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- PDB-5jro: The crystal structure of azoreductase from Yersinia pestis CO92 i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jro
タイトルThe crystal structure of azoreductase from Yersinia pestis CO92 in its Apo form
要素FMN-dependent NADH-azoreductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / structural genomics / The Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


FMN-dependent NADH-azoreductase / 酸化還元酵素; キノンおよび類縁体が電子受容体 / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H as acceptor / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / FMN binding / electron transfer activity
類似検索 - 分子機能
NADH:quinone oxidoreductase, FMN-dependent / : / Flavodoxin-like fold / Flavodoxin-like fold / Flavodoxin domain / Flavoprotein-like superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FMN-dependent NADH:quinone oxidoreductase
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia pestis CO92 (ペスト菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.54 Å
データ登録者Tan, K. / Gu, M. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201200026C 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The crystal structure of azoreductase from Yersinia pestis CO92 in its Apo form
著者: Tan, K. / Gu, M. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A.
履歴
登録2016年5月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FMN-dependent NADH-azoreductase
B: FMN-dependent NADH-azoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,9644
ポリマ－43,7802
非ポリマー1842
水36020
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2810 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area16730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)124.257, 45.135, 72.699
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.84, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 FMN-dependent NADH-azoreductase / Azo-dye reductase / FMN-dependent NADH-azo compound oxidoreductase


分子量: 21890.006 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis CO92 (ペスト菌) / 株: CO92 / 遺伝子: azoR, YPO2323, y2010, YP_2110 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic
参照: UniProt: Q8ZE60, 酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.68 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.5 / 詳細: 0.1M CHES:NaOH, 30% (w/v) PEG 3000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97931 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年9月28日 / 詳細: Mirror
放射モノクロメーター: Si 111 Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.54→33.5 Å / Num. obs: 12240 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 25.74
反射 シェル解像度: 2.54→2.58 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.451 / Mean I/σ(I) obs: 2.35 / % possible all: 81.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev-2386_1692: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB Entry: 4ESE

4ese


解像度: 2.54→33.5 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2489 529 4.85 %random
Rwork0.1997 ---
obs0.202 10911 86.38 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.54→33.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2753 0 12 20 2785
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032804
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5113811
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.1941685
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041468
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004486
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.54-2.7850.31971030.27611813X-RAY DIFFRACTION62
2.785-3.18770.29041140.24982532X-RAY DIFFRACTION85
3.1877-4.01510.28011520.19792987X-RAY DIFFRACTION100
4.0151-33.50.20041600.16773050X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.72170.6865-5.47325.3769-1.57228.9143-0.6360.4646-1.0007-0.63420.2661-0.93230.8179-0.76090.3890.4225-0.019-0.0540.2743-0.09610.374433.4312-35.5325-16.8249
23.09641.16070.29984.03072.29053.2533-0.108-0.0965-0.35-0.0135-0.1642-0.41150.3989-0.38620.43331.03670.0439-0.04140.2198-0.1750.539634.7872-42.3407-20.6694
32.2621-1.1895-0.52654.7483.72423.0637-0.12760.1142-0.1651-0.60270.4585-0.8290.10940.5933-0.19670.52130.16190.18440.4213-0.0240.482141.8183-35.9413-18.327
43.80290.2816-1.48113.65070.36293.4419-0.0342-0.53720.53360.28290.3856-0.73860.01510.24580.09420.1336-0.0820.04550.4087-0.07650.222328.4035-24.1563-7.4328
57.0404-2.45994.982.375-1.97653.8076-0.2546-0.12462.2093-0.5414-0.1223-0.5545-2.22941.05190.37720.6285-0.13410.16340.4229-0.04190.73632.1732-7.8483-6.4721
61.9697-0.03540.28241.35610.46211.28530.2576-0.2357-0.1294-0.34240.1325-0.1947-0.12920.1873-0.22120.173-0.03830.12280.3034-0.05690.137131.0617-23.3423-14.5509
73.0771-0.53452.11880.1450.05784.9458-0.07550.36870.2858-1.23170.0354-0.6132-1.06850.2787-0.06310.655-0.08540.19410.3751-0.00380.30335.9481-11.8965-26.2932
81.2328-1.5201-1.41014.3311-0.21073.18180.16930.5282-0.5944-0.2393-0.15570.60490.1037-0.9390.56760.6269-0.07820.04520.6018-0.15990.316722.1168-32.1799-27.2439
95.121-1.07370.51614.99190.69644.7232-0.03220.4507-0.6077-1.04010.05010.29930.3783-0.18140.03850.5433-0.0323-0.00510.292-0.00110.234126.9146-27.3561-27.584
107.5702-1.16824.43259.005-0.12978.7116-0.47850.8502-0.5045-0.7192-0.16680.76150.00920.13130.55510.86460.0420.08980.4003-0.13660.403931.6293-43.5733-29.7787
117.5798-3.43581.40814.1873-0.84312.9355-0.06180.0810.44790.092-0.05270.5524-0.6120.11430.11620.3083-0.014-0.03920.21040.00190.33366.291-9.4488-7.9362
123.9478-0.4086-1.81232.5955-0.99343.56370.1625-0.2418-0.16410.08210.01340.4323-0.07270.035-0.08980.1457-0.0929-0.08350.1836-0.05860.195510.4913-25.2835-6.2798
131.6271-0.66350.32363.9922-0.20212.5255-0.04150.20980.204-0.65470.01830.1783-0.1177-0.0209-0.00290.3109-0.0303-0.13010.23840.03520.31995.7741-19.4813-18.473
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 16 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 17 through 32 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 33 through 42 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 43 through 52 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 53 through 67 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 68 through 112 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 113 through 133 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 134 through 152 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 153 through 189 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 190 through 201 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 0 through 52 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 53 through 102 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 103 through 201 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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