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- PDB-5ji5: Crystal Structure of a Histone Deacetylase superfamily protein fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ji5
タイトルCrystal Structure of a Histone Deacetylase superfamily protein from Burkholderia phymatumphymatum
要素BuphA.10154.a.B1
キーワードHYDROLASE / SSGCID / Histone deacetylase superfamily / Burkholderia phymatum / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


histone deacetylase activity / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Histone deacetylase domain / Arginase; Chain A / : / Histone deacetylase family / Histone deacetylase domain / Histone deacetylase domain superfamily / Histone deacetylase domain / Ureohydrolase domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone deacetylase superfamily
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia phymatum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of a Histone Deacetylase superfamily protein from Burkholderia phymatumphymatum
著者: Dranow, D.M. / Abendroth, J. / Lorimer, D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2016年4月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BuphA.10154.a.B1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2057
ポリマ－34,8341
非ポリマー3716
水2,810156
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.380, 127.870, 68.680
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-604-

HOH

21A-644-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 BuphA.10154.a.B1


分子量: 34834.438 Da / 分子数: 1 / 断片: BuphA.10154.a.B1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia phymatum (strain DSM 17167 / STM815) (バクテリア)
株: DSM 17167 / STM815 / 遺伝子: Bphy_0756 / プラスミド: BuphA.10154.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B2JF16

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非ポリマー , 5種, 162分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 156 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.2 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: BuphA.10154.a.B1.PS37854 at 20.7 mg/ml was mixed 1:1 with MCSG1(f11) 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES:NaOH, pH = 7.5, 25% (w/v) PEG-3350, cryoprotected with 20% ethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月31日 / 詳細: Beryllium Lenses
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 17441 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.151 / Net I/σ(I): 9.65
反射 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 3.22 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_2356精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MR-Rosetta位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1zz1

1zz1


解像度: 2.1→46.797 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 22.54
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2346 1644 9.87 %
Rwork0.1685 --
obs0.1749 16662 95.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 77.39 Å2 / Biso mean: 19.336 Å2 / Biso min: 5.23 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→46.797 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2305 0 19 159 2483
Biso mean--45.26 24.26 -
残基数----305
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082392
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9633256
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054355
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006434
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.9041416
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1-2.16180.27361180.18421181129990
2.1618-2.23160.31381320.1741194132693
2.2316-2.31140.26861360.17541223135994
2.3114-2.40390.26521360.17181223135996
2.4039-2.51330.26421380.17561225136395
2.5133-2.64580.26831400.17261240138095
2.6458-2.81150.22811330.17861239137296
2.8115-3.02860.24021370.18271257139495
3.0286-3.33330.2441370.16881258139596
3.3333-3.81540.23611450.15561301144698
3.8154-4.80630.16411420.14911312145499
4.8063-46.80810.21231500.1731365151597
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6438-0.16150.49581.6603-0.01421.3413-0.07760.27880.0663-0.2315-0.01980.0703-0.1048-0.1630.09510.177-0.0062-0.02840.23170.01230.076221.039947.353525.0132
21.41410.086-0.35661.55560.51532.6109-0.01980.14070.1479-0.07360.0161-0.2233-0.08680.20710.00720.119-0.023-0.02970.16740.04030.126735.934553.640837.7615
30.29140.216-0.23960.8099-0.15621.07890.0182-0.0561-0.01350.0377-0.00990.0119-0.0128-0.1081-0.0020.0767-0.0006-0.02150.16030.00330.107622.387745.2144.0596
40.8081-0.0852-0.31551.23060.47031.7905-0.0201-0.0077-0.0804-0.0652-0.00410.08490.0808-0.22050.01970.1013-0.0426-0.02190.2316-0.00530.111712.837237.701138.5518
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 47 )A2 - 47
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 48 through 89 )A48 - 89
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 90 through 213 )A90 - 213
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 214 through 306 )A214 - 306

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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