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- PDB-5jip: Crystal structure of the Clostridium perfringens spore cortex lyt... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jip
タイトルCrystal structure of the Clostridium perfringens spore cortex lytic enzyme SleM
要素Cortical-lytic enzyme
キーワードHYDROLASE / spore / cortex / peptidoglycan-lysin
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Glycosyl hydrolase family 25 (GH25) domain profile. / Glycoside hydrolase, family 25 / Glycosyl hydrolases family 25 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / Immunoglobulins / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like ...Glycosyl hydrolase family 25 (GH25) domain profile. / Glycoside hydrolase, family 25 / Glycosyl hydrolases family 25 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / Immunoglobulins / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cortical-lytic enzyme
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Chirgadze, D.Y. / Christie, G. / Ustok, F.I. / Al-Riyami, B. / Stott, K.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2016
タイトル: The crystal structure of Clostridium perfringens SleM, a muramidase involved in cortical hydrolysis during spore germination.
著者: Al-Riyami, B. / Ustok, F.I. / Stott, K. / Chirgadze, D.Y. / Christie, G.
履歴
登録2016年4月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月17日Group: Database references
改定 1.22016年11月2日Group: Database references
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cortical-lytic enzyme
B: Cortical-lytic enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,9988
ポリマ－75,1692
非ポリマー8306
水20,5191139
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4100 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area27540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.599, 85.852, 87.205
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.51, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Cortical-lytic enzyme


分子量: 37584.328 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)
遺伝子: sleM / プラスミド: pBADcLIC-SleM
詳細 (発現宿主): arabinose inducible expression plasmid compatible with ligation independent cloning
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Top10 / 参照: UniProt: O06496
#2: 化合物
ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.7 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1 M MES buffer, pH 6.0, 0.25 M magnesium chloride, 16% (w/v) PEG6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: Bruker Platinum 135 / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月5日 / 詳細: HELIOS MX
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→42.4 Å / Num. obs: 66317 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 14.1 Å2 / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 24.5
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.357 / Mean I/σ(I) obs: 5 / % possible all: 98.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2313: ???)精密化
PROTEUM PLUSデータ削減
PROTEUM PLUSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1JFX

1jfx


解像度: 1.8→42.397 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 18.01
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1821 3364 5.08 %Random
Rwork0.151 ---
obs0.1526 66248 99.55 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→42.397 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5052 0 50 1140 6242
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.015235
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0657100
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7043107
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058742
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007920
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.82570.30171270.27472532X-RAY DIFFRACTION98
1.8257-1.8530.31591200.24862606X-RAY DIFFRACTION98
1.853-1.88190.28841460.22962579X-RAY DIFFRACTION98
1.8819-1.91280.26141280.20162571X-RAY DIFFRACTION99
1.9128-1.94580.21051390.1822631X-RAY DIFFRACTION99
1.9458-1.98120.23421500.1842566X-RAY DIFFRACTION99
1.9812-2.01930.21961600.17152602X-RAY DIFFRACTION100
2.0193-2.06050.23711340.16912569X-RAY DIFFRACTION100
2.0605-2.10530.20571680.16492655X-RAY DIFFRACTION100
2.1053-2.15420.19241260.1522603X-RAY DIFFRACTION100
2.1542-2.20810.18621330.14782658X-RAY DIFFRACTION100
2.2081-2.26780.18071390.15122587X-RAY DIFFRACTION100
2.2678-2.33450.17781390.14352633X-RAY DIFFRACTION100
2.3345-2.40990.17261680.14092632X-RAY DIFFRACTION100
2.4099-2.4960.17051450.14262621X-RAY DIFFRACTION100
2.496-2.59590.17451380.13272611X-RAY DIFFRACTION100
2.5959-2.71410.1631570.13312621X-RAY DIFFRACTION100
2.7141-2.85710.18491190.13612659X-RAY DIFFRACTION100
2.8571-3.03610.13731370.13272643X-RAY DIFFRACTION100
3.0361-3.27040.16831530.13692613X-RAY DIFFRACTION100
3.2704-3.59940.16891370.12942667X-RAY DIFFRACTION100
3.5994-4.11980.12641320.12452635X-RAY DIFFRACTION100
4.1198-5.18910.14251340.11992667X-RAY DIFFRACTION100
5.1891-42.3970.17141350.17292723X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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