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- PDB-5jph: Structure of a GNAT acetyltransferase SACOL1063 from Staphylococc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jph
タイトルStructure of a GNAT acetyltransferase SACOL1063 from Staphylococcus aureus in complex with CoA
要素Acetyltransferase SACOL1063
キーワードTRANSFERASE / acetyltransferase / Gcn5-related N-acetyltransferase / GNAT / protein acetylation / Structural Genomics / PSI-Biology / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
類似検索 - 分子機能
Glucosamine 6-phosphate N-acetyltransferase / Acetyltransferase (GNAT) domain / Acetyltransferase (GNAT) family / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / Acetyltransferase SACOL1063
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.46 Å
データ登録者Majorek, K.A. / Osinski, T. / Anderson, W.F. / Minor, W. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2016
タイトル: Insight into the 3D structure and substrate specificity of previously uncharacterized GNAT superfamily acetyltransferases from pathogenic bacteria.
著者: Majorek, K.A. / Osinski, T. / Tran, D.T. / Revilla, A. / Anderson, W.F. / Minor, W. / Kuhn, M.L.
履歴
登録2016年5月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月16日Group: Database references
改定 1.22016年12月7日Group: Other
改定 1.32022年4月13日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / database_2
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acetyltransferase SACOL1063
B: Acetyltransferase SACOL1063
C: Acetyltransferase SACOL1063
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,62512
ポリマ－50,9133
非ポリマー4,7129
水11,638646
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8370 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area20610 Å2
2
A: Acetyltransferase SACOL1063
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,5424
ポリマ－16,9711
非ポリマー1,5713
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2220 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area7410 Å2
手法PISA
3
B: Acetyltransferase SACOL1063
ヘテロ分子

C: Acetyltransferase SACOL1063
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0838
ポリマ－33,9422
非ポリマー3,1416
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_558-x,y+1/2,-z+31
Buried area5500 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area13850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.088, 93.821, 68.910
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.150, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13B
23C

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1010A0 - 140
2010B0 - 140
1020A0 - 140
2020C0 - 140
1030B-2 - 141
2030C-2 - 141

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 Acetyltransferase SACOL1063 / GCN5-related N-acetyltransferase / GNAT


分子量: 16970.990 Da / 分子数: 3 / 変異: V28I / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: COL / 遺伝子: SACOL1063 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q5HH30, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
#2: 化合物
ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 646 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.02 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M Bis-tris propane pH 7.0 and 2.2 M DL-Malic acid

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97923 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月8日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97923 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.46→50 Å / Num. obs: 108551 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 20.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rsym value: 0.06 / Net I/av σ(I): 36.747 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.46-1.494.60.6722.1198.3
1.49-1.514.80.547198.4
1.51-1.544.80.458198.6
1.54-1.574.80.369198.9
1.57-1.614.80.332198.8
1.61-1.644.80.29198.7
1.64-1.694.80.238199.1
1.69-1.734.80.203199.2
1.73-1.784.80.162199.2
1.78-1.844.80.135199.2
1.84-1.914.80.116199.6
1.91-1.984.80.096199.6
1.98-2.074.80.08199.7
2.07-2.184.80.069199.8
2.18-2.324.80.067199.9
2.32-2.54.80.065199.9
2.5-2.754.70.0641100
2.75-3.154.70.0571100
3.15-3.964.60.039199.8
3.96-504.50.041194.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.8.0135精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.46→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.969 / SU B: 1.738 / SU ML: 0.035 / SU R Cruickshank DPI: 0.0565 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.056 / ESU R Free: 0.054
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1697 5418 5 %RANDOM
Rwork0.1417 ---
obs0.1431 102969 99.06 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 73.2 Å2 / Biso mean: 22.71 Å2 / Biso min: 11.54 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å2-0 Å2-0.29 Å2
2--0.29 Å2-0 Å2
3----0.21 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.46→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3432 0 291 647 4370
Biso mean--28.79 36.26 -
残基数----430
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0194148
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.023869
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5241.9845651
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.77138968
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0915498
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.23524.785186
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.90115664
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.3961524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.2590
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.024991
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.02921
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7362.2681900
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.7492.1741899
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.1662421
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr8.64233813
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded11.23153725
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A178380.08
12B178380.08
21A174680.1
22C174680.1
31B175500.1
32C175500.1
LS精密化 シェル解像度: 1.46→1.498 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.26 388 -
Rwork0.231 7545 -
all-7933 -
obs--98.41 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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