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- PDB-5jdt: Structure of Spin-labelled T4 lysozyme mutant L118C-R1 at 100K -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jdt
タイトルStructure of Spin-labelled T4 lysozyme mutant L118C-R1 at 100K
要素Endolysin
キーワードHYDROLASE / NITROXIDE / SPIN LABEL / T4 LYSOZYME / ELECTRON PARAMAGNETIC RESONANCE
機能・相同性
機能・相同性情報


viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / host cell cytoplasm / defense response to bacterium
類似検索 - 分子機能
Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme / Lysozyme domain superfamily / Lysozyme-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
AZIDE ION / BETA-MERCAPTOETHANOL / : / Chem-MTN / Endolysin
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1 Å
データ登録者Loll, B. / Consentius, P. / Gohlke, U. / Mueller, R. / Kaupp, M. / Heinemann, U. / Wahl, M.C. / Risse, T.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2016
タイトル: Tracking Transient Conformational States of T4 Lysozyme at Room Temperature Combining X-ray Crystallography and Site-Directed Spin Labeling.
著者: Consentius, P. / Gohlke, U. / Loll, B. / Alings, C. / Muller, R. / Heinemann, U. / Kaupp, M. / Wahl, M. / Risse, T.
履歴
登録2016年4月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月26日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
改定 1.32024年4月3日Group: Advisory / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_conn_type
Item: _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id ..._struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endolysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,1909
ポリマ－18,6181
非ポリマー5728
水5,386299
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1370 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area9250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.280, 60.280, 96.970
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Endolysin / Lysis protein / Lysozyme / Muramidase


分子量: 18618.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00720, lysozyme

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非ポリマー , 6種, 307分子

#2: 化合物 ChemComp-MTN / S-[(1-oxyl-2,2,5,5-tetramethyl-2,5-dihydro-1H-pyrrol-3-yl)methyl] methanesulfonothioate / MTSL


分子量: 264.385 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H18NO3S2
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#5: 化合物 ChemComp-AZI / AZIDE ION


分子量: 42.020 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: N3
#6: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 299 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.97 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 2.0 M NA/K PHOSPHATE, 240 mM NACL, 40 mM 2-HYDROXYETHYL DISULFIDE, PH 6.8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.3 / 波長: 0.895 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月24日 / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.895 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1→20 Å / Num. obs: 110425 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 11.5 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル解像度: 1→1.06 Å / 冗長度: 4.8 % / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2NTH

2nth


解像度: 1→17.763 Å / SU ML: 0.05 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 9.47
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1296 5490 4.97 %Random selection
Rwork0.1145 ---
obs0.1152 110400 99.95 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 12.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1→17.763 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1307 0 26 299 1632
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0171722
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.472353
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.894737
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.092244
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.013315
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1-1.01140.20111830.17773479X-RAY DIFFRACTION100
1.0114-1.02330.17421830.16483485X-RAY DIFFRACTION100
1.0233-1.03580.16881800.15663422X-RAY DIFFRACTION100
1.0358-1.04890.161830.14253461X-RAY DIFFRACTION100
1.0489-1.06270.15171810.13533440X-RAY DIFFRACTION100
1.0627-1.07720.12981850.1263513X-RAY DIFFRACTION100
1.0772-1.09260.12391800.11963423X-RAY DIFFRACTION100
1.0926-1.10890.11771820.11063460X-RAY DIFFRACTION100
1.1089-1.12620.10791810.1083443X-RAY DIFFRACTION100
1.1262-1.14470.12311830.13479X-RAY DIFFRACTION100
1.1447-1.16440.10821830.09583478X-RAY DIFFRACTION100
1.1644-1.18560.10681830.0923461X-RAY DIFFRACTION100
1.1856-1.20840.10571840.09323489X-RAY DIFFRACTION100
1.2084-1.23310.10381810.09283455X-RAY DIFFRACTION100
1.2331-1.25990.10881830.09393474X-RAY DIFFRACTION100
1.2599-1.28920.10421830.09043481X-RAY DIFFRACTION100
1.2892-1.32140.1031830.09513470X-RAY DIFFRACTION100
1.3214-1.35710.10281840.09143493X-RAY DIFFRACTION100
1.3571-1.3970.11061830.09213488X-RAY DIFFRACTION100
1.397-1.44210.10861830.09343488X-RAY DIFFRACTION100
1.4421-1.49360.09661850.08983509X-RAY DIFFRACTION100
1.4936-1.55340.09991830.08873483X-RAY DIFFRACTION100
1.5534-1.62410.11281850.0923515X-RAY DIFFRACTION100
1.6241-1.70960.10141840.09933507X-RAY DIFFRACTION100
1.7096-1.81660.12531860.10963524X-RAY DIFFRACTION100
1.8166-1.95670.1311850.1173519X-RAY DIFFRACTION100
1.9567-2.15330.13621880.11283574X-RAY DIFFRACTION100
2.1533-2.46420.12431850.1193526X-RAY DIFFRACTION100
2.4642-3.1020.14321900.13233612X-RAY DIFFRACTION100
3.102-17.76590.17581680.13423759X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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