PDB-5jr9: Crystal structure of apo-NeC3PO

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5jr9

タイトル

Crystal structure of apo-NeC3PO

要素

(NEQ131) x 3

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / C3PO / open form

機能・相同性

機能・相同性情報

sequence-specific DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Nanoarchaeum equitans (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Zhang, J. / Gan, J.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2016
タイトル: Structural basis for single-stranded RNA recognition and cleavage by C3PO
著者: Zhang, J. / Liu, H. / Yao, Q. / Yu, X. / Chen, Y. / Cui, R. / Wu, B. / Zheng, L. / Zuo, J. / Huang, Z. / Ma, J. / Gan, J.

履歴

登録	2016年5月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年9月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年11月16日	Group: Database references
改定 1.2	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_struct_oper_list / struct_ncs_dom_lim Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5jr9.cif.gz	307.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5jr9.ent.gz	249.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5jr9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5jr9_validation.pdf.gz	501.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5jr9_full_validation.pdf.gz	515.6 KB	表示
XML形式データ	5jr9_validation.xml.gz	48.5 KB	表示
CIF形式データ	5jr9_validation.cif.gz	66.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jr/5jr9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jr/5jr9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5jrcC 5jreC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5jre-d 5jrc-1 3pja-2 4dg7-d 1key-1 3417 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: NEQ131

B: NEQ131

C: NEQ131

D: NEQ131

E: NEQ131

F: NEQ131

G: NEQ131

H: NEQ131

204 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.438, 92.712, 92.745
Angle α, β, γ (deg.)	114.29, 113.39, 95.76
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLY	GLY	LYS	LYS	A	A	-1 - 183	33 - 217
2	1	GLY	GLY	LYS	LYS	B	B	-1 - 183	33 - 217
1	2	MET	MET	SER	SER	A	A	1 - 184	35 - 218
2	2	MET	MET	SER	SER	C	C	1 - 184	35 - 218
1	3	SER	SER	LYS	LYS	A	A	0 - 183	34 - 217
2	3	SER	SER	LYS	LYS	D	D	0 - 183	34 - 217
1	4	GLY	GLY	LYS	LYS	A	A	-1 - 183	33 - 217
2	4	GLY	GLY	LYS	LYS	E	E	-1 - 183	33 - 217
1	5	SER	SER	LYS	LYS	A	A	0 - 183	34 - 217
2	5	SER	SER	LYS	LYS	F	F	0 - 183	34 - 217
1	6	GLY	GLY	LYS	LYS	A	A	-1 - 183	33 - 217
2	6	GLY	GLY	LYS	LYS	G	G	-1 - 183	33 - 217
1	7	SER	SER	LYS	LYS	A	A	0 - 183	34 - 217
2	7	SER	SER	LYS	LYS	H	H	0 - 183	34 - 217
1	8	MET	MET	LYS	LYS	B	B	1 - 183	35 - 217
2	8	MET	MET	LYS	LYS	C	C	1 - 183	35 - 217
1	9	SER	SER	LYS	LYS	B	B	0 - 183	34 - 217
2	9	SER	SER	LYS	LYS	D	D	0 - 183	34 - 217
1	10	GLY	GLY	SER	SER	B	B	-1 - 184	33 - 218
2	10	GLY	GLY	SER	SER	E	E	-1 - 184	33 - 218
1	11	SER	SER	LYS	LYS	B	B	0 - 183	34 - 217
2	11	SER	SER	LYS	LYS	F	F	0 - 183	34 - 217
1	12	GLY	GLY	SER	SER	B	B	-1 - 184	33 - 218
2	12	GLY	GLY	SER	SER	G	G	-1 - 184	33 - 218
1	13	SER	SER	LYS	LYS	B	B	0 - 183	34 - 217
2	13	SER	SER	LYS	LYS	H	H	0 - 183	34 - 217
1	14	MET	MET	LYS	LYS	C	C	1 - 183	35 - 217
2	14	MET	MET	LYS	LYS	D	D	1 - 183	35 - 217
1	15	MET	MET	LYS	LYS	C	C	1 - 183	35 - 217
2	15	MET	MET	LYS	LYS	E	E	1 - 183	35 - 217
1	16	MET	MET	LYS	LYS	C	C	1 - 183	35 - 217
2	16	MET	MET	LYS	LYS	F	F	1 - 183	35 - 217
1	17	MET	MET	LYS	LYS	C	C	1 - 183	35 - 217
2	17	MET	MET	LYS	LYS	G	G	1 - 183	35 - 217
1	18	MET	MET	LYS	LYS	C	C	1 - 183	35 - 217
2	18	MET	MET	LYS	LYS	H	H	1 - 183	35 - 217
1	19	SER	SER	LYS	LYS	D	D	0 - 183	34 - 217
2	19	SER	SER	LYS	LYS	E	E	0 - 183	34 - 217
1	20	SER	SER	SER	SER	D	D	0 - 184	34 - 218
2	20	SER	SER	SER	SER	F	F	0 - 184	34 - 218
1	21	SER	SER	LYS	LYS	D	D	0 - 183	34 - 217
2	21	SER	SER	LYS	LYS	G	G	0 - 183	34 - 217
1	22	SER	SER	SER	SER	D	D	0 - 184	34 - 218
2	22	SER	SER	SER	SER	H	H	0 - 184	34 - 218
1	23	SER	SER	LYS	LYS	E	E	0 - 183	34 - 217
2	23	SER	SER	LYS	LYS	F	F	0 - 183	34 - 217
1	24	GLY	GLY	SER	SER	E	E	-1 - 184	33 - 218
2	24	GLY	GLY	SER	SER	G	G	-1 - 184	33 - 218
1	25	SER	SER	LYS	LYS	E	E	0 - 183	34 - 217
2	25	SER	SER	LYS	LYS	H	H	0 - 183	34 - 217
1	26	SER	SER	LYS	LYS	F	F	0 - 183	34 - 217
2	26	SER	SER	LYS	LYS	G	G	0 - 183	34 - 217
1	27	SER	SER	SER	SER	F	F	0 - 184	34 - 218
2	27	SER	SER	SER	SER	H	H	0 - 184	34 - 218
1	28	SER	SER	LYS	LYS	G	G	0 - 183	34 - 217
2	28	SER	SER	LYS	LYS	H	H	0 - 183	34 - 217

