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- PDB-5jil: Crystal structure of rat coronavirus strain New-Jersey Hemaggluti... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jil
タイトルCrystal structure of rat coronavirus strain New-Jersey Hemagglutinin-Esterase in complex with 4N-acetyl sialic acid
要素Hemagglutinin-esterase
キーワードVIRAL PROTEIN / Hemagglutin / Esterase / Hepatitis virus / Coronavirus / sialic acid
機能・相同性
機能・相同性情報


sialate 9-O-acetylesterase activity / sialate 4-O-acetylesterase activity / sialate O-acetylesterase / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin-esterase / Haemagglutinin-esterase glycoprotein, haemagglutinin domain / Haemagglutinin-esterase glycoprotein, core / Hemagglutinin domain of haemagglutinin-esterase-fusion glycoprotein / Hemagglutinin esterase / Viral capsid/haemagglutinin protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6KL / Hemagglutinin-esterase
類似検索 - 構成要素
生物種Rat coronavirus (ラットコロナウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Bakkers, M.J.G. / Feitsma, L.J. / de Groot, R.J. / Huizinga, E.G.
資金援助 オランダ, 1件
組織認可番号国
Netherlands Organization for Scientific ResearchECHO 711.011.006 オランダ
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016
タイトル: Coronavirus receptor switch explained from the stereochemistry of protein-carbohydrate interactions and a single mutation.
著者: Bakkers, M.J. / Zeng, Q. / Feitsma, L.J. / Hulswit, R.J. / Li, Z. / Westerbeke, A. / van Kuppeveld, F.J. / Boons, G.J. / Langereis, M.A. / Huizinga, E.G. / de Groot, R.J.
履歴
登録2016年4月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年5月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月1日Group: Database references
改定 1.22016年6月8日Group: Database references
改定 1.32017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02019年4月3日Group: Atomic model / Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: atom_site / entity_src_gen
Item: _atom_site.occupancy / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line
改定 3.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.12024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 3.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin-esterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,40113
ポリマ－43,6111
非ポリマー2,79012
水3,441191
1
A: Hemagglutinin-esterase
ヘテロ分子

A: Hemagglutinin-esterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,80126
ポリマ－87,2212
非ポリマー5,58024
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_554-x,y,-z-1/21
Buried area8280 Å2
ΔGint36 kcal/mol
Surface area30840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.090, 184.590, 78.080
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-759-

HOH

21A-791-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Hemagglutinin-esterase / HE protein / E3 glycoprotein


分子量: 43610.688 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 22-400 / 変異: S40A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rat coronavirus (ラットコロナウイルス)
遺伝子: HE / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q3HS77, sialate O-acetylesterase

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糖 , 3種, 10分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#6: 糖 ChemComp-6KL / methyl 4,5-bisacetamido-3,4,5-trideoxy-D-glycero-alpha-D-galacto-non-2-ulopyranosidonic acid / methyl 4,5-bis(acetylamino)-3,4,5-trideoxy-D-glycero-alpha-D-galacto-non-2-ulopyranosidonic acid / methyl 4,5-bisacetamido-3,4,5-trideoxy-D-glycero-alpha-D-galacto-non-2-ulosidonic acid / methyl 4,5-bisacetamido-3,4,5-trideoxy-D-glycero-D-galacto-non-2-ulosidonic acid / methyl 4,5-bisacetamido-3,4,5-trideoxy-D-glycero-galacto-non-2-ulosidonic acid


タイプ: D-saccharide / 分子量: 364.348 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H24N2O9

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非ポリマー , 3種, 193分子

#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 191 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.14 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1M HEPES pH 7.5, 0.2M NaCl, 20% w/v PEG3000

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8729 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8729 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→92.92 Å / Num. obs: 33539 / % possible obs: 94.4 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 22.5 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Net I/σ(I): 6.2
反射 シェル解像度: 1.85→1.89 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.519 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 95.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
MOSFLM7.09データ削減
Aimless0.1.27データスケーリング
PHASER2.5.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: RCoV-HE

解像度: 1.85→92.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 6.715 / SU ML: 0.097 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.154 / ESU R Free: 0.126 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2002 1667 5 %RANDOM
Rwork0.18435 ---
obs0.18515 31870 93.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 22.685 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.23 Å2-0 Å20 Å2
2--0.1 Å20 Å2
3----0.32 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.85→92.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2926 0 178 191 3295
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.023362
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022967
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2961.9884634
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9333.0066886
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3475424
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.02724.438160
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.18415494
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.8751512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.2516
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0213857
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02821
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3041.2891533
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3041.2881532
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.5571.9311929
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other0.5571.9321930
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.3571.3961829
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.3561.3961829
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other0.6182.0832677
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.48811.3783776
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.48811.3783776
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.315 123 -
Rwork0.284 2342 -
obs--94.73 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -13.6478 Å / Origin y: -26.3082 Å / Origin z: -9.0986 Å
111213212223313233
T0.0642 Å2-0.0128 Å2-0.0026 Å2-0.0079 Å2-0.0046 Å2--0.029 Å2
L0.4453 °2-0.0428 °2-0.0678 °2-1.7951 °2-0.0032 °2--0.7738 °2
S0.0005 Å °-0.025 Å °-0.0625 Å °0.0052 Å °-0.0515 Å °0.1025 Å °0.0713 Å °-0.0378 Å °0.051 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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