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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5jso | ||||||
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タイトル | Structures of DddQ from Ruegeria lac. Reveal Key Residues for Metal Binding and Catalysis - TRIS bound | ||||||
要素 | Dimethlysulfonioproprionate lyase DddQ | ||||||
キーワード | LYASE / dimethylsulfoniopropionate / cupin / metalloenzyme | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 dimethylpropiothetin dethiomethylase / dimethylpropiothetin dethiomethylase activity / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Ruegeria lacuscaerulensis | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Brummett, A.E. / Dey, M. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016 タイトル: New Mechanistic Insight from Substrate- and Product-Bound Structures of the Metal-Dependent Dimethylsulfoniopropionate Lyase DddQ. 著者: Brummett, A.E. / Dey, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5jso.cif.gz | 98.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5jso.ent.gz | 72.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5jso.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5jso_validation.pdf.gz | 451.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5jso_full_validation.pdf.gz | 452.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5jso_validation.xml.gz | 19.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5jso_validation.cif.gz | 28.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/js/5jso ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/js/5jso | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 22395.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Ruegeria lacuscaerulensis (strain DSM 11314 / KCTC 2953 / ITI-1157) (バクテリア) 株: DSM 11314 / KCTC 2953 / ITI-1157 / 遺伝子: dddQ, SL1157_0332 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: D0CY60, dimethylpropiothetin dethiomethylase |
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-非ポリマー , 5種, 359分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-CL / #5: 化合物 | ChemComp-GOL / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.13 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M MES pH 6.0, 0.2 M LiCl, 20% PEG 6000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 0.97625 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月20日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97625 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2→48.817 Å / Num. all: 26468 / Num. obs: 26468 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 14.98 Å2 / Rpim(I) all: 0.046 / Rrim(I) all: 0.088 / Rsym value: 0.063 / Net I/av σ(I): 10.467 / Net I/σ(I): 14.1 / Num. measured all: 97454 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4LA2 解像度: 2→48.816 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.4 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 48.43 Å2 / Biso mean: 15.904 Å2 / Biso min: 1.81 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2→48.816 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9
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