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	NEQ131 分子量: 25551.367 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-184 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Nanoarchaeum equitans (strain Kin4-M) (古細菌) 株: Kin4-M / 遺伝子: NEQ131 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q74ML9
#2: タンパク質	NEQ131 分子量: 25480.289 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 1-184 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Nanoarchaeum equitans (strain Kin4-M) (古細菌) 株: Kin4-M / 遺伝子: NEQ131 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q74ML9
#3: タンパク質	NEQ131 分子量: 25609.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Nanoarchaeum equitans (strain Kin4-M) (古細菌) 株: Kin4-M / 遺伝子: NEQ131 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q74ML9
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.47 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 5% v/v tacsimate (pH 7.0), 0.1 M HEPES (pH 7.0), 10% w/v PEG monomethyl ether 5,000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→30 Å / Num. obs: 80578 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 2.5 % / Net I/σ(I): 16.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.7.0029	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.4→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.927 / SU B: 9.703 / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.355 / ESU R Free: 0.244 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25157	4260	5 %	RANDOM
R_work	0.22863	-	-	-
obs	0.2298	80578	95.17 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 64.604 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.55 Å²	0.56 Å²	3.68 Å²
2-	-	-3.68 Å²	0.14 Å²
3-	-	-	0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.4→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12234	0	0	52	12286

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.02	12442
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.006	0.02	12049
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.358	1.995	16725
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.321	3	27853
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.147	5	1478
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.712	25.445	584
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.79	15	2495
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	25.107	15	45
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.074	0.2	1836
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	13673
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	2632
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	11849	0.08
1	2	B	11849	0.08
2	1	A	11542	0.06
2	2	C	11542	0.06
3	1	A	10830	0.08
3	2	D	10830	0.08
4	1	A	12037	0.06
4	2	E	12037	0.06
5	1	A	11941	0.07
5	2	F	11941	0.07
6	1	A	11982	0.07
6	2	G	11982	0.07
7	1	A	11610	0.07
7	2	H	11610	0.07
8	1	B	11375	0.08
8	2	C	11375	0.08
9	1	B	10825	0.08
9	2	D	10825	0.08
10	1	B	11879	0.08
10	2	E	11879	0.08
11	1	B	11812	0.07
11	2	F	11812	0.07
12	1	B	11984	0.07
12	2	G	11984	0.07
13	1	B	11562	0.07
13	2	H	11562	0.07
14	1	C	10725	0.08
14	2	D	10725	0.08
15	1	C	11672	0.07
15	2	E	11672	0.07
16	1	C	11425	0.08
16	2	F	11425	0.08
17	1	C	11656	0.07
17	2	G	11656	0.07
18	1	C	11275	0.07
18	2	H	11275	0.07
19	1	D	10948	0.07
19	2	E	10948	0.07
20	1	D	10899	0.08
20	2	F	10899	0.08
21	1	D	10960	0.08
21	2	G	10960	0.08
22	1	D	10736	0.09
22	2	H	10736	0.09
23	1	E	11779	0.08
23	2	F	11779	0.08
24	1	E	12021	0.08
24	2	G	12021	0.08
25	1	E	11452	0.09
25	2	H	11452	0.09
26	1	F	11959	0.07
26	2	G	11959	0.07
27	1	F	11635	0.07
27	2	H	11635	0.07
28	1	G	11612	0.06
28	2	H	11612	0.06

LS精密化シェル

解像度: 2.402→2.464 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.38	300	-
R_work	0.354	5571	-
obs	-	-	89.47 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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