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- PDB-5js5: Nitric oxide complex of the L16F mutant of cytochrome c prime fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5js5
タイトルNitric oxide complex of the L16F mutant of cytochrome c prime from Alcaligenes xylosoxidans
要素Cytochrome c'
キーワードELECTRON TRANSPORT / gas sensor / cytochrome / nitric oxide
機能・相同性
機能・相同性情報


electron transport chain / periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c prime, subgroup / Cytochrome c, class II / Cytochrome c prime / Cytochrome C' / Cytochrome c class II profile. / Cytochrome c/b562 / Cytochrome c/b562 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ASCORBIC ACID / HEME C / NITRIC OXIDE / Cytochrome c'
類似検索 - 構成要素
生物種Alcaligenes xylosoxydans xylosoxydans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Kekilli, D. / Strange, R.W. / Hough, M.A.
引用ジャーナル: Chem Sci / 年: 2017
タイトル: Engineering proximal vs. distal heme-NO coordination via dinitrosyl dynamics: implications for NO sensor design.
著者: Kekilli, D. / Petersen, C.A. / Pixton, D.A. / Ghafoor, D.D. / Abdullah, G.H. / Dworkowski, F.S.N. / Wilson, M.T. / Heyes, D.J. / Hardman, S.J.O. / Murphy, L.M. / Strange, R.W. / Scrutton, N.S. ...著者: Kekilli, D. / Petersen, C.A. / Pixton, D.A. / Ghafoor, D.D. / Abdullah, G.H. / Dworkowski, F.S.N. / Wilson, M.T. / Heyes, D.J. / Hardman, S.J.O. / Murphy, L.M. / Strange, R.W. / Scrutton, N.S. / Andrew, C.R. / Hough, M.A.
履歴
登録2016年5月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月6日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 2.02020年3月11日Group: Polymer sequence / カテゴリ: entity_poly / Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can
改定 2.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: chem_comp / struct_site / struct_site_gen / Item: _chem_comp.type / 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome c'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,2324
ポリマ－13,4071
非ポリマー8253
水1,838102
1
A: Cytochrome c'
ヘテロ分子

A: Cytochrome c'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,4638
ポリマ－26,8142
非ポリマー1,6496
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+1/61
Buried area4820 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area11980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.207, 53.207, 181.390
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 Cytochrome c' / cytochrome c prime


分子量: 13407.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Alcaligenes xylosoxydans xylosoxydans (バクテリア)
プラスミド: pet26b+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00138
#2: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#3: 糖 ChemComp-ASC / ASCORBIC ACID / Vitamin C / (5R)-3,4-ジヒドロキシ-5β-[(S)-1,2-ジヒドロキシエチル]-2,5-ジヒドロフラン-2-オン


タイプ: L-saccharide / 分子量: 176.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O6 / コメント: 薬剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-NO / NITRIC OXIDE / Nitrogen monoxide / ニトロキシル


分子量: 30.006 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 102 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.5 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 2.2M Ammonium sulfate 0.1M Hepes pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月10日
放射モノクロメーター: Silicon / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→46.08 Å / Num. obs: 17754 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.2 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.065 / Net I/σ(I): 12.7 / Num. measured all: 109533 / Scaling rejects: 105
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.7-1.736.50.8321100
9-46.084.60.031199.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.15データスケーリング
REFMAC5.8.0131精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2YLI

2yli


解像度: 1.7→46.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU R Cruickshank DPI: 0.1113 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.111 / ESU R Free: 0.116
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.258 829 4.7 %RANDOM
Rwork0.2119 ---
obs0.214 16830 99.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 107.91 Å2 / Biso mean: 34.44 Å2 / Biso min: 21.97 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.04 Å20.02 Å20 Å2
2--0.04 Å20 Å2
3----0.15 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→46.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数943 0 59 108 1110
Biso mean--43.19 38.16 -
残基数----125
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.021058
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.02965
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.3412.0571447
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.68732226
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5755131
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.16824.66745
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.39815158
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.86155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.2144
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0211235
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0170.02234
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1461.966514
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.1461.957511
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.6582.928641
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.339 54 -
Rwork0.31 1205 -
all-1259 -
obs--99.68 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 0.958 Å / Origin y: 41.645 Å / Origin z: 19.993 Å
111213212223313233
T0.1824 Å20.0237 Å2-0.0889 Å2-0.125 Å2-0.049 Å2--0.0645 Å2
L0.9116 °2-0.1106 °20.7251 °2-1.6524 °2-0.4502 °2--1.0289 °2
S-0.1297 Å °0.0872 Å °0.0394 Å °0.2086 Å °0.1371 Å °-0.2116 Å °-0.0861 Å °0.125 Å °-0.0074 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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