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- PDB-5jgl: Crystal structure of GtmA in complex with S-Adenosylmethionine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jgl
タイトルCrystal structure of GtmA in complex with S-Adenosylmethionine
要素UbiE/COQ5 family methyltransferase, putative
キーワードTRANSFERASE / Aspergillus fumigatus / Methyltransferase / S-Adenosylmethionine / Gliotoxin / Resistance
機能・相同性ubiE/COQ5 methyltransferase family / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity / methylation / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / S-ADENOSYLMETHIONINE / UbiE/COQ5 family methyltransferase, putative
機能・相同性情報
生物種Aspergillus fumigatus (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.28 Å
データ登録者Dolan, S.K. / Bock, T. / Hering, V. / Jones, G.W. / Blankenfeldt, W. / Doyle, S.
引用ジャーナル: Open Biol / 年: 2017
タイトル: Structural, mechanistic and functional insight into gliotoxinbis-thiomethylation inAspergillus fumigatus.
著者: Dolan, S.K. / Bock, T. / Hering, V. / Owens, R.A. / Jones, G.W. / Blankenfeldt, W. / Doyle, S.
履歴
登録2016年4月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年3月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.22018年3月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UbiE/COQ5 family methyltransferase, putative
B: UbiE/COQ5 family methyltransferase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,7556
ポリマ－64,9122
非ポリマー8434
水93752
1
A: UbiE/COQ5 family methyltransferase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,8773
ポリマ－32,4561
非ポリマー4212
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: UbiE/COQ5 family methyltransferase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,8773
ポリマ－32,4561
非ポリマー4212
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.989, 114.142, 56.438
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.550, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 UbiE/COQ5 family methyltransferase, putative


分子量: 32455.912 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus fumigatus (カビ) / 遺伝子: Y699_02735 / Variant: ATCC 26933 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0J5Q3C4
#2: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.31 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 0.1 M sodium phosphate citrate pH 4.2, 22% (w/v) PEG 8000, 0.08% (w/v) ellipticine, 0.20% (w/v) gibbeellin A3, 0.20% (w/v) trans-cinnamic acid, 0.20% (w/v) phenol, 0.20% (w/v) succinic acid ...詳細: 0.1 M sodium phosphate citrate pH 4.2, 22% (w/v) PEG 8000, 0.08% (w/v) ellipticine, 0.20% (w/v) gibbeellin A3, 0.20% (w/v) trans-cinnamic acid, 0.20% (w/v) phenol, 0.20% (w/v) succinic acid disodium salt hexahydrate and 0.02 M HEPES pH 6.8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.3855 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.3855 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.28→49.275 Å / Num. obs: 50076 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 19.5 % / Biso Wilson estimate: 32.35 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 14.08
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.28-2.410.5752.78192.3
2.41-2.580.4194.31199.5
2.58-2.790.2786.18199.7
2.79-3.050.1819.35199.2
3.05-3.410.10515.49199.3
3.41-3.930.07323.06199.5
3.93-4.810.05131.68199.5
4.81-6.770.05330.93199.1
6.77-49.2750.03643.54199.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
XDSデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.28→49.275 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.3 / 位相誤差: 26.37
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2336 2096 4.19 %
Rwork0.1915 --
obs0.1933 50072 98.35 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 184.69 Å2 / Biso mean: 44.7729 Å2 / Biso min: 18.14 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.28→49.275 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4163 0 96 52 4311
Biso mean--42.08 32.38 -
残基数----541
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0034324
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6215908
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041681
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003746
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.0882542
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2763-2.32930.30821210.28392765288684
2.3293-2.38750.29321350.26313118325398
2.3875-2.45210.32661450.24563299344499
2.4521-2.52430.25111430.222232243367100
2.5243-2.60570.27551410.22723226336799
2.6057-2.69880.31241410.22893263340499
2.6988-2.80690.26121420.21931883330100
2.8069-2.93460.3011430.21983226336999
2.9346-3.08930.25241400.221632633403100
3.0893-3.28280.26251420.2153235337799
3.2828-3.53620.24471440.200232683412100
3.5362-3.8920.23711370.182131873324100
3.892-4.45480.17151370.14363245338299
4.4548-5.61140.14631440.142232363380100
5.6114-49.28670.22111410.16363233337499

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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