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- PDB-5jlt: The crystal structure of the bacteriophage T4 MotA C-terminal dom... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jlt
タイトルThe crystal structure of the bacteriophage T4 MotA C-terminal domain in complex with dsDNA reveals a novel protein-DNA recognition motif
要素
  • DNA (5'-D(*GP*AP*AP*GP*CP*TP*TP*TP*GP*CP*TP*TP*AP*AP*TP*AP*AP*TP*CP*CP*AP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*TP*GP*GP*AP*TP*TP*AP*TP*TP*AP*AP*GP*CP*AP*AP*AP*GP*CP*TP*TP*C)-3')
  • Middle transcription regulatory protein motA
キーワードVIRAL PROTEIN/DNA / MotA / dsDNA / "Double wing" / DNA binding motif / VIRAL PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Transcription regulator MotA, C-terminal domain / Bacteriophage T4, MotA, transcription regulator N-terminal / Transcription regulator MotA, C-terminal / Transcription regulator MotA, C-terminal domain superfamily / Transcription factor MotA, activation domain / Bacteriophage T4 MotA, C-terminal / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Middle transcription regulatory protein motA
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage T4 (ファージ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.955 Å
データ登録者Cuypers, M.G. / Robertson, R.M. / Knipling, L. / Hinton, D.M. / White, S.W.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2018
タイトル: The phage T4 MotA transcription factor contains a novel DNA binding motif that specifically recognizes modified DNA.
著者: Cuypers, M.G. / Robertson, R.M. / Knipling, L. / Waddell, M.B. / Moon, K. / Hinton, D.M. / White, S.W.
履歴
登録2016年4月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Middle transcription regulatory protein motA
B: Middle transcription regulatory protein motA
C: Middle transcription regulatory protein motA
D: Middle transcription regulatory protein motA
E: DNA (5'-D(*GP*AP*AP*GP*CP*TP*TP*TP*GP*CP*TP*TP*AP*AP*TP*AP*AP*TP*CP*CP*AP*C)-3')
F: DNA (5'-D(*GP*TP*GP*GP*AP*TP*TP*AP*TP*TP*AP*AP*GP*CP*AP*AP*AP*GP*CP*TP*TP*C)-3')
G: DNA (5'-D(*GP*TP*GP*GP*AP*TP*TP*AP*TP*TP*AP*AP*GP*CP*AP*AP*AP*GP*CP*TP*TP*C)-3')
H: DNA (5'-D(*GP*AP*AP*GP*CP*TP*TP*TP*GP*CP*TP*TP*AP*AP*TP*AP*AP*TP*CP*CP*AP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,1978
ポリマ－85,1978
非ポリマー00
水6,972387
1
A: Middle transcription regulatory protein motA
E: DNA (5'-D(*GP*AP*AP*GP*CP*TP*TP*TP*GP*CP*TP*TP*AP*AP*TP*AP*AP*TP*CP*CP*AP*C)-3')
F: DNA (5'-D(*GP*TP*GP*GP*AP*TP*TP*AP*TP*TP*AP*AP*GP*CP*AP*AP*AP*GP*CP*TP*TP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0503
ポリマ－28,0503
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4050 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area13040 Å2
手法PISA
2
C: Middle transcription regulatory protein motA
G: DNA (5'-D(*GP*TP*GP*GP*AP*TP*TP*AP*TP*TP*AP*AP*GP*CP*AP*AP*AP*GP*CP*TP*TP*C)-3')
H: DNA (5'-D(*GP*AP*AP*GP*CP*TP*TP*TP*GP*CP*TP*TP*AP*AP*TP*AP*AP*TP*CP*CP*AP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0503
ポリマ－28,0503
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3380 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area13500 Å2
手法PISA
3
A: Middle transcription regulatory protein motA
D: Middle transcription regulatory protein motA
E: DNA (5'-D(*GP*AP*AP*GP*CP*TP*TP*TP*GP*CP*TP*TP*AP*AP*TP*AP*AP*TP*CP*CP*AP*C)-3')
F: DNA (5'-D(*GP*TP*GP*GP*AP*TP*TP*AP*TP*TP*AP*AP*GP*CP*AP*AP*AP*GP*CP*TP*TP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,5994
ポリマ－42,5994
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5030 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area18650 Å2
手法PISA
4
B: Middle transcription regulatory protein motA
C: Middle transcription regulatory protein motA
G: DNA (5'-D(*GP*TP*GP*GP*AP*TP*TP*AP*TP*TP*AP*AP*GP*CP*AP*AP*AP*GP*CP*TP*TP*C)-3')
H: DNA (5'-D(*GP*AP*AP*GP*CP*TP*TP*TP*GP*CP*TP*TP*AP*AP*TP*AP*AP*TP*CP*CP*AP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,5994
ポリマ－42,5994
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4530 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area18790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.270, 72.270, 279.369
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質
Middle transcription regulatory protein motA


分子量: 14548.928 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: non-native amino acids from expression vector= EGDIHM. N-TERM RESIDUES (93-96) = ELLK. LINKER (97-104) = KRATRKAR. HTTP://WWW.UNIPROT.ORG/UNIPROT/P22915
由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
遺伝子: motA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P22915
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*AP*AP*GP*CP*TP*TP*TP*GP*CP*TP*TP*AP*AP*TP*AP*AP*TP*CP*CP*AP*C)-3')


分子量: 6710.366 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*TP*GP*GP*AP*TP*TP*AP*TP*TP*AP*AP*GP*CP*AP*AP*AP*GP*CP*TP*TP*C)-3')


分子量: 6790.414 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 387 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 23% PEG 8K, 0.1 M Na Acetate, 0.1 M NaCacodylate, pH 6.5, and 3% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: cryostream
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.955→93.12 Å / Num. obs: 17332 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 23.4 % / Biso Wilson estimate: 65.2 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.167 / Net I/σ(I): 15.1
反射 シェル解像度: 2.955→3.11 Å / 冗長度: 23.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2363)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1KAF + DNA helix from COOT

1kaf


解像度: 2.955→62.588 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.42 / 位相誤差: 35.46
詳細: The settings of PHENIX.REFINE were tuned to use reference model restraints (PDB: 1KAF), NCS and the twin law K,H,-L.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2446 856 4.96 %random
Rwork0.2195 ---
obs0.2208 17252 99.98 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 65.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.955→62.588 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3550 1792 0 387 5729
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075603
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5447893
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d24.4813107
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.081884
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006705
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9554-3.14030.34781440.33662776X-RAY DIFFRACTION95
3.1403-3.38230.25121520.21862674X-RAY DIFFRACTION95
3.3823-3.72190.26551270.23882727X-RAY DIFFRACTION96
3.7219-4.25860.24611520.2312736X-RAY DIFFRACTION95
4.2586-5.35840.26371400.20232701X-RAY DIFFRACTION95
5.3584-26.78780.19551410.19012751X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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