dimethylpropiothetin dethiomethylase

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非ポリマー , 5種, 359分子

#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER


分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 349 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.13 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M MES pH 6.0, 0.2 M LiCl, 20% PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→48.817 Å / Num. all: 26468 / Num. obs: 26468 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 14.98 Å2 / Rpim(I) all: 0.046 / Rrim(I) all: 0.088 / Rsym value: 0.063 / Net I/av σ(I): 10.467 / Net I/σ(I): 14.1 / Num. measured all: 97454
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2-2.113.60.223.51404738530.1610.310.225.199
2.11-2.243.70.1584.91341436650.1150.2220.1586.999.5
2.24-2.393.70.1236.31249234010.0890.1710.1238.998.7
2.39-2.583.80.0898.41214232330.0650.1260.0891199.7
2.58-2.833.70.07210.31079229130.0520.10.0721499
2.83-3.163.70.05512.9992026720.0390.0760.05518.299.1
3.16-3.653.70.04216860123510.030.0580.04222.898.3
3.65-4.473.60.03517.6711819600.0250.0480.03527.397.8
4.47-6.323.70.03216.6577115560.0230.0440.03227.299.4
6.32-48.8173.70.0291931578640.0220.0410.02928.397.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10_2155精密化
SCALA3.3.22データスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
PHASER位相決定
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4LA2

4la2


解像度: 2→48.816 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.4 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2362 1239 4.68 %4.7%
Rwork0.1854 25210 --
obs0.1878 26449 98.93 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 48.43 Å2 / Biso mean: 15.904 Å2 / Biso min: 1.81 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→48.816 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2941 0 29 349 3319
Biso mean--26.67 23.89 -
残基数----380
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0133084
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8194218
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05439
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006545
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.7591057
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2-2.08010.25861560.20052747290399
2.0801-2.17480.27861330.19272810294399
2.1748-2.28940.27281150.20092802291798
2.2894-2.43280.28111050.188428712976100
2.4328-2.62070.2551280.193828142942100
2.6207-2.88440.24791730.19222770294399
2.8844-3.30170.2371270.1872818294599
3.3017-4.15940.19651280.16932784291298
4.1594-48.83010.21071740.17672794296898

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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