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- PDB-5joq: Crystal Structure of an ABC Transporter Substrate-Binding Protein... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5joq
タイトルCrystal Structure of an ABC Transporter Substrate-Binding Protein from Listeria monocytogenes EGD-e
要素Lmo2184 protein
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS OF INFECTIOUS DISEASES / CSGID / NIAID / NATIONAL INSTITUTE OF ALLERGY AND INFECTIOUS DISEASES (アメリカ国立アレルギー・感染症研究所) / ferrichrome ABC transporter substrate-binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


heme transport / cellular response to iron ion / heme binding / 生体膜
類似検索 - 分子機能
ABC transporter, high-affinity heme uptake system protein IsdE / FatB domain / ABC transporter periplasmic binding domain / Periplasmic binding protein / Iron siderophore/cobalamin periplasmic-binding domain profile. / Nitrogenase molybdenum iron protein domain / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
クエン酸 / High-affinity heme uptake system protein IsdE
類似検索 - 構成要素
生物種Listeria monocytogenes serovar 1/2a (リステリア・モノサイトゲネス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Brunzelle, J.S. / Wawrzak, Z. / Kudritska, M. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of an ABC Transporter Substrate-Binding Protein from Listeria monocytogenes EGD-e
著者: Brunzelle, J.S. / Wawrzak, Z. / Kudritska, M. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2016年5月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation_author / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation_author.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lmo2184 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,4573
ポリマ－32,2291
非ポリマー2282
水6,179343
1
A: Lmo2184 protein
ヘテロ分子

A: Lmo2184 protein
ヘテロ分子

A: Lmo2184 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,3719
ポリマ－96,6883
非ポリマー6836
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area6050 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area34750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.380, 118.380, 106.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-474-

HOH

21A-674-

HOH

31A-737-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Lmo2184 protein


分子量: 32229.271 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Listeria monocytogenes serovar 1/2a (strain ATCC BAA-679 / EGD-e) (リステリア・モノサイトゲネス)
株: ATCC BAA-679 / EGD-e / 遺伝子: lmo2184 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: Q7AP55
#2: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸 / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 343 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.08 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 2M NH4 Citrate pH 7, 0.1M Bis-Tris Propane pH 7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月17日 / 詳細: Beryllium Lens
放射モノクロメーター: Diamond 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→33.41 Å / Num. obs: 30557 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 21.7
反射 シェル解像度: 1.99→2.04 Å / 冗長度: 11.8 % / Rmerge(I) obs: 0.662 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(DEV_2203)精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2Q8Q

2q8q


解像度: 1.99→33.41 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 15.73
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.171 1540 5.05 %0
Rwork0.151 ---
obs0.152 30517 99.8 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.99→33.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2008 0 14 343 2365
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0142125
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0022881
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.8331331
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073331
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006375
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.99-2.05430.21461380.17762561X-RAY DIFFRACTION100
2.0543-2.12770.17021560.16652568X-RAY DIFFRACTION100
2.1277-2.21290.20861190.15542605X-RAY DIFFRACTION100
2.2129-2.31350.16141450.14622593X-RAY DIFFRACTION100
2.3135-2.43550.21661220.15362606X-RAY DIFFRACTION100
2.4355-2.5880.18711290.16282642X-RAY DIFFRACTION100
2.588-2.78780.21631390.16542620X-RAY DIFFRACTION100
2.7878-3.06810.17591500.16462611X-RAY DIFFRACTION100
3.0681-3.51170.17321430.15382666X-RAY DIFFRACTION100
3.5117-4.42270.13811630.12152676X-RAY DIFFRACTION100
4.4227-33.40970.15141360.14962829X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.2441-0.4733-1.47862.74720.05433.4297-0.15340.59450.1941-0.5679-0.04380.2721-0.31840.19570.09260.246-0.0822-0.09020.24480.04880.1443-22.939461.5549-14.3773
21.54380.75820.5961.1797-0.0652.9155-0.35660.39840.4503-0.48620.2668-0.0286-0.78580.38130.13220.4262-0.1576-0.06820.31470.09150.2252-19.251468.3749-14.6054
30.67171.05870.35982.23470.80371.6448-0.0780.01060.2213-0.1645-0.0330.2836-0.302-0.150.15020.1578-0.0044-0.04010.16080.00780.1659-26.974861.7187-4.5435
47.5685-5.56017.12946.6796-5.05287.86480.26970.5479-0.3801-0.3046-0.1257-0.08320.41490.3684-0.14010.1243-0.03930.00680.1906-0.04380.1686-20.699841.9862-8.0208
51.6752-0.17730.2050.8106-0.21711.29670.0581-0.0651-0.01390.0508-0.0042-0.10720.0820.0081-0.03130.1087-0.0072-0.03490.08190.00060.1337-4.899352.136512.5664
63.07730.55551.30473.6154-0.56156.0544-0.07250.3182-0.0453-0.2288-0.0434-0.54650.24490.34490.07210.0926-0.02680.00830.1698-0.01270.1367-7.522648.4549-1.1345
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'A' AND (RESID 33 THROUGH 50 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'A' AND (RESID 51 THROUGH 92 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'A' AND (RESID 93 THROUGH 139 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'A' AND (RESID 140 THROUGH 161 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'A' AND (RESID 162 THROUGH 262 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN 'A' AND (RESID 263 THROUGH 290 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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