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- PDB-5jj2: Crystal structure of the central domain of human AKAP18 gamma/del... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jj2
タイトルCrystal structure of the central domain of human AKAP18 gamma/delta in complex with malonate
要素A-kinase anchor protein 7 isoform gamma
キーワードHYDROLASE / AKAP / A-kinase anchoring / phospoesterase / malonate / complex / central domain
機能・相同性
機能・相同性情報


protein kinase A binding / protein kinase A regulatory subunit binding / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / modulation of chemical synaptic transmission / nucleotide binding / protein kinase binding / protein-containing complex / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
A-kinase anchor protein 7, RI-RII subunit-binding domain / PKA-RI-RII subunit binding domain of A-kinase anchor protein / : / Protein kinase A anchor protein, nuclear localisation signal domain / AKAP7 2'5' RNA ligase-like domain / Cyclic Phosphodiesterase; Chain: A, / Cyclic phosphodiesterase / Cyclic phosphodiesterase / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MALONATE ION / A-kinase anchor protein 7 isoform gamma
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.25 Å
データ登録者Bjerregaard-Andersen, K. / Ostensen, E. / Scott, J.D. / Tasken, K. / Morth, J.P.
資金援助 デンマーク, ノルウェー, 米国, 4件
組織認可番号国
Lundbeck Foundation デンマーク
Research Council of Norway ノルウェー
University of Oslo ノルウェー
National Institutes of Health 米国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2016
タイトル: Malonate in the nucleotide-binding site traps human AKAP18 gamma / delta in a novel conformational state.
著者: Bjerregaard-Andersen, K. / stensen, E. / Scott, J.D. / Tasken, K. / Morth, J.P.
履歴
登録2016年4月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月17日Group: Database references
改定 1.22018年1月31日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: A-kinase anchor protein 7 isoform gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,8267
ポリマ－24,2141
非ポリマー6126
水4,594255
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1390 Å2
ΔGint18 kcal/mol
Surface area11840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.250, 60.260, 65.540
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 A-kinase anchor protein 7 isoform gamma / AKAP-7 isoform gamma / A-kinase anchor protein 18 kDa / AKAP 18 / Protein kinase A-anchoring ...AKAP-7 isoform gamma / A-kinase anchor protein 18 kDa / AKAP 18 / Protein kinase A-anchoring protein 7 isoform gamma / PRKA7 isoform gamma


分子量: 24214.184 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 76-286 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AKAP7, AKAP18 / プラスミド: pET-46 EK/LIC / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): CodonPlus / 参照: UniProt: Q9P0M2
#2: 化合物
ChemComp-MLI / MALONATE ION


分子量: 102.046 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 255 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.37 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 2.5 M Sodium malonate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年9月14日
放射モノクロメーター: Si(111) silicon crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.25→44.36 Å / Num. obs: 119131 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 12.1 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 18.5
反射 シェル解像度: 1.25→1.28 Å / 冗長度: 10.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.49 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2152: ???)精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHENIXVersion 1.10-2152位相決定
CootVersion 0.8.1モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2VFY

2vfy


解像度: 1.25→44.36 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.31
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1803 5820 4.9 %Random selection
Rwork0.1608 ---
obs0.1618 118887 99.82 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 26.49 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.25→44.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1703 0 42 255 2000
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051917
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.852588
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.072758
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.081277
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004347
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.25-1.26420.3161860.30183685X-RAY DIFFRACTION98
1.2642-1.27910.27982030.29053814X-RAY DIFFRACTION100
1.2791-1.29470.27361810.26083713X-RAY DIFFRACTION100
1.2947-1.31110.31412000.25583816X-RAY DIFFRACTION100
1.3111-1.32830.27542020.23893727X-RAY DIFFRACTION100
1.3283-1.34650.24342100.21763775X-RAY DIFFRACTION100
1.3465-1.36580.22522040.19723763X-RAY DIFFRACTION100
1.3658-1.38610.23441880.19043789X-RAY DIFFRACTION100
1.3861-1.40780.21352090.18073737X-RAY DIFFRACTION100
1.4078-1.43090.221940.17853794X-RAY DIFFRACTION100
1.4309-1.45560.21281840.17343756X-RAY DIFFRACTION100
1.4556-1.4820.19241660.16883816X-RAY DIFFRACTION100
1.482-1.51050.19091520.1453791X-RAY DIFFRACTION99
1.5105-1.54140.18462080.14033763X-RAY DIFFRACTION100
1.5414-1.57490.20841650.13733789X-RAY DIFFRACTION100
1.5749-1.61150.18741680.13893811X-RAY DIFFRACTION100
1.6115-1.65180.15281990.13833768X-RAY DIFFRACTION100
1.6518-1.69650.24661820.13693776X-RAY DIFFRACTION100
1.6965-1.74640.1872230.14463760X-RAY DIFFRACTION100
1.7464-1.80280.18721880.153768X-RAY DIFFRACTION100
1.8028-1.86720.16811700.14753822X-RAY DIFFRACTION99
1.8672-1.9420.18991540.15133795X-RAY DIFFRACTION100
1.942-2.03040.1971820.15553789X-RAY DIFFRACTION100
2.0304-2.13740.17382010.15943733X-RAY DIFFRACTION100
2.1374-2.27130.16292010.15193791X-RAY DIFFRACTION100
2.2713-2.44670.21062290.16743749X-RAY DIFFRACTION100
2.4467-2.69290.19222450.17393720X-RAY DIFFRACTION100
2.6929-3.08240.1862480.1763719X-RAY DIFFRACTION100
3.0824-3.88320.15722380.15023721X-RAY DIFFRACTION100
3.8832-44.38750.12611400.14943817X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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