PDB-5jo8: CEP104 TOG domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5jo8

タイトル

CEP104 TOG domain

要素

CEP104

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / centriolar protein / TOG domain / CEP104 / microtubule binder

機能・相同性

TOG domain / TOG / Galactose-binding-like domain superfamily / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / TOG domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Rezabkova, L. / Kraatz, S.H.W.

資金援助

ベルギー,

ドイツ, 2件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Biophysical and Structural Characterization of the Centriolar Protein Cep104 Interaction Network.
著者: Rezabkova, L. / Kraatz, S.H. / Akhmanova, A. / Steinmetz, M.O. / Kammerer, R.A.

履歴

登録	2016年5月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年7月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年9月7日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月6日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5jo8.cif.gz	70.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5jo8.ent.gz	50.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5jo8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5jo8_validation.pdf.gz	420 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5jo8_full_validation.pdf.gz	421.4 KB	表示
XML形式データ	5jo8_validation.xml.gz	13.4 KB	表示
CIF形式データ	5jo8_validation.cif.gz	19.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jo/5jo8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jo/5jo8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5lph-2 5lph-1 3l1z-1 4avx-d 6zru-d 4r9h-2 4r9h-1 7nbr-d 2p49-d 2g30-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: CEP104

31.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.360, 57.220, 102.960
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-515- HOH
2	1	A-538- HOH

#1: タンパク質	CEP104 分子量: 31381.744 Da / 分子数: 1 / 断片: TOG domain, UNP residues 429-686 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: CEP104 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: E1C2W2
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 248 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 25% PEG 1500, 0.1 M MMT pH 5.0

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X06SA / 波長: 1.0, 0.96

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月28日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1	1
2	0.96	1

反射

解像度: 1.4→50 Å / Num. obs: 55668 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 16.4 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 19.02

反射シェル

解像度: 1.4→1.44 Å / 冗長度: 16.5 % / R_merge(I) obs: 2.76 / Mean I/σ(I) obs: 1.05 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_1965	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
AutoSol		位相決定
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.4→43.772 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 29.12

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2383	1982	3.57 %
R_work	0.2186	-	-
obs	0.2192	55550	97.35 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→43.772 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2027	0	0	248	2275

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2118
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1	2867
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.465	816
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.069	334
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	358

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4-1.435	0.418	142	0.4068	3847	X-RAY DIFFRACTION	100
1.435-1.4738	0.3935	143	0.3717	3867	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4738-1.5172	0.3247	143	0.3206	3846	X-RAY DIFFRACTION	99
1.5172-1.5661	0.3122	141	0.3023	3778	X-RAY DIFFRACTION	97
1.5661-1.6221	0.3179	128	0.3043	3464	X-RAY DIFFRACTION	89
1.6221-1.6871	0.289	145	0.2381	3886	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6871-1.7638	0.2805	145	0.2258	3881	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7638-1.8568	0.2976	145	0.2258	3927	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8568-1.9732	0.3163	142	0.2334	3846	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9732-2.1255	0.2465	145	0.2041	3880	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1255-2.3394	0.2485	146	0.1931	3955	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3394-2.6779	0.2211	139	0.2378	3768	X-RAY DIFFRACTION	95
2.6779-3.3737	0.2129	138	0.2163	3783	X-RAY DIFFRACTION	94
3.3737-43.7934	0.1968	140	0.1876	3840	X-RAY DIFFRACTION	92

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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