PDB-5jdr: Structure of PD-L1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5jdr

タイトル

Structure of PD-L1

要素

Programmed cell death 1 ligand 1

キーワード

IMMUNE SYSTEM / immunosuppression

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of tumor necrosis factor superfamily cytokine production / positive regulation of activated CD8-positive, alpha-beta T cell apoptotic process / negative regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / negative regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / negative regulation of interleukin-10 production / negative regulation of activated T cell proliferation / positive regulation of interleukin-10 production ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Zhou, A. / Wei, H.

引用

ジャーナル: Cell Discov / 年: 2017
タイトル: Structural basis of a novel PD-L1 nanobody for immune checkpoint blockade.
著者: Zhang, F. / Wei, H. / Wang, X. / Bai, Y. / Wang, P. / Wu, J. / Jiang, X. / Wang, Y. / Cai, H. / Xu, T. / Zhou, A.

履歴

登録	2016年4月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年4月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5jdr.cif.gz	139.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5jdr.ent.gz	108.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5jdr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jd/5jdr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jd/5jdr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5jdsC 4z18S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4z18-d 3fn3-d 3bis-d 1iq4-d 6fqg-d 6pmh-1 1qpp-d 1til-1 2okg-2 6db6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#204 - 2016年12月 PD-1 (PD-1) 類似性 (4) #186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (2) #247 - 2020年7月ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein) 類似性 (3) #20 - 2001年8月ポリオウイルスとライノウイルス (Poliovirus and Rhinovirus) 類似性 (2) #231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (2) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (1) #214 - 2017年10月キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors) 類似性 (1) #169 - 2014年1月 HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein) 類似性 (1) #209 - 2017年5月組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease) 類似性 (1) #62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#204 - 2016年12月
PD-1 (PD-1)
類似性 (4)
#186 - 2015年6月
終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
類似性 (2)
#247 - 2020年7月
ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein)
類似性 (3)
#20 - 2001年8月
ポリオウイルスとライノウイルス (Poliovirus and Rhinovirus)
類似性 (2)
#231 - 2019年3月
麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins)
類似性 (2)
#63 - 2005年3月
T細胞受容体 (T-Cell Receptor)
類似性 (1)
#214 - 2017年10月
キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors)
類似性 (1)
#169 - 2014年1月
HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein)
類似性 (1)
#209 - 2017年5月
組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease)
類似性 (1)
#62 - 2005年2月
主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Programmed cell death 1 ligand 1

B: Programmed cell death 1 ligand 1

54.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.240, 91.510, 141.830
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	4	A	19 - 131
2	1	1	4	B	19 - 131
1	1	2	4	A	132 - 168
2	1	2	4	B	132 - 168
1	2	2	4	A	176 - 228
2	2	2	4	B	176 - 228
1	3	2	6	A	169 - 175
2	3	2	6	B	169 - 175

NCSアンサンブル:

ID
1
2

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(1), (1), (1)
2	given	(-0.919523, -0.175797, -0.351528), (0.270907, 0.364509, -0.890923), (0.284757, -0.914456, -0.287549)	47.28728, 19.90837, 16.50082

#1: タンパク質	Programmed cell death 1 ligand 1 / Programmed death ligand 1 / B7 homolog 1 / B7-H1 分子量: 27169.791 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 18-239 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD274, B7H1, PDCD1L1, PDCD1LG1, PDL1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NZQ7
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.97 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: liquid diffusion / 詳細: 0.2 M Ammonium Acetate, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9791 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2015年5月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→70.92 Å / Num. obs: 13282 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.7 % / Net I/σ(I): 10.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0103	精密化
iMOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4z18

4z18

解像度: 2.7→70.92 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.925 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.894 / SU B: 42.071 / SU ML: 0.362 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.393 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27558	683	5.2 %	RANDOM
R_work	0.22745	-	-	-
obs	0.22998	12575	99.86 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 51.349 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.21 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-3.2 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.99 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.7→70.92 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3365	0	0	7	3372

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.019	3440
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3291
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.188	1.953	4668
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.831	3	7580
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.401	5	418
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.148	24.817	164
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.329	15	622
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.522	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	540
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	3842
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	766
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.849	3.885	1675
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.849	3.885	1674
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.558	5.825	2092
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.558	5.825	2093
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.594	3.95	1765
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.594	3.95	1766
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.124	5.878	2577
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	2.808	28.937	3364
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	2.808	28.937	3364
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	1747	medium positional	0.44	0.5
2	2	A	1406	medium positional	0.51	0.5
2	2	A	102	loose positional	0.89	5
1	1	B	1747	medium thermal	4.39	2
2	2	B	1406	medium thermal	9.58	2
2	2	B	102	loose thermal	15.42	10

LS精密化シェル

解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.309	42	-
R_work	0.346	934	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 28.219 Å / Origin y: 5.519 Å / Origin z: 16.648 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.3654 Å²	0.0373 Å²	0.0347 Å²	-	0.0562 Å²	0.0591 Å²	-	-	0.076 Å²
L	1.371 °²	0.1801 °²	-0.3327 °²	-	1.405 °²	-0.3944 °²	-	-	0.6992 °²
S	0.1539 Å °	0.2722 Å °	0.2884 Å °	-0.2552 Å °	0.0089 Å °	0.132 Å °	-0.1364 Å °	-0.0871 Å °	-0.1629 Å °

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)