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- PDB-5jjj: Structure of the SRII/HtrII Complex in P64 space group ("U" shape) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jjj
タイトルStructure of the SRII/HtrII Complex in P64 space group ("U" shape)
要素
  • Sensory rhodopsin II transducer
  • Sensory rhodopsin-2
キーワードSIGNALING PROTEIN / sensory rhodopsin II / transducer / membrane protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


monoatomic ion channel activity / photoreceptor activity / phototransduction / chemotaxis / transmembrane signaling receptor activity / signal transduction / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Htr2, transmembrane domain / Htr2 transmembrane domain / Helix hairpin bin / Chemotaxis methyl-accepting receptor / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Bacterial chemotaxis sensory transducers domain profile. / Methyl-accepting chemotaxis-like domains (chemotaxis sensory transducer). / HAMP domain / HAMP (Histidine kinases, Adenylyl cyclases, Methyl binding proteins, Phosphatases) domain ...Htr2, transmembrane domain / Htr2 transmembrane domain / Helix hairpin bin / Chemotaxis methyl-accepting receptor / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Bacterial chemotaxis sensory transducers domain profile. / Methyl-accepting chemotaxis-like domains (chemotaxis sensory transducer). / HAMP domain / HAMP (Histidine kinases, Adenylyl cyclases, Methyl binding proteins, Phosphatases) domain / Bacterial rhodopsins retinal binding site. / HAMP domain profile. / HAMP domain / Bacterial rhodopsins signature 1. / Rhodopsin, retinal binding site / Bacteriorhodopsin-like protein / Archaeal/bacterial/fungal rhodopsins / Bacteriorhodopsin-like protein / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Helix Hairpins / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
EICOSANE / RETINAL / Sensory rhodopsin-2 / Sensory rhodopsin II transducer
類似検索 - 構成要素
生物種Natronomonas pharaonis (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Ishchenko, A. / Round, E. / Borshchevskiy, V. / Grudinin, S. / Gushchin, I. / Klare, J. / Remeeva, A. / Polovinkin, V. / Utrobin, P. / Balandin, T. ...Ishchenko, A. / Round, E. / Borshchevskiy, V. / Grudinin, S. / Gushchin, I. / Klare, J. / Remeeva, A. / Polovinkin, V. / Utrobin, P. / Balandin, T. / Engelhard, M. / Bueldt, G. / Gordeliy, V.
資金援助 ロシア, 1件
組織認可番号国
RSF14-14-00995 ロシア
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: New Insights on Signal Propagation by Sensory Rhodopsin II/Transducer Complex.
著者: Ishchenko, A. / Round, E. / Borshchevskiy, V. / Grudinin, S. / Gushchin, I. / Klare, J.P. / Remeeva, A. / Polovinkin, V. / Utrobin, P. / Balandin, T. / Engelhard, M. / Buldt, G. / Gordeliy, V.
履歴
登録2016年4月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sensory rhodopsin-2
B: Sensory rhodopsin II transducer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,84411
ポリマ－41,3002
非ポリマー2,5459
水46826
1
A: Sensory rhodopsin-2
B: Sensory rhodopsin II transducer
ヘテロ分子

A: Sensory rhodopsin-2
B: Sensory rhodopsin II transducer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,68922
ポリマ－82,5994
非ポリマー5,09018
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_565-x,-y+1,z1
Buried area14040 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area22010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.310, 66.310, 170.081
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number172
Space group name H-MP64

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要素

#1: タンパク質 Sensory rhodopsin-2 / Sensory rhodopsin II / SR-II


分子量: 26534.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Natronomonas pharaonis (古細菌) / 遺伝子: sop2, sopII / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P42196
#2: タンパク質 Sensory rhodopsin II transducer / HTR-II / Methyl-accepting phototaxis protein II / MPP-II


分子量: 14764.683 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Natronomonas pharaonis (古細菌) / 遺伝子: htr2, htrII / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P42259
#3: 化合物 ChemComp-RET / RETINAL / 7-cis-レチナ-ル


分子量: 284.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28O
#4: 化合物
ChemComp-LFA / EICOSANE / LIPID FRAGMENT / イコサン


分子量: 282.547 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H42
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.94 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / 詳細: 1 M Na/K phosphate pH 5.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年10月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→34 Å / Num. obs: 20997 / % possible obs: 77.6 % / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 11.16
反射 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / Rmerge(I) obs: 0.396

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8_1069精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1HS2

1hs2


解像度: 2.5→34 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2326 1080 5.14 %
Rwork0.179 --
obs0.1819 20997 72.52 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2034 0 110 26 2170
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082202
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2922975
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.624798
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061361
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004345
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.61380.28081370.21562345X-RAY DIFFRACTION69
2.6138-2.75150.27021280.17992398X-RAY DIFFRACTION69
2.7515-2.92380.2021240.17092386X-RAY DIFFRACTION70
2.9238-3.14940.25521240.16282443X-RAY DIFFRACTION70
3.1494-3.46610.24061270.16492379X-RAY DIFFRACTION70
3.4661-3.9670.24451240.16462441X-RAY DIFFRACTION71
3.967-4.99550.18341610.15222619X-RAY DIFFRACTION77
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.9869-0.80061.39682.67430.34914.45040.05460.144-0.34620.16820.10420.14910.34890.0348-0.12380.222-0.0190.07490.416-0.07770.4782-39.413318.45820.3023
21.4093-0.2124-1.98751.34230.64953.1975-0.08810.05560.10220.12330.09380.0404-0.04370.3318-0.00680.2057-0.008-0.02980.5636-0.00560.3615-36.136631.8892.5127
32.8267-0.5341.10624.4057-2.11132.1796-0.1176-0.4056-0.08340.62990.50940.3680.08750.5263-0.37680.34250.09930.04290.83650.03310.4727-18.636520.0657-10.1197
42.5710.2583-3.93184.1558-0.98117.29660.3095-0.5459-0.18180.27630.35990.1445-1.0129-0.8692-0.67410.3042-0.00990.00850.78260.05640.3221-21.329629.1341-10.5311
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 91 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 92 through 216 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 23 through 50 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 51 through 82 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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