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万見
- PDB-5jld: Crystal Structure of Arginyl-tRNA Synthetase from Plasmodium falc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jld
タイトルCrystal Structure of Arginyl-tRNA Synthetase from Plasmodium falciparum (PfRRS)
要素Arginyl-tRNA synthetase, putative
キーワードLIGASE / Arginyl-tRNA Synthetase / Translation / Malaria
機能・相同性
機能・相同性情報


arginine-tRNA ligase / arginine-tRNA ligase activity / arginyl-tRNA aminoacylation / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Arginyl tRNA synthetase N-terminal domain / Arginine-tRNA ligase / Arginyl tRNA synthetase N-terminal domain / Arginyl-tRNA synthetase, catalytic core domain / Arginyl tRNA synthetase N-terminal domain superfamily / tRNA synthetases class I (R), catalytic domain / Arginyl tRNA synthetase N terminal domain / DALR anticodon binding domain / Arginyl tRNA synthetase N terminal dom / DALR anticodon binding ...Arginyl tRNA synthetase N-terminal domain / Arginine-tRNA ligase / Arginyl tRNA synthetase N-terminal domain / Arginyl-tRNA synthetase, catalytic core domain / Arginyl tRNA synthetase N-terminal domain superfamily / tRNA synthetases class I (R), catalytic domain / Arginyl tRNA synthetase N terminal domain / DALR anticodon binding domain / Arginyl tRNA synthetase N terminal dom / DALR anticodon binding / DALR anticodon binding domain / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ia, anticodon-binding / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-I signature. / Gyrase A; domain 2 / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
arginine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Jain, V. / Manickam, Y. / Sharma, A.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2016
タイトル: Dimerization of Arginyl-tRNA Synthetase by Free Heme Drives Its Inactivation in Plasmodium falciparum
著者: Jain, V. / Yogavel, M. / Sharma, A.
履歴
登録2016年4月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月21日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Arginyl-tRNA synthetase, putative


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,5151
ポリマ－69,5151
非ポリマー00
水2,756153
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area25960 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)46.196, 62.079, 114.640
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.050, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Arginyl-tRNA synthetase, putative


分子量: 69515.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (isolate 3D7) (マラリア病原虫)
株: isolate 3D7 / 遺伝子: PFL0900c / プラスミド: pETM-41 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8I5M2, arginine-tRNA ligase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 153 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.69 % / Mosaicity: 0.712 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 10.0%(W/V) PEG6000, 2.0%(W/V) PEG3350, 5%(V/V) MPD, 0.1M HEPES pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.97903 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97903 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 32304 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/av σ(I): 23.958 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.2-2.244.70.557197.8
2.24-2.284.70.449198
2.28-2.324.70.414198.2
2.32-2.374.70.352198.1
2.37-2.424.70.309198.4
2.42-2.484.70.263198.3
2.48-2.544.70.218198.5
2.54-2.614.70.185198.5
2.61-2.694.70.171198.5
2.69-2.774.70.142198.7
2.77-2.874.70.113198.9
2.87-2.994.70.098198.6
2.99-3.124.70.084198.8
3.12-3.294.70.071198.9
3.29-3.494.70.066198.9
3.49-3.764.60.055198.8
3.76-4.144.50.048198.1
4.14-4.744.50.041197
4.74-5.974.50.039198.8
5.97-504.40.034197.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4Q2Y

4q2y


解像度: 2.2→41.987 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.09
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2448 1633 5.06 %
Rwork0.1843 --
obs0.1874 32264 97.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 181.02 Å2 / Biso mean: 61.2088 Å2 / Biso min: 29.62 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→41.987 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4407 0 0 153 4560
Biso mean---52.56 -
残基数----559
LS精密化 シェル解像度: 2.2001→2.2648 Å
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -0.6045 Å / Origin y: 1.6331 Å / Origin z: 25.2755 Å
111213212223313233
T0.4176 Å20.079 Å20.0156 Å2-0.4241 Å2-0.0264 Å2--0.3559 Å2
L0.8575 °2-0.4439 °20.0314 °2-1.6636 °20.0118 °2--0.5723 °2
S-0.1488 Å °-0.1734 Å °0.1248 Å °0.3308 Å °0.1523 Å °-0.0676 Å °0.0349 Å °0.0267 Å °-0.0043 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